【線形代数学実習1】その2

ここでは授業でならったRの使い方をまとめる。第一弾は下記を参照してほしい。

では説明していきます。

・行列を作成

たとえば、あるデータが下記の通りあったとする。

まずはこれをRで行列にする方法を2つ紹介します。

1つ目

数学=sugakuとしてcというベクトルに数字を代入していく。そして、ある変数xにcbindという関数をもってきて実行すると

下記図のように出力される。

2つ目

もっとみる

jupyter-notebook Python×R環境構築

Hiroです。
「Rによる実践的マーケティングリサーチと分析」という本を読んでいます。
その際に、書かれている内容+コードをnotebookに残したいと思い、
jupyter-notebookを使ってRのコードと重要事項をメモするために、
condaを用いてjupyter-notebookにR環境を構築したので、
メモとして残しておきます。
私は仕事ではPythonを使用していますが、Rの勉強を始

もっとみる

biomaRtで遺伝子IDと遺伝子名の対応情報を取得する

biomaRtでENSEMBLデータベースから遺伝子IDと遺伝子名の対応情報を取得します。

Rを起動して、データベースから条件に合わせてデータを取得します。
今回は、ENSEMBLデータベースのhsapiens_gene_ensemblデータセットから
ensembl_transcript_id, ensembl_gene_id, ensembl_gene_nameを取得します。

まず、get

もっとみる
ありがとうございます!
2

もう一度BiomaRtインストール

biomaRt パッケージは、R を利用してデータベースに対してデータの検索だけではなくID マッピングができるものらしい。

R4.0にしたので再インストールします。

コマンド if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")

こんなメッセージが出ます。

Warn

もっとみる
励みになります。

Rのバージョンアップ

インストールしたubuntuは、Bionic Beaver 18.04 LTSなのでバージョンアップが可能でした。

RをダウンロードするにはCRAN(Comprehensive R Archive Network)のミラーサイトからダウンロードします。

The R Project for Statistical Computing

UBUNTU PACKAGES FOR R
こちらのサイトに

もっとみる
次の記事もお楽しみに

BiomaRtインストールでエラー

Ensemblのリファレンスデータを用いて発現定量を行うと転写物のIDが付与されるので、IDと遺伝子名の対応表を準備します。

テキスト通り R を起動して

コマンド if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
                  install.pacages(BiocManager")

コマンド     Bio

もっとみる
ありがとうございます!
3

投票に行ったと嘘をつく人たち (『社会科学のためのデータ分析入門』練習問題1.5.1)

今回は実際のデータを用いて分析を行なっていきます。

『社会科学のためのデータ分析入門』(今井耕介著)という本で紹介されたデータで、練習問題にもなっています。(問題自体の解説はしないので質問のある方はコメントください。。)

データの入手はこちらから。

実際のデータ分析

ではデータを読み込んでいきましょう。↓

> turnout <- read.csv("turnout.csv")> hea

もっとみる

biglasso: Extend Lasso Model Fitting to Big Data in R

R でそこそこ大きなデータ(50GB 程)に対して Lasso を使う必要がでてきてしまい,限定された使用環境下ではちょっとメモリ的に厳しいなと思い Web 上で調べていました.調べた結果,biglasso という上記のリポジトリに行きつきました.論文の abstract によると,何やら 16GB しかメモリのないラップトップ上で 31GB のデータに対して Lasso で分析可能であることを実

もっとみる
励みになります ʕ´ᴥ`ʔ
6

R超入門

RとRStudioのインストール

まずはRをインストールしましょう。ここでは省略しますが。。

RStudioもインストールしておくと非常に便利です。(RStudioは単体では動きません!Rのインストールも忘れずに)

R単体の場合。↓

RStudioを使った場合。↓

コードを保存しておける場所(Rscript)が使えたりグラフが表示できたりといろいろ便利。ぜひRStudioをおすすめします

もっとみる

「だった様の詩をテキストマイニング」の記事(https://note.com/wanwanshituji/n/nfcc0eba16fd5)にワードクラウド図を追加しました。どんな言葉を使って詩を積み上げて来たかが分かりやすいと思います。

このような記事をスキしてくださるとは、素敵な方ですね。
2