【DRY解析環境構築】④QIIME 2のセットアップ

QIIME 2はメタゲノム解析パイプラインです。

としたり顔で書いていますが、一昨年メタゲノム解析を頼まれた時はQIIME(チャイム)の読み方すらわかりませんでした。
Wetしかやったことのない私に頼んだ人も、引き受けた私もどうかしています。
他の先生が解析されたログを見ながら、必要なツールを1つ1つググりつつインストールしていって…懐かしい。
昨年QIIME 2をインストールする際にはDock

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【DRY解析環境構築】③Rのセットアップ

ここにきて「インストール」とは言わないよな、と気づく。
このエピソードからセットアップという名前に変更します。

さて、次はRです。参考サイトは以下。

おっしゃる通り

$ docker run --rm -p 8787:8787 rocker/verse

ではエラーが出る。何かパスワードを入れるということらしいが、どこで設定するんだ?
とりあえずパスワードを入れて実行。

$ docker

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【DRY解析環境構築】⓪使わなくなったMacBook ProにUbuntuをインストールして解析専用マシンにする【追記あり】

①でメインマシンにDockerをインストールしたんですが、思った以上にメモリを食うようだったので、使わなくなったMacBook ProにUbuntuを入れて解析専用マシンにしようと思い立ちました。
ついでにメインマシンからsshで接続してDockerを操作できるように。

マシンの紹介

MacBook Pro Retina, Mid 2012
2.7GHz/L3 Cache 8MB クアッドコア

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損切りタイミングの見極め

損切りタイミングの見極め
docker-composeを利用してフロントエンドの環境を整えたはいいんだけど、ホットリロードが効かないことで開発が煩雑になりました。

実装が終わって上のようなドキュメントも書いて「これで新しいメンバーが開発環境をいちいち整えなくてええやん!」くらいに思ってました。

ただ、運用に落とし込んだ場合を考慮すると、ソースコードを書き換えるたびにビルドし直すのも、正直アホら

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Play with Dockerの紹介動画をyoutubeで公開しました

Play with Dockerとは

とりあえずdockerってどんな感じか試したいに人はPlay with Dockerというwebサービスがオススメです。

これは一体どんなサービスかというと、dockerをインストールしなくてもブラウザ上で試すことができるサービスです。

使っている様子

実際に使っている様子はこちら。

dockerをインストール済みの人でも便利

自分は普段の開発では

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Dockerfile入門する

Dockerfileを理解するために、わたしが一番使い慣れているNuxt.jsを使って勉強していきます🙌

dockerのキャッシュを理解してビルドの最適化ができたらと思います。

最終的にやりたいこと

・Docker Hubに作成したimageをpush

ちなみにフロントエンド の開発環境にDocker不要なのでは?論がありますが、今回は勉強のためやっていきたいと思います。

イメージ図

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わ〜〜い!
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初心者のためのAWSの使い方(3.EC2構築編)

0. 記事一覧初心者のためのAWSの使い方(1.初期設定編)
初心者のためのAWSの使い方(2.S3構築編)【前の記事】
初心者のためのAWSの使い方(3.EC2構築編)
初心者のためのAWSの使い方(4.Cloud9導入編)

1. はじめに無料で始められるAWSですが、いざ始めようとすると、「まず何をすれば良いの?」となったりします。
そこで、初期設定・S3・EC2・Cloud9の設定について

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ホスト環境を汚さずにGCP開発を行う準備(Docker)その2

前回の続き。 Python3.7のクイックスタートガイドを行う前準備です。
コンテナ内の”SDK再インストール”と”Pythonバージョンアップ”を行います。

自分の環境

● ホスト端末:MacBook
● 作業日:2019年6月

Google Cloud SDKの再インストール

コンテナ内のSDKは不完全な模様。
ガイドに従って、コンポーネントを最新化しようとするとエラーとなってしま

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vscode remote containersの紹介動画をyoutubeで公開しました

vscode remote containers in 何

dockerコンテナ内のランタイムやツールをvscode上で使うことができる拡張機能です。

つまり、ローカルにはgoをインストールせずにvscode上で補完や不要なimportの削除が実行可能となります。

実際の様子

導入方法や実際使ってる様子はこちら。

気を付けるべき点

気を付けるべき点として以下の項目が挙げられます。

1

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LaravelからDockerを使ってMySQLへ接続確認する方法

MySQLへの接続で躓いたので、確認したポイントをメモに残しておきます。

はじめに

DockerコンテナにLaravelは追加済みで、Hello World済みのところから、MySQLへの接続ができるように設定していきます。

各ファイルを用意

docker-compose.ymlにmysqlを追加

services: mysql: build: ./mysql container

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