記事一覧
バイオインフォマティクス武者修行 #7 ~レジストリエディタの改変とIrfanView~
久しぶりです。
今回は、Linuxソフトウェアではなく、PowerPointで図を作って論文に投稿するために高画質で出力する方法、そして、画質を維持したまま編集する方法を紹介します。
発端
論文を投稿する際に言われるのが「画質を350dpi以上にしてください」ということ。しかし、PowerPointのオプションで高画質を維持する設定にすると最大で330dpiまでしか維持できません。
そうなった
バイオインフォマティクス武者修行 #6 ~vim(vi)コマンド~
テキストタイプのデータをlinux上で編集する際に必要になってくるのがvimコマンドです。今回は簡単な内容ですが、まとめておきます。
vimの操作方法
今回は、とある解析で使った表現型のファイルの編集を例に出します。
vim を起動して必要な情報を書き込みます。あらかじめWindowsのテキストエディタでまとめておいてあとで貼るのが楽でお勧めです。
vim BRR?DE2.txt0mM 0m
バイオインフォマティクス武者修行 #5 ~gdown~ (221223 更新）
※以下、国立遺伝学研究所が有するスーパーコンピューターシステムを利用しています。
みなさんは、Linux上でweb上の情報をダウンロードする際にどのコマンドを使っていますか？一般的にはwgetが知られていますよね。
ですが、そうはいかないときがあります。
例えば、ZIPファイルのようなファイルはwgetでダウンロードしづらい場合があり、Windowsでコマンドラインを起動しているといったんロー
バイオインフォマティクス武者修行 #4 ~TSSfinder~ だれかたすけて
こんにちは。
TSSfinderという、高等生物のゲノムに存在するTSS(Transcription Start Site)を特定するソフトウェアがあったので、使おうとしてみました。
途中まではよかったのですが、Pythonの記法で１日以上かかってしまいました。いったん棚に上げてはいますが、あきらめきれず今に至ります。助け舟を求める意味も含めていったんここに投げます。誰か助けて下さい。
WEBも
バイオインフォマティクス武者修行 #3 Tensorflow
tensorflowを使ってGPUによる解析をする場合
とりあえずまとめました。遺伝研スパコンでGPUの解析がしたい人は参考までに。
何も対策せずに起動すると以下のようなエラーが生じる。
2022-11-02 14:08:09.957352: I tensorflow/core/platform/cpu_feature_guard.cc:193] This TensorFlow binary
バイオインフォマティクス武者修行 #1 "EnTAP"
こんにちは。ベンゼンです。
アブストラクトの記事が全然進んでいないのは思ったより編集が大変だったからです。あまり更新しないと思います(笑)
今日からは、僕が研究の中で作ったいろいろなソフトウェアの注意点をまとめたテキストを共有していきたいと思います。
最初はべた張りですが、直に更新していきたいと思っています。頻度はご愛敬。
それではどうぞ。
記念すべき１回目はEnTAPと呼ばれる相同性検索
- #準備
- #注意
- #はじめに
- #At
- #Type
- #this
- #select
- #もともと
- #このあと
- #私の場合は
- #NCBI
- #中間データを消す
- #logを確認
- #空欄を消す
- #スぺースをタブに変換する
- #どうやらGOが紐づけられた遺伝子数はlogに載っている値より少し多い
- #linuxにおける各文字の正規表現については以下
- #これをGOエンリッチメント解析に用いる
- #この重複の削除方法は221118現在では不明
- #EnTAP
- #RefSeqの植物だけのデータ
- #サーバーに戻る
- #ディレクトリ名を変えるecho
- #メモリを大量に消費するので
- #UniprotとEggNOGの2つのデータをまとめる
- #既にEnTAPによってGOデータは集約されているが
- #GOデータの集約
- #参照データを持たない非翻訳産物がnon
- #Specify
- #Transdecoder
- #bashrcに書き加える
- #ディレクトリ名を変える
- #GeneMarkS
- #Pantherのデータ
- #30分くらいかかる
- #InterProScan
- #Uniprot_TrEMBL
- #Uniprot_Swiss
論文アブストメモリーズ #0
こんにちは。おにぎりベンゼンです。
私が所属する研究室では、毎週金曜日にゼミを開講しています。
そこでは、年に一度、論文のアブストラクトだけまとめて発表する「アブスト10」なるものがあります。アブストラクトだけ読めばよいかと思いきや、実際は、それ以外の部分も先生から質問されるため、一部の学生からは不満が出るほどなかなかにハードな内容となっております。
発表スライドは、論文タイトル、著者、年、