おにぎりベンゼン

とある博士課程学生です。 何かしら役に立つことを書いていければいいなと思ってます。 #…

おにぎりベンゼン

とある博士課程学生です。 何かしら役に立つことを書いていければいいなと思ってます。 #論文アブスト

バイオインフォマティクス武者修行 #7 ~レジストリエディタの改変とIrfanView~

久しぶりです。 今回は、Linuxソフトウェアではなく、PowerPointで図を作って論文に投稿するために高画質で出力する方法、そして、画質を維持したまま編集する方法を紹介します。 発端 論文を投稿する際に言われるのが「画質を350dpi以上にしてください」ということ。しかし、PowerPointのオプションで高画質を維持する設定にすると最大で330dpiまでしか維持できません。 そうなったときに、調べてたら出てきたので、まとめました。 基にした論文はこちら。https

おにぎりベンゼン

    • バイオインフォマティクス武者修行 #6 ~vim(vi)コマンド~

      テキストタイプのデータをlinux上で編集する際に必要になってくるのがvimコマンドです。今回は簡単な内容ですが、まとめておきます。 vimの操作方法 今回は、とある解析で使った表現型のファイルの編集を例に出します。 vim を起動して必要な情報を書き込みます。あらかじめWindowsのテキストエディタでまとめておいてあとで貼るのが楽でお勧めです。 vim BRR?DE2.txt0mM 0mM_rep10mM 0mM_rep20mM 0mM_rep3100mM 100m

      おにぎりベンゼン

      • バイオインフォマティクス武者修行 #5 ~gdown~　(221223　更新）

        ※以下、国立遺伝学研究所が有するスーパーコンピューターシステムを利用しています。 みなさんは、Linux上でweb上の情報をダウンロードする際にどのコマンドを使っていますか？一般的にはwgetが知られていますよね。 ですが、そうはいかないときがあります。 例えば、ZIPファイルのようなファイルはwgetでダウンロードしづらい場合があり、Windowsでコマンドラインを起動しているといったんローカルでインストールしたあとにまたサーバーに投げなおす(sftpなどで)必要があり

        おにぎりベンゼン

        • バイオインフォマティクス武者修行 #4 ~TSSfinder~ だれかたすけて

          こんにちは。 TSSfinderという、高等生物のゲノムに存在するTSS(Transcription Start Site)を特定するソフトウェアがあったので、使おうとしてみました。 途中まではよかったのですが、Pythonの記法で１日以上かかってしまいました。いったん棚に上げてはいますが、あきらめきれず今に至ります。助け舟を求める意味も含めていったんここに投げます。誰か助けて下さい。 WEBもあるのにスタンドアロン版を使う意味としては、より大きなサイズのゲノム配列を扱える

          おにぎりベンゼン

        バイオインフォマティクス武者修行 #7 ~レジストリエディタの改変とIrfanView~

        おにぎりベンゼン

          バイオインフォマティクス武者修行 #3 Tensorflow

          tensorflowを使ってGPUによる解析をする場合 とりあえずまとめました。遺伝研スパコンでGPUの解析がしたい人は参考までに。 何も対策せずに起動すると以下のようなエラーが生じる。 2022-11-02 14:08:09.957352: I tensorflow/core/platform/cpu_feature_guard.cc:193] This TensorFlow binary is optimized with oneAPI Deep Neural Ne

          おにぎりベンゼン

          バイオインフォマティクス武者修行 #3 Tensorflow

          おにぎりベンゼン

          バイオインフォマティクス武者修行 #2 "r-remotes"

          RでBiocManagerやinstall.packagesを使ってもパッケージがインストールできないとき Rって難しいですよね。難しくさせる要因の1つにパッケージインストール方法の違いがあると思います。 パッケージの使用方法はマニュアルを見ればだいたいわかりますがインストールは別。ということで今回は"remotes"というパッケージを使ってgithub上から直接Rパッケージをインストールする方法を書いていきます。 例BiocManager::install("DEGre

          おにぎりベンゼン

          バイオインフォマティクス武者修行 #2 "r-remotes"

          おにぎりベンゼン

          バイオインフォマティクス武者修行 #1 "EnTAP"

          こんにちは。ベンゼンです。 アブストラクトの記事が全然進んでいないのは思ったより編集が大変だったからです。あまり更新しないと思います(笑) 今日からは、僕が研究の中で作ったいろいろなソフトウェアの注意点をまとめたテキストを共有していきたいと思います。 最初はべた張りですが、直に更新していきたいと思っています。頻度はご愛敬。 それではどうぞ。 記念すべき１回目はEnTAPと呼ばれる相同性検索のワークフローです。 EnTAPを用いたゲノム・トランスクリプトームの大規模ア

          おにぎりベンゼン

          バイオインフォマティクス武者修行 #1 "EnTAP"

          おにぎりベンゼン

          論文アブストメモリーズ #1

          こんにちは。おにぎりベンゼンです。 アブストラクト紹介の件については、この直前に書いた記事を参考にしてください。 では、早速第一弾。 2015年にPlant science : an international journal of experimental plant biologyに投稿された論文です。 タイトルは、Proteomic analysis of changes in the Kandelia candel chloroplast proteins reve

          おにぎりベンゼン

          論文アブストメモリーズ #1

          おにぎりベンゼン

          論文アブストメモリーズ #0

          こんにちは。おにぎりベンゼンです。 私が所属する研究室では、毎週金曜日にゼミを開講しています。 そこでは、年に一度、論文のアブストラクトだけまとめて発表する「アブスト10」なるものがあります。アブストラクトだけ読めばよいかと思いきや、実際は、それ以外の部分も先生から質問されるため、一部の学生からは不満が出るほどなかなかにハードな内容となっております。 発表スライドは、論文タイトル、著者、年、アブストラクトを紹介した1枚、及び内容をまとめた1枚の2枚×10報の計20枚で構

          おにぎりベンゼン

          論文アブストメモリーズ #0

          おにぎりベンゼン

          0 th season 「初投稿」

          はじめまして。 こういうの初めてなので、なにしたらいいかわかってません。 基本的に、論文紹介や申請書用に作った図をできる範囲で公開します。 クオリティはそんなに期待しないでください笑 あと、いずれは申請書の書いていく流れとか、思ったこととかを書いていくかもしれませんね。 はい、ということで、早速 さっきPixivにアップロードしたばかりですが、ここでも上げておきましょう。 申請書を書く際に、ネットに上がっている画像を使う訳にはいきません。自分で作らないといけません。 私

          おにぎりベンゼン

          0 th season 「初投稿」

          おにぎりベンゼン