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固定された記事

ゲノム分野でのブロックチェーン技術の利用

近年、ゲノム分野にブロックチェーンを利用しようとするスタートアップや機関が多く立ち上がってきており、仮想通貨ブロガーなどはそのICOを紹介していたりしています。 …

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新人はなぜ「分からないことを聞かない」のか

どうも /* ここに小気味いい時候の挨拶を入れる */ 今年度も2か月が経過して各所愚痴吐きスペースでは「分からないことを聞かない新人」の話をよく聞くばかりです。 な…

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pGEM-T assay プロトコル

概要 自前のインサートとキットの溶液を混ぜて室温で1時間 反応液 2 x Rapid Ligation Buffer, T4 DNA Ligase ... 5 μl pGEM-T Vector(50ng/μl) ... 1 μl insert(PCR…

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3年前

electrocompetent cellの作成

【背景・目的】 コンピテントセルの作成は研究室の日常業務であるものの、シングルコロニーを取ったり、コンピテントセル作成用の培地を用意したり、氷上や低温で操作した…

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真面目系クズ詩集

Web勉強会への参加登録後に一言 差別はよくないよね

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3年前

クリスペ×かとるすのコラボNFTオークションのQ&Aメモ

Q1. なぜ入札枚数の半分だけ発行するのか仮説：入札したが落札できなかった人たちに二次市場での需要と価格を担保させ供給量と値段を決めることで、販売したトークン・権…

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CRISPR Systems の分類

CRISPR-Cas SystemはClass 1 とClass 2に, さらにType I~VI, その下にいくつかのサブタイプで分類できる。（歴史としてはTypeが先にあって、後にClassができた） https://…

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Casの分類

1. Class分けCRISPR機構で核酸切断関係するタンパク質の数 Class 1 : 複数のタンパクでRNAを介した標的核酸の認識をして切断 Class 2：1つのタンパクでRNAを介した標的核酸…

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LunaDNA

LunaDNA最大の特徴遺伝子解析機器（シーケンサー）や周辺ソフトを開発・販売しているillumina.lnc社の元副社長や元最高技術責任者がメンバー 概要・Luna Public Benefit C…

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4年前

液‐液相分離の勉強ノート 1/n

液-液相分離がTwitter上の化学者や生物学者で人気を博していたので、なんじゃらほいと。 意味的には液相と液相とが分離している状態。 液体の中に別の液体が集まった液相…

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ゲノム編集(1/n) 技術概覧

ゲノム編集とは最近話題に上ることもあるゲノム編集。 特に昨年末には中国でゲノム編集技術を使われた双子の出産が話題でしたね。 しかし「つーかゲノム編集って何？」って…

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熱力学 note

「高分子溶液熱力学 — 相平衡の理解 — 奈良女子大学名誉教授 榮永 義之」を勉強するノート pdfは↓ 1.1 定義熱力学は自然界を2つに分けて議論する。 1. 系(system)...考…

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実験関係ノート #4 DNAの精製

・エタノール沈殿使いどころ・・・DNAから不要な塩, 有機溶剤, タンパクなどを除去 薬剤 　3M NaOAc 　100% EtOH 　70% EtOH 1. サンプルの1/10量の3M NaOAcを加える 2. 1…

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実験関係ノート#3 QIAGEN Buffer

Buffer P1 50mM Tris-HCl pH8.0 10mM EDTA 100μg/ml RNaseA --- 100mlを作るときは 1M Tris-HCl pH8.0 5ml 0.5M EDTA 2ml 100mg/ml RNaseA 100μl 蒸留水で100mlに…

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実験関係ノート #2 NID-miniprep

NID miniprep 長所：チューブ1本でminiprepできる 　　　カラムいらない 短所：カラムよりはちょっと汚い（制限酵素処理には使える） https://journals.plos.org/plosone/a…

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実験関係ノート #1

アグロバクテリウム(Agrobacterium, A.tumefaciens, Rhizobium radiobacter) 植物の形質転換に利用できる electroporationでプラスミドを導入・形質転換した bio-radの…

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ゲノム分野でのブロックチェーン技術の利用

ゲノム分野でのブロックチェーン技術の利用

近年、ゲノム分野にブロックチェーンを利用しようとするスタートアップや機関が多く立ち上がってきており、仮想通貨ブロガーなどはそのICOを紹介していたりしています。

ただそういった記事の内容はビジネスモデルの紹介が多く、ゲノムとブロックチェーンの相性がどのくらいよいのか、そのプロジェクトにおける問題点、そしてそもそもなぜゲノム分野の人がこれほどまでにブロックチェーンに魅了されるのか、そういった点につ

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新人はなぜ「分からないことを聞かない」のか

どうも

/* ここに小気味いい時候の挨拶を入れる */

今年度も2か月が経過して各所愚痴吐きスペースでは「分からないことを聞かない新人」の話をよく聞くばかりです。

なぜなぜ分析がそこそこ流行っているのに「なぜ分からないことを聞かないのか」をあまり考えず、新人だから、最近の若い人はとか、そういう人だからで済ませてませんか。新人の頃のあなたもそう言われてましたよ。

私が思うに「分からないことを

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pGEM-T assay プロトコル

概要

自前のインサートとキットの溶液を混ぜて室温で1時間

反応液

2 x Rapid Ligation Buffer, T4 DNA Ligase ... 5 μl
pGEM-T Vector(50ng/μl) ... 1 μl
insert(PCR product) ... X μl
T4 DNA Ligase ... 1 μl
MilliQ ... 3-X μl

・Positive C

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electrocompetent cellの作成

【背景・目的】

コンピテントセルの作成は研究室の日常業務であるものの、シングルコロニーを取ったり、コンピテントセル作成用の培地を用意したり、氷上や低温で操作したりと用意するもの・やることが複雑で時間がかかる。
しかしググってみると培地はいつも使うLBでよかったり、シングルコロニーではなくグリセロールストックから採取する、室温で操作するといった手の抜きどころが散見される。特にエレポコンピは室温で作

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真面目系クズ詩集

Web勉強会への参加登録後に一言

差別はよくないよね

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クリスペ×かとるすのコラボNFTオークションのQ&Aメモ



Q1. なぜ入札枚数の半分だけ発行するのか仮説：入札したが落札できなかった人たちに二次市場での需要と価格を担保させ供給量と値段を決めることで、販売したトークン・権利の価値を保存できるという考えではないか。

仮説の説明：例えば、ミカンが欲しい人が100人いたとする。そのうち50人にミカンを与えれば、ミカンを持っている人が50人とミカンが欲しい人50人=二次市場が生まれる。また、ミカンを持ってい

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CRISPR Systems の分類

CRISPR-Cas SystemはClass 1 とClass 2に, さらにType I~VI, その下にいくつかのサブタイプで分類できる。（歴史としてはTypeが先にあって、後にClassができた）

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X16301981

まず最も大きいClass分けについてClass 1とC

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Casの分類

1. Class分けCRISPR機構で核酸切断関係するタンパク質の数
Class 1 : 複数のタンパクでRNAを介した標的核酸の認識をして切断
Class 2：1つのタンパクでRNAを介した標的核酸の認識をして切断

2. Type分けより分子機構レベルでみた分類。

crRNA, tracrRNAの形状, 標的分子, PAM配列, 反応機構の違いなどで分類される

Class 1にはType-

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LunaDNA

LunaDNA最大の特徴遺伝子解析機器（シーケンサー）や周辺ソフトを開発・販売しているillumina.lnc社の元副社長や元最高技術責任者がメンバー

概要・Luna Public Benefit Corporation(公益法人)によって設立・管理されている
・メンバーは元illumina(元副部門長や元最高技術責任者)
・ゲノムと健康情報についてのプラットフォーム（どこもそう）
・健康情報と

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液‐液相分離の勉強ノート 1/n

液-液相分離がTwitter上の化学者や生物学者で人気を博していたので、なんじゃらほいと。

意味的には液相と液相とが分離している状態。
液体の中に別の液体が集まった液相が形成されてい状態。
簡単に言えばドレッシングのオイル。
ただしことは簡単ではなく、ドレッシングのオイルは水に溶けるやつと溶けないやつが分離している状態なんだけど、液‐液相分離は両方とも水に溶けるやつなんだけど密な相と疎な相で分離

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ゲノム編集(1/n) 技術概覧

ゲノム編集とは最近話題に上ることもあるゲノム編集。
特に昨年末には中国でゲノム編集技術を使われた双子の出産が話題でしたね。
しかし「つーかゲノム編集って何？」って思う方もいらっしゃるでしょう。
ゲノム編集とは遺伝子を操作する技術のひとつです。

なぜ注目されているのか遺伝子操作技術というと何を思い浮かべますか？
大豆やトウモロコシの遺伝子組み換え表記とかでしょうか。
もちろんそれらも遺伝子操作技術

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熱力学 note

「高分子溶液熱力学 — 相平衡の理解 — 奈良女子大学名誉教授 榮永 義之」を勉強するノート
pdfは↓

1.1 定義熱力学は自然界を2つに分けて議論する。
1. 系(system)...考察の対象になるもの
2. 外界(surroundings)...その他

考察の対象になる『系』の状態変化は『外界』との相互作用によって引き起こされる。

『系』は『外界』との関わり方によって3つに分類できる

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実験関係ノート #4 DNAの精製

・エタノール沈殿使いどころ・・・DNAから不要な塩, 有機溶剤, タンパクなどを除去
薬剤
　3M NaOAc
　100% EtOH
　70% EtOH

1. サンプルの1/10量の3M NaOAcを加える
2. 100% EtOHをサンプルの倍量加え攪拌する
3. R.T., 15000rpm, 30min
4. 上清除去
5. 70% EtOH を加えてWash
6. R.T., 15000

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実験関係ノート#3 QIAGEN Buffer

Buffer P1
50mM Tris-HCl pH8.0
10mM EDTA
100μg/ml RNaseA
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100mlを作るときは
1M Tris-HCl pH8.0 5ml
0.5M EDTA 2ml
100mg/ml RNaseA 100μl
蒸留水で100mlに, 滅菌不要, 4℃保存

Buffer P2
20mM NaOH
1% SDS
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100ml作

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実験関係ノート #2 NID-miniprep

NID miniprep
長所：チューブ1本でminiprepできる
　　　カラムいらない
短所：カラムよりはちょっと汚い（制限酵素処理には使える）
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0023457

1) 1.5-2 ml of bacterial cultures were pelleted at

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実験関係ノート #1

アグロバクテリウム(Agrobacterium, A.tumefaciens, Rhizobium radiobacter)
植物の形質転換に利用できる
electroporationでプラスミドを導入・形質転換した
bio-radの装置で初期設定されている
通電後、回復培養を1.5時間, 28℃で行った
LB Ager(Amp(100μg/ml), Gem(50μg/ml), Rif(

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