まっどい

病気をきっかけにドロップアウトしたただのそのへんの無位無官の医師です。

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記事一覧

PythonでBrunnerMunzel並び替えテストをやってみる

特に意味があってではないのですがPythonでできないかなと思ってちょっといじってみました。環境とかが面倒なのでGoogle colabです。 import numpy as npimport scipyimpo…

まっどい
1か月前

比較するグループのプロフィールを作る!

 研究する内容が決まったら、何と何とで比較するかを考えます。仮説があって、そこから対象を決めて、そこでどういうグループ分けになっているか、そしてグループ間に偏り…

まっどい
1か月前

ChatGPTメモ

Twitterとかから拾ってきたものの個人的なメモです。 基本は自分でまず論文を読んで、そして自分で論文を英語で書いて、それを修正してもらうスタイルを繰り返して基礎的な…

まっどい
4か月前
1

並べ替え検定をしたらどうなっているのか

 並び替え、ならびかえ、ナラビカエ、narabikae、Nara Becker A!  最近並び替えという単語の使用頻度が増えました。並び替えって何してるの?と考えてみてよく分からな…

まっどい
5か月前

DeepLabCutをM1 Macで動かしてみる

 基本的にはAnacondaかJupiter Desktopを使えって言うのが王道なんでしょうけど何とかPIPインストールできないかなあと妄想するページです。    使用するPythoは3.10で…

まっどい
7か月前
1

Welchのt検定とBrunner-Munzel検定を使う

 ずっと悩ましかったWelchのt検定とBrunner-Munzel検定をどう使うか自分なりにこうかな?と自分に言い聞かせてみたので書いてみました。まだまだ釈然としない部分があるの…

まっどい
7か月前
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Rstanで2×2クロス集計表の検定をしてみる

さて、統計でRstanを使ってみましょう。 薬のA症状に対する効果とB症状に対する効果でどうだったかなんかを検証するときは2×2のクロス集計表に対する統計検定で行われると…

まっどい
1年前

Montereyになる

Windowsのクラッシュに散々、困らされていたので大事なことはMacでやっています。それもシミュレーションソフトを実用的な速度で走らせるためにM1にしたらなんだか固まるこ…

まっどい
2年前

掲載体験記

きっかけ  患者さんの質問に答えられなかったが、論文を引いても一件もヒットしなかった。過去のカルテを8年分くらい見返してみると教科書的な内容と全く違った。これはお…

まっどい
2年前

モデリングする

 研究課題を設定しました。さあ統計・・・とちょっと待ってください。  あなたの研究にはどんな側面があって、どういう構造をしているのでしょうか。これを明らかにして…

まっどい
2年前

シミュレーションを使ってみる

 さて、無事に検定を通過した精鋭たち。中にはp<0.0000001とかを達成してしまったりもします。  しかし、数学的に差があっても臨床的に意味のある差である保証はどこにも…

まっどい
2年前

パッケージのインストール

ダウンロードした状態でRは、大体普通に使えるくらいの統計や演算は全部入っています。でもなんでこんな説明が必要かというと、やっぱり必要なものがあったりします。 そ…

まっどい
2年前

Rのダウンロード

ダウンロードは簡単です。 公式サイトに行きましょう。自治医大のEZRなんかもありますけど私は統計しやすいのとstanが使えるので公式のRを使います。 公式からRのダウン…

まっどい
2年前

もうRでいいかもしれない

色々統計ソフトを使ってみましたけどやっぱりR が色々いいのかなあと思い始めたのでちょっとまとめてみようと思い立ちました。そんなに複雑な演算は要らない方はこちらのR…

まっどい
2年前

君の統計はイケてるのか!?

 2016年、アメリカ統計協会から提言がされました。書くと長いのでこちらをどうぞ(日本軽量生物学会のHPより)。  ん〜最近、editorになんかそれっぽいコメントをつけら…

まっどい
2年前

現代文の読まれ方(仮)

 現代文の読み方ではなく読まれ方を少し考えてみました。読み方は好きにすればよいと思います。どう読むかなんて自由だし、型にはまってない方が良い事なんていくらでもあ…

まっどい
2年前
1

PythonでBrunnerMunzel並び替えテストをやってみる

特に意味があってではないのですがPythonでできないかなと思ってちょっといじってみました。環境とかが面倒なのでGoogle colabです。

import numpy as npimport scipyimport mathfrom permutations_stats.permutations import permutation_testx=[(数値),(数値),・・・]y=[(数値),(

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比較するグループのプロフィールを作る!

 研究する内容が決まったら、何と何とで比較するかを考えます。仮説があって、そこから対象を決めて、そこでどういうグループ分けになっているか、そしてグループ間に偏りがないかというところになります。
 そうすると、最初に作るべき表は対象をなる人たちをグループ分けした、全体、グループ1(仮)、グループ2(仮)・・・、となります。そしれそれぞれにいろんな背景の項目があります。これは、どんな人に対してあなたの

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ChatGPTメモ

Twitterとかから拾ってきたものの個人的なメモです。
基本は自分でまず論文を読んで、そして自分で論文を英語で書いて、それを修正してもらうスタイルを繰り返して基礎的な力をつけた方が良いと思います。

論文に基づく解答をもらう
"Please answer it based on the literature."

Methodなどを書き換えたい(剽窃対策)
→次の英文を書き換えてください

より

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並べ替え検定をしたらどうなっているのか

 並び替え、ならびかえ、ナラビカエ、narabikae、Nara Becker A!
 最近並び替えという単語の使用頻度が増えました。並び替えって何してるの?と考えてみてよく分からなかったので調べてみました。

同じ母集団に所属する要素A、Bがサンプルとして取れたと仮定する。
母分布からa個の標本A、b個の標本Bの、全体でa+b個取れてきた標本をランダムにA'とB'に割り付ける場合の数を計算する。

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DeepLabCutをM1 Macで動かしてみる

 基本的にはAnacondaかJupiter Desktopを使えって言うのが王道なんでしょうけど何とかPIPインストールできないかなあと妄想するページです。
 

 使用するPythoは3.10です。3.11だと何だかのフォルダがなくなっちゃったと言うことでDeepLabCut-GUIがインストールできません。当然、Pythonに詳しいわけでも何でもないので解決できるわけもなく掲示板を見ましたが

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Welchのt検定とBrunner-Munzel検定を使う

 ずっと悩ましかったWelchのt検定とBrunner-Munzel検定をどう使うか自分なりにこうかな?と自分に言い聞かせてみたので書いてみました。まだまだ釈然としない部分があるので結論も書き直すかもしれません。
 どちらも数値データの比較なのですが、割と特徴があるみたいです。
 まず、Studentのt検定というのがあるのですが、これは条件に合う限定盤の集団を見つけてきて当てはまったら効果的な検

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Rstanで2×2クロス集計表の検定をしてみる

さて、統計でRstanを使ってみましょう。
薬のA症状に対する効果とB症状に対する効果でどうだったかなんかを検証するときは2×2のクロス集計表に対する統計検定で行われると思います。

通常の検定ではχ二乗検定が使われますが数の小さなマスがあるのでFisherの直接確立検定が用いられるところではあるかなと思います。この際はp=0.0016というなかなか素敵な値が出たわけですが次の場合はどうでしょう

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Montereyになる

Windowsのクラッシュに散々、困らされていたので大事なことはMacでやっています。それもシミュレーションソフトを実用的な速度で走らせるためにM1にしたらなんだか固まることも出てきたりしているので微妙なところなんですが、買ってしまったものは仕方がない。
対応しないものも出てきたのでBigSurからMonterey12.4にアップデートしました。

Python
 まず、Pythonさんはどこにい

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掲載体験記

きっかけ
 患者さんの質問に答えられなかったが、論文を引いても一件もヒットしなかった。過去のカルテを8年分くらい見返してみると教科書的な内容と全く違った。これはおかしくないか?と思った。

とりかかり
 まずは倫理委員会を通すためにたたき台を作る必要がある。当然ながら事故を避けるためには国際的に正当な手続きをしっかり踏まなければいけない。人体実験は結果が良くても許容されない。特に英文論文ではこの時

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モデリングする

 研究課題を設定しました。さあ統計・・・とちょっと待ってください。

 あなたの研究にはどんな側面があって、どういう構造をしているのでしょうか。これを明らかにしてわかりやすくモデルを作ります。こんな図のグラフィカルモデルとか。

それぞれの関係を数理モデルにしていきます。図は適当です。ここが一番難しいかもしれません。●⇨■という現象があって、よく調べてみたら▲や☗を介して繋がっていたりとかいろんな

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シミュレーションを使ってみる

 さて、無事に検定を通過した精鋭たち。中にはp<0.0000001とかを達成してしまったりもします。
 しかし、数学的に差があっても臨床的に意味のある差である保証はどこにもありません。というわけでどれくらいの目に見える差になるのかシミュレーションをしてみましょう。・・・残念ながらここからはプログラムを使わないといけません。

ここでは多くの人が導入しやすいStanを使います。BUGSとかもあるので

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パッケージのインストール

ダウンロードした状態でRは、大体普通に使えるくらいの統計や演算は全部入っています。でもなんでこんな説明が必要かというと、やっぱり必要なものがあったりします。

そのうち出てくるBrunner-Munzelの並び替え検定とかみんなのあまり知らない検定とかは入ってなかったりします(Brunner-Munzelはいい検定ですよ)。

ここで、Rを立ち上げるとこんな画面になります

コマンドを入力します。

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Rのダウンロード

ダウンロードは簡単です。

公式サイトに行きましょう。自治医大のEZRなんかもありますけど私は統計しやすいのとstanが使えるので公式のRを使います。

公式からRのダウンロード

R studioのダウンロード

トップページのNEWSのとこにありますね。今のところは・・・。あとはR studioもダウンロードしておくと何かと便利です。ただ、これは説明を読んでダウンロードできる人じゃないと大変か

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もうRでいいかもしれない

色々統計ソフトを使ってみましたけどやっぱりR が色々いいのかなあと思い始めたのでちょっとまとめてみようと思い立ちました。そんなに複雑な演算は要らない方はこちらのRコマンダーが良いかもしれません。

インストール

中身を整える〜パッケージのインストール

使い方(ちょっと難しい)
   -いけてる図の作成
   -検定(思いつくものから更新)
     数値の比較
     クロス集計表での比較

君の統計はイケてるのか!?

 2016年、アメリカ統計協会から提言がされました。書くと長いのでこちらをどうぞ(日本軽量生物学会のHPより)。

 ん〜最近、editorになんかそれっぽいコメントをつけられたんですが、思い返せば良い雑誌にrejectされるときにされていたコメントがそんなことを言っていたような気がします。当時はなんのことだかさっぱりでしたけど。

 統計協会からの提言を受けてp値を使って論文を書くのはやめようと

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現代文の読まれ方(仮)

 現代文の読み方ではなく読まれ方を少し考えてみました。読み方は好きにすればよいと思います。どう読むかなんて自由だし、型にはまってない方が良い事なんていくらでもあります。わざといく通りにも考えられる文章を書くのもまた乙なものです。

 試験に現代文がありますが、みなさんどうお考えでしょうか。勉強してもできないしセンスだろうと思ってる人はある程度正しそうだし、ある程度間違っています。試験の答えを出すの

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