まっどい

病気をきっかけにドロップアウトしたただのそのへんの無位無官の医師です。

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病気をきっかけにドロップアウトしたただのそのへんの無位無官の医師です。

何をどう考えてアウトカムに至るのか

色々と研究前に詰めていく必要があります ・どんな人？ 　　→年齢、性別、身長、体重、臨床所見、検査値・・・いろいろあります 　　→先行研究をもとにどんな人を対象にするか決める（後出しはしない） ・どんなメカニズムで最終的に差が出るの？ 　　→違いが出るに至るストーリー（仮説）を先に考える（これが大事） 　　→似たようなものをgoogle scholarとかで探してみる（pubmedだと狭い） 　　→ただ検定してp値が低いからでは再現性のない論文になりかねない 　　→とりあえ

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    • PythonでBrunnerMunzel並び替えテストをやってみる

      特に意味があってではないのですがPythonでできないかなと思ってちょっといじってみました。環境とかが面倒なのでGoogle colabです。 import numpy as npimport scipyimport mathfrom permutations_stats.permutations import permutation_testx=[(数値),（数値),・・・]y=[(数値),(数値),・・・・]permutation_test(x,y,test="brun

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      • 比較するグループのプロフィールを作る！

        　研究する内容が決まったら、何と何とで比較するかを考えます。仮説があって、そこから対象を決めて、そこでどういうグループ分けになっているか、そしてグループ間に偏りがないかというところになります。 　そうすると、最初に作るべき表は対象をなる人たちをグループ分けした、全体、グループ1(仮)、グループ2(仮)・・・、となります。そしれそれぞれにいろんな背景の項目があります。これは、どんな人に対してあなたのした研究モデルに当てはめられそうかというものを表します。あなたの研究での結果が全

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        • ChatGPTメモ

          Twitterとかから拾ってきたものの個人的なメモです。 基本は自分でまず論文を読んで、そして自分で論文を英語で書いて、それを修正してもらうスタイルを繰り返して基礎的な力をつけた方が良いと思います。 論文に基づく解答をもらう "Please answer it based on the literature." Methodなどを書き換えたい（剽窃対策） →次の英文を書き換えてください より良い英文にできないか →英文は文法的に正しいですか →英文は自然ですか？医学論文

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        何をどう考えてアウトカムに至るのか

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          並べ替え検定をしたらどうなっているのか

          　並び替え、ならびかえ、ナラビカエ、narabikae、Nara Becker A！ 　最近並び替えという単語の使用頻度が増えました。並び替えって何してるの？と考えてみてよく分からなかったので調べてみました。 同じ母集団に所属する要素A、Bがサンプルとして取れたと仮定する。 母分布からa個の標本A、b個の標本Bの、全体でa+b個取れてきた標本をランダムにA'とB'に割り付ける場合の数を計算する。その中で、AとBの差と同じような差が出るA'とB'の割り付けが出る確率を調べてい

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          並べ替え検定をしたらどうなっているのか

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          DeepLabCutをM1 Macで動かしてみる

          　基本的にはAnacondaかJupiter Desktopを使えって言うのが王道なんでしょうけど何とかPIPインストールできないかなあと妄想するページです。 　 　使用するPythoは3.10です。3.11だと何だかのフォルダがなくなっちゃったと言うことでDeepLabCut-GUIがインストールできません。当然、Pythonに詳しいわけでも何でもないので解決できるわけもなく掲示板を見ましたが分かりません。 　とりあえず、普通に色々インストールしていきます。 pip3 i

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          DeepLabCutをM1 Macで動かしてみる

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          Welchのt検定とBrunner-Munzel検定を使う

          　ずっと悩ましかったWelchのt検定とBrunner-Munzel検定をどう使うか自分なりにこうかな？と自分に言い聞かせてみたので書いてみました。まだまだ釈然としない部分があるので結論も書き直すかもしれません。 　どちらも数値データの比較なのですが、割と特徴があるみたいです。 　まず、Studentのt検定というのがあるのですが、これは条件に合う限定盤の集団を見つけてきて当てはまったら効果的な検定となっています。そのかわり条件に合わないと検定結果が信用ならないというどこかで

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          Rstanで2×2クロス集計表の検定をしてみる

          さて、統計でRstanを使ってみましょう。 薬のA症状に対する効果とB症状に対する効果でどうだったかなんかを検証するときは2×2のクロス集計表に対する統計検定で行われると思います。 通常の検定ではχ二乗検定が使われますが数の小さなマスがあるのでFisherの直接確立検定が用いられるところではあるかなと思います。この際はp=0.0016というなかなか素敵な値が出たわけですが次の場合はどうでしょう この場合はχ二乗検定でp=0.077となりp>0.05なので棄却されます。ただ

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          Rstanで2×2クロス集計表の検定をしてみる

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          Montereyになる

          Windowsのクラッシュに散々、困らされていたので大事なことはMacでやっています。それもシミュレーションソフトを実用的な速度で走らせるためにM1にしたらなんだか固まることも出てきたりしているので微妙なところなんですが、買ってしまったものは仕方がない。 対応しないものも出てきたのでBigSurからMonterey12.4にアップデートしました。 Python 　まず、Pythonさんはどこにいるかな・・・ % python --versionzsh: command n

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          Montereyになる

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          掲載体験記

          きっかけ 　患者さんの質問に答えられなかったが、論文を引いても一件もヒットしなかった。過去のカルテを8年分くらい見返してみると教科書的な内容と全く違った。これはおかしくないか？と思った。 とりかかり 　まずは倫理委員会を通すためにたたき台を作る必要がある。当然ながら事故を避けるためには国際的に正当な手続きをしっかり踏まなければいけない。人体実験は結果が良くても許容されない。特に英文論文ではこの時点でアウトになる。 　カルテの記載から、定説に使われている記述情報（所見、検査デ

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          モデリングする

          　研究課題を設定しました。さあ統計・・・とちょっと待ってください。 　あなたの研究にはどんな側面があって、どういう構造をしているのでしょうか。これを明らかにしてわかりやすくモデルを作ります。こんな図のグラフィカルモデルとか。 それぞれの関係を数理モデルにしていきます。図は適当です。ここが一番難しいかもしれません。●⇨■という現象があって、よく調べてみたら▲や☗を介して繋がっていたりとかいろんなことが分かるかもしれません。もちろん気がついてない他の要素が関係していることも多

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          シミュレーションを使ってみる

          　さて、無事に検定を通過した精鋭たち。中にはp<0.0000001とかを達成してしまったりもします。 　しかし、数学的に差があっても臨床的に意味のある差である保証はどこにもありません。というわけでどれくらいの目に見える差になるのかシミュレーションをしてみましょう。・・・残念ながらここからはプログラムを使わないといけません。 ここでは多くの人が導入しやすいStanを使います。BUGSとかもあるのですが更新が止まっていてこの先どうなるか分かりません。C++はちょっとめんどくさそ

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          シミュレーションを使ってみる

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          パッケージのインストール

          ダウンロードした状態でRは、大体普通に使えるくらいの統計や演算は全部入っています。でもなんでこんな説明が必要かというと、やっぱり必要なものがあったりします。 そのうち出てくるBrunner-Munzelの並び替え検定とかみんなのあまり知らない検定とかは入ってなかったりします（Brunner-Munzelはいい検定ですよ)。 ここで、Rを立ち上げるとこんな画面になります コマンドを入力します。インストールするときのコマンドは以下の通りです。 install.packag

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          パッケージのインストール

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          Rのダウンロード

          ダウンロードは簡単です。 公式サイトに行きましょう。自治医大のEZRなんかもありますけど私は統計しやすいのとstanが使えるので公式のRを使います。 公式からRのダウンロード R studioのダウンロード トップページのNEWSのとこにありますね。今のところは・・・。あとはR studioもダウンロードしておくと何かと便利です。ただ、これは説明を読んでダウンロードできる人じゃないと大変かなと思うのであえて詳細は書きません・・・。

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          Rのダウンロード

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          もうRでいいかもしれない

          色々統計ソフトを使ってみましたけどやっぱりR が色々いいのかなあと思い始めたのでちょっとまとめてみようと思い立ちました。そんなに複雑な演算は要らない方はこちらのRコマンダーが良いかもしれません。 インストール 中身を整える〜パッケージのインストール 使い方（ちょっと難しい） 　　　-いけてる図の作成 　　　-検定（思いつくものから更新） 　　　　　数値の比較 　　　　　クロス集計表での比較

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          もうRでいいかもしれない

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          君の統計はイケてるのか！？

          　2016年、アメリカ統計協会から提言がされました。書くと長いのでこちらをどうぞ（日本軽量生物学会のHPより）。 　ん〜最近、editorになんかそれっぽいコメントをつけられたんですが、思い返せば良い雑誌にrejectされるときにされていたコメントがそんなことを言っていたような気がします。当時はなんのことだかさっぱりでしたけど。 　統計協会からの提言を受けてp値を使って論文を書くのはやめようとか、統計的に有意差なしってもうやめましょうとかいうことも出されてきました。まった

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          君の統計はイケてるのか！？

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