ディープステートのルーツは共産主義⑤。米政府内や教育機関に潜入した共産主義工作員や知識人たちは、大学やマスコミ、映画、公教育、宗教家、財団を乗っ取るという「制度内への長征」と呼ばれる長期計画の共産主義運動を展開。こうしてCIAやFBIは、ディープステートに取り込まれていった。

ディープステートのルーツは共産主義④。1940年の米政府には、対外情報機関がなかったため、CIAの前身となる戦略情報局を設立。しかし、人材確保が難航。ナチスの占領地域に詳しいヨーロッパの共産主義者を多く雇うことになった。そのため、共産主義工作員が情報機関や国務省に大量に流入した。