永禄12年(1569)4月14日は将軍足利義昭が再興された二条御所へ入った日。前年に信長の助力で上洛し将軍に就任した義昭は本圀寺を居所とした。しかし1月に警備の隙を狙った三好三人衆による本圀寺の変が起きた。このため信長は義昭の兄義輝の二条御所跡を拡張し防備の整った御所を造営した。