【R言語】ggplot2を使って3群以上の比較グラフを作る④〜ggsignifでp値を入れる準備をする〜

こんにちは。R言語の勉強真っ最中の生命科学系研究者のえいこです。

グラフを作るとアルファベット順に並べてしまうRの特性と悪戦苦闘しながら、X軸の変数を制御して思い通りの順番に並べられるようになりました。

さて、おそらく最難関になるのではないかと予想される「検定結果をグラフに書いていく」をしていきたいと思います。

あまり複雑なことをせずに、pの値を直接書いてしまえ!スタンスでいきたいと思います

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【R言語】ggplot2を使って3群以上の比較グラフを作る③〜X軸の目盛を変数を使って変える〜

こんにちは。R言語をだんだんマスターしつつある生命科学系研究者のえいこです。

マスターすると言っても最終目標はNGS解析なのでまだまだ...

でもできることが増えてきて楽しくなってきています。

前回の記事ではグラフのX軸目盛りを変えるということをしてきました。が、毎回変数を作るのはめんどくさい!既にあるものから自動的に作れるようにならないものか?と試行錯誤してみました。

データから変数を作

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【R言語】ggplot2を使って3群以上の比較グラフを作る②〜X軸の目盛りを変える〜

こんにちは。R言語を使って検定もやってくれてカッコいいグラフも描ける。こんなコードを目指して日々コツコツ勉強している生命科学系研究者のえいこです。

論文を見ると、あっこれRで書いているな!ってわかる様になってきて、トップラボになればなるほど、Rで解析したりMATLABを使って図を作っていたりするんだなーと言う印象も持ちはじめています。(私の方向性は間違っていない?)

私は何をしてきたと言うと、

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【R言語】棒グラフの色を変えよう!〜ggsciでグラフの色にこだわる

こんにちは。R言語で多群比較用のグラフを書いているえいこです。

前回、3群比較の棒グラフを描いたのですが...

白・灰色・黒だとセンスがないなーと思って色々調べてみました。

実はRのパッケージに科学系の雑誌にあわせたカラーパレットなるものがあるそうなのでちょっと試しに使ってみようと思います。

参照したサイトはこちら。

“ggsci”をインストールしよう

ggplot2の仲間に”ggsc

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H博士が贈る「3分」で完結 初心者用 必読プログラミング講座・心得(プログラミング講座に高い授業料を払う必要はありません)

こんにちはH博士です.今回は,「3分」で完結するプログラミング講座・心得について書きます.これからの仕事術においてはますます重要になってくる分野ですが,初心者の方は是非これを読んでください!必ず出来るようになります!!決して巷の高いプログラミング講座なんてものにお金を払う必要はありません!!まずはこの記事を読んでみてから判断して下さい.

STEP1:プログラミングは「LOOP」と「IF」がすべて

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【R言語】3群以上の棒グラフを描く①ggplot2のコードを思い出す

こんにちは。Rで多群比較検定のコードをずーっとコツコと書いてきたえいこです。書き終わって一安心。

次は、グラフを描いていきます。

とりあえず二群比較で培った、ggplot2のノウハウを使ってザーッと描いてみて、修正が必要な箇所を少しずつ修正して行こうと思います。

二群比較で描いたグラフはこちら。

では早速、なにも考えずコード丸写しでどうなるかやってみましょう。

2群比較のコードは多群比較

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正しいグラフの使い方

2020年度から、小学校の算数に「データ活用」の単元が加わるそうです。
その一方で会社のレポートに「何のためののグラフなの?」といった資料が混在してる時があります。10年後にはデータリテラシーの格差による問題がいろいろ発生しそうな予感が…

そこで今回は、グラフの正しくて効果的な使い方を学ぶ機会がなかった人たち(私も含む)に、役立ちそうなサイトを見つけたので紹介します。
※英語のサイトですが、Ch

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今のところ、多群検定でこんなグラフが書けるようになりました。コードをまとめるのに時間がかかっています...。

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【R言語】多群比較検定結果のフォーマットを統一する④ノンパラメトリック検定編

R言語を使って多群比較検定のコードをコツコツ書いている、生命科学系研究者のえいこです。

多群比較検定の結果を統一するためのコードをずーっと書いていますが、今回が最終回。

ノンパラメトリック検定の出力結果を、今まで書いてきたフォーマットに合わせていきます。

今まで書いてきたコードの、元にした出力フォーマットがこちら。

一列目に、比較した群の組み合わせを、二列目にpの値を入れていきます。

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【R言語】多群比較検定のフォーマットを統一する③Bonferroni補正編

こんにちは。Rで多群比較検定のコードをコツコツ書いているえいこです。

最近は、「多群比較検定のフォーマットを統一する」ということをしています。

と言うのも、この後グラフを描いていく時にpの値をグラフ内に書きたい!って時に検定ごとにp値の引っ張り方が違ったらコードを書くのがめんどくさい。

いっそのこと出力フォーマットを統一してしまえー!ってことで、現在頑張って統一しているところです。

Tuk

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