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ドキュメント感染症「専門家会議」国家の命運を託された3人の研究者

文藝春秋digital

4年前

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緊急勉強会「西浦教授に実効再生産数(Rt)を使ったコロナ対策について聞く」を開催しました。開催時に寄せられた質問の回答を掲載しています。

JASTJ COVID-19 科学ジャーナリストのための情報整理

4年前

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Q39. 先生の活動を見て、科学と政治行政の信頼とコミュニケーションが不全と見ますが、先生のお考えは如何。医学医療の専門コミュニティーの中でも困難があるのではないか。短期と中長期でどうでしょうか？

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4年前

13

Q82. 日本のように感染の絶対数が少なければ、Rtの持つ意義も小さいのでは？

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4年前

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Q69. クラスター班の使われているデータがどこをソースとしているか知りたいです。

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4年前

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Q77. この数式をきちんと運用するためにも，37.5℃が4日続くまで自宅待機といった発症者を見えなくするような方式には問題が大きかったのではないでしょうか。

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4年前

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Q79. 推定されたRの値や、その値に基づいた将来予測には不確かさがありますが、マスコミを通して一般の目に触れる値は最尤推定値のみであるように思います。一般向けの発信でも、信頼区間などを用いて不確かさの範囲を明示することはできないでしょうか。　モデルの確率的情報について定量的な情報が不足している、または不確かさを定量化して議論できるという発想自体が適切に伝わっていないことによって、時々「モデルは不確かだから信頼できない」という議論が見られてしまうように思います。

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4年前

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Q67. 実効再生産数の数値を経済活動再開の目安にするといった主張（例えば，1を下回ったから再開してよい）を目にすることがありますが，実効再生産数は接触制限などの対策の取り方によって変動するものであるとすると，どのような形で目安にできる（あるいはできない）のでしょうか。

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4年前

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Q36. 最後に西浦先生が紹介されていた（その前の7日間の感染者数／直近７日間の感染者数）と少し似た指標として、（直近７日間の感染者数／現在の累積感染者数）という指標（「K値」）を大阪大学の中野先生らが提案されています。今後、K値のようなものを、実効再生産数を補完する指標として、分析に使うことは考えていらっしゃるでしょうか？

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4年前

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Q41. 不顕性集団の内容は、無症状者が大半と考えてよいのか？もしそうなら、「j(t)=k*i(t)」で定義されるkが大きいと発症率が相当低いことになるが、家族内で複数発症することが稀でないのは不可解ではないか？

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4年前

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Q29. Rが1以下になったのは緊急事態宣言より前という解釈でよいでしょうか?　今は、店舗のレジ等にシールドが張られるなど、今後もしばらく維持すべき対策はあります（もともと中国では日本の第2波が来る前にやっていたと思いますが）。そうだとすれば、かなり良い知らせです。本当でしょうか?

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4年前

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Q64. 人口流動データからRtを見積もって、感染者数から見積もったRtと、定量的に比較できますか？

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4年前

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Q25. インペリアル大学やドイツなどが出している、リアルタイムのRtは、曲線ではなく、直線の階段のようなグラフですが、政策の発令日などの効果は見やすくなっています。西浦先生のご説明によると、こうしたRt速報値は、似て非なる、簡易なものを見ていることになるのでしょうか。

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4年前

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感染症のSIRモデルと実効再生産数についての解説

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4年前

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Q80.無症状病原体保有者の存在割合はどのように考えていますか？参考論文や考え方を知りたいです。

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4年前

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Q75. 感染者１人当たりの二次感染数の分散が大きい場合（クラスターなどで）、実効再生産数を考える時に注意点はありますか？

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4年前

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Q71. Heterogeneity (Age),今後はさらにsocial mixing をいれるのか？　細分化すると､一見精緻に見えるがデータ入手､入手したデータの誤差などがおおきくなり､結局､それらを考慮しないシンプルモデルの方がfitが良くなるということもありそうだが､そのような比較をした研究はあるのか｡

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4年前

6

Q81. PCRキャパシティには上限があるとのことですが、陽性率であれば上限に達した後も変わりうる数字に思えます。陽性率をImputationに使えないのはなぜですか？

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4年前

7

Q61. 現代のテクノロジーを用いれば、人と人の接触回数についてIT技術を用いてサンプリングすることが可能で、Rtないしβに関する上記の考え方が、どの程度現実に即しているかを確かめることができます。そこで、質問はそのような「位置情報データをβまたは実効再生産数に換算する方法はできておられるか」どうかということです（つづく）。

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4年前

7

Q42. ドイツはどのような方法でRtを速報しているのでしょうか？日本とはデータ収集の効率が大きく異なるのでしょうか？あるいはRtに近い他の数値を代用しているのでしょうか？

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4年前

6

Q76. Ratio of dispersibility（直近７日間の患者数/その前７日間の患者数）＜１について、新型コロナで correcting factor は何を使うのか。また、この比率とRtとの関係は数式であらわせるとの説明でしたが、どのような関係かお示し下さい。

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4年前

6

Q49. モデルの立場から見て、どういうデータが必要なのか（中身とフォーマット）、優先順位を出して頂けませんか？

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4年前

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Q48. 人口学のTFRやCFRは単性モデルではないのでRtに相当するというのは若干誤解を生みます。noteでは注釈を付けて欲しいです。

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4年前

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Q47. 大事なのは未来予測するRtの推定方法を確立することではないですか？

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4年前

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Q46. 地域間の伝搬の効果や、人の移動の効果を取り込む方法は、どういうものでしょうか。どこかに公開さていますか？　なぜなら今回、お話にはほとんど出てこなかったからです。東北大学の中谷友樹先生の研究にも、地域間伝搬の計算は出てきています。原理的には計算可能だと思います。この方法についても、また企画して欲しいです。

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4年前

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Q53. 入試や受験は多くの人が一つの部屋に集まって同時に行うため、いわゆる「密」の状態に該当すると思われますが、このように実効再生産数（Rt）の上昇に寄与すると思われる活動は今後できなくなるのでしょうか？

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4年前

7

Q4. 現段階でのg(\tau)の曖昧さは、どのくらいRの推定の誤差を引き起こすのでしょうか？　例えば感染初期のウエート（無症状）がモデルより大きいと、データから推定されるRを高めに出すのか低めに出すのかピンと来ません。

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4年前

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Q31. 企業と協力してやっている、各都道府県のRtのダッシュボード的なもののイメージと、目標としていつ頃できるのかを教えてください。

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4年前

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Q27. 無症状感染者の存在は、Rにどう影響するでしょうか？（無症状感染者も感染力を持つと仮定すると）過大評価につながるのでは？西浦先生の言われるkは、（抗体保持者の増加などあれば）マクロには時間経過上一定ではないのでは？またこれと関連して、1.無症状感染者の推定値をパラメータとしてふり、Rtの変化を描けるのでは？ 2.有症状感染者と無症状感染者の間で、感染力は違う？　これを推定する方法はないでしょうか？

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4年前

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Q74. 院内感染の詳細な伝播のtraceから、R0の中で飛沫感染の寄与と接触感染の寄与を推定したいのですがどうしたらいいでしょうか？　これがある程度わかれば防護服などの消費量をある程度抑えられるので（アパホテルの住人より）。

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4年前

6

Q43. 本日お話し下さった実効再生産数の計算方法は、他の国々でも基本的には同じなのでしょうか。それとも、国ごとにデータの精度や特徴が異なり、計算方法は異なるものなのでしょうか。また、東京都で途中から発症日データが取得できなくなったのはなぜなのでしょうか？

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4年前

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Q17. 現在の比較的少なめな症例数において、途中でおっしゃった現実世界でのheterogeneityに、計算式がどの程度堪えられるのかが良く分かりません。モデリングの限界についてもう少しご説明いただけますでしょうか。

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4年前

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Q57. 通勤電車の混雑や、パチンコの営業や入店状況は、実際、実効再生産数にどれだけ響くものなのでしょうか。

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4年前

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Q23. 計算のためのデータを自分たちで作っているとのことですが、それは、日本に特有のことなのでしょうか？（他国では、そうしなくても、まとまったデータが入手できる？）

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4年前

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Q16. p21のR(t)の推定におけるエラー範囲は、何の不定性が反映されているのですか？

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4年前

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Q13. Rt算出方法や使用データの状況によって、国別にも、国内の地域別にも、どの程度の精度で算出しているのかに違いがある、と考えて良いでしょうか？その誤差範囲はどの程度のものか推定可能でしょうか？

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4年前

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Q7. 計算の際に、感染者の発見確率が一定であるという仮定が入っていると思いますが、検査が増えれば発見確率が高くなりませんか。もしも発見確率が高まっているとすると、実際のRは計算したRより低くなりませんか？

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4年前

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Q73. 日本は検査数を絞っているのでアンダーリポートであることは疑いようもありませんが、そのことは実効再生産数の算出に影響しないのですか？　影響しても問題ないものなのでしょうか？　また、地域（都道府県）により、検査対象（≒報告例）に差があると思いますが、その影響はありますか？

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4年前

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Q72. 詳しくないのでシンプルに質問しますが、実効再生産数の国による差異は、どの情報が反映された結果と考えればよいですか？

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4年前

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Q65. 実効再生産数の数値は，感染経路が判明している場合と不明である場合で異なるのでしょうか。また，数値自体は変わらないとしても，対策の取り方には影響するのでしょうか。例えば，限られた範囲内（院内感染や家庭内の感染など？）で一時的に感染が拡大しても，その外に広がる蓋然性が低いのであれば，必ずしも対策を強める方向にはならないようにも思われます。

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4年前

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Q62. 先週から、コロナ感染の死亡者数・感染者数に100名規模の抜け落ちがあったという報道が続いているが、①Rtの算出などすでに反映されているか、②反映後、これまでの結果に変化はあるか？

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4年前

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Q55. PCR検査受診の目安が変わったので、発症から陽性報告までの期間が短縮されると思います。これについてRtの計算では考慮されるのでしょうか。

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4年前

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Q26. 今日ご紹介いただいた計算方法は、基本的には海外でも同様の手法が用いられているのでしょうか。西浦先生の計算がユニークな点はどこなのでしょうか。

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4年前

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Q14. （直近７日間の患者数）／（その前７日間の患者数）は実効再生産数のコンセプトに近いということでした。初心者の我々がこの数式に基づいて算出した数字は、「いまの実効再生算数はこんなオーダーか」と理解してもいいということでしょうか。

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4年前

5

Q51. 素人の意見ですが、感染経路不明の方やPCR検査の数が少ない為に、「コロナに感染しているのに検査をしていない方が多いだろう」と予測出来るのに、どうやって実行再生産数を出しているのか、不思議なので教えて欲しいです。

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4年前

4

Q30. Rtがリアルタイム性に乏しいと言う点は重要だと思います。今後、緊急事態宣言を解除するか否かの判断材料にはRtを参照できない、ということになるのでしょうか？

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4年前

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Q6. 院内感染と市中感染は接触密度が異なるのですが、自粛要請などの影響を受けづらい院内感染を同じ推定式に従うものとして計算してよいのでしょうか？

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4年前

6

Q45. 逆計算のスライドで発病日から感染日を推定されていたfの関数について、具体的にどんな計算をされていますでしょうか？

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4年前

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Q40. R(t)に関して、この手法で推定することの系統誤差をどのように見積もられておりますか? 例えば、g(τ)が中国や海外のものを使用するとか。ポアソン分布を仮定するとか。また、系統誤差も見積もれるのであれば、日本の今後の予測はできるのでしょうか?

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4年前

5

Q60. 確認される感染者数は検査数や感度、特異度に依存すると思いますが、その効果は取り入れる必要がありますか？また、どうやって取り入れますか？

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4年前

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理論疫学

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ドキュメント 感染症「専門家会議」 国家の命運を託された3人の研究者

緊急勉強会「西浦教授に実効再生産数(Rt)を使ったコロナ対策について聞く」を開催しました。開催時に寄せられた質問の回答を掲載しています。

Q39. 先生の活動を見て、科学と政治行政の信頼とコミュニケーションが不全と見ますが、先生のお考えは如何。医学医療の専門コミュニティーの中でも困難があるのではないか。短期と中長期でどうでしょうか？

Q82. 日本のように感染の絶対数が少なければ、Rtの持つ意義も小さいのでは？

Q69. クラスター班の使われているデータがどこをソースとしているか知りたいです。

Q77. この数式をきちんと運用するためにも，37.5℃が4日続くまで自宅待機といった発症者を見えなくするような方式には問題が大きかったのではないでしょうか。

Q41. 不顕性集団の内容は、無症状者が大半と考えてよいのか？ もしそうなら、「j(t)=k*i(t)」で定義されるkが大きいと発症率が相当低いことになるが、家族内で複数発症することが稀でないのは不可解ではないか？

Q64. 人口流動データからRtを見積もって、感染者数から見積もったRtと、定量的に比較できますか？

感染症のSIRモデルと実効再生産数についての解説

Q80.無症状病原体保有者の存在割合はどのように考えていますか？参考論文や考え方を知りたいです。

Q75. 感染者１人当たりの二次感染数の分散が大きい場合（クラスターなどで）、実効再生産数を考える時に注意点はありますか？

Q81. PCRキャパシティには上限があるとのことですが、陽性率であれば上限に達した後も変わりうる数字に思えます。陽性率をImputationに使えないのはなぜですか？

Q42. ドイツはどのような方法でRtを速報しているのでしょうか？ 日本とはデータ収集の効率が大きく異なるのでしょうか？あるいはRtに近い他の数値を代用しているのでしょうか？

Q49. モデルの立場から見て、どういうデータが必要なのか（中身とフォーマット）、優先順位を出して頂けませんか？

Q48. 人口学のTFRやCFRは単性モデルではないのでRtに相当するというのは若干誤解を生みます。noteでは注釈を付けて欲しいです。

Q47. 大事なのは未来予測するRtの推定方法を確立することではないですか？

Q53. 入試や受験は多くの人が一つの部屋に集まって同時に行うため、いわゆる「密」の状態に該当すると思われますが、このように実効再生産数（Rt）の上昇に寄与すると思われる活動は今後できなくなるのでしょうか？

Q31. 企業と協力してやっている、各都道府県のRtのダッシュボード的なもののイメージと、目標としていつ頃できるのかを教えてください。

Q17. 現在の比較的少なめな症例数において、途中でおっしゃった現実世界でのheterogeneityに、計算式がどの程度堪えられるのかが良く分かりません。モデリングの限界についてもう少しご説明いただけますでしょうか。

Q57. 通勤電車の混雑や、パチンコの営業や入店状況は、実際、実効再生産数にどれだけ響くものなのでしょうか。

Q23. 計算のためのデータを自分たちで作っているとのことですが、それは、日本に特有のことなのでしょうか？ （他国では、そうしなくても、まとまったデータが入手できる？）

Q16. p21のR(t)の推定におけるエラー範囲は、何の不定性が反映されているのですか？

Q13. Rt算出方法や使用データの状況によって、国別にも、国内の地域別にも、どの程度の精度で算出しているのかに違いがある、と考えて良いでしょうか？ その誤差範囲はどの程度のものか推定可能でしょうか？

Q7. 計算の際に、感染者の発見確率が一定であるという仮定が入っていると思いますが、検査が増えれば発見確率が高くなりませんか。もしも発見確率が高まっているとすると、実際のRは計算したRより低くなりませんか？

Q72. 詳しくないのでシンプルに質問しますが、実効再生産数の国による差異は、どの情報が反映された結果と考えればよいですか？

Q62. 先週から、コロナ感染の死亡者数・感染者数に100名規模の抜け落ちがあったという報道が続いているが、①Rtの算出などすでに反映されているか、②反映後、これまでの結果に変化はあるか？

Q55. PCR検査受診の目安が変わったので、発症から陽性報告までの期間が短縮されると思います。これについてRtの計算では考慮されるのでしょうか。

Q26. 今日ご紹介いただいた計算方法は、基本的には海外でも同様の手法が用いられているのでしょうか。西浦先生の計算がユニークな点はどこなのでしょうか。

Q30. Rtがリアルタイム性に乏しいと言う点は重要だと思います。今後、緊急事態宣言を解除するか否かの判断材料にはRtを参照できない、ということになるのでしょうか？

Q6. 院内感染と市中感染は接触密度が異なるのですが、自粛要請などの影響を受けづらい院内感染を同じ推定式に従うものとして計算してよいのでしょうか？

Q45. 逆計算のスライドで発病日から感染日を推定されていたfの関数について、具体的にどんな計算をされていますでしょうか？

Q60. 確認される感染者数は検査数や感度、特異度に依存すると思いますが、その効果は取り入れる必要がありますか？ また、どうやって取り入れますか？

ドキュメント感染症「専門家会議」国家の命運を託された3人の研究者

Q41. 不顕性集団の内容は、無症状者が大半と考えてよいのか？もしそうなら、「j(t)=k*i(t)」で定義されるkが大きいと発症率が相当低いことになるが、家族内で複数発症することが稀でないのは不可解ではないか？

Q42. ドイツはどのような方法でRtを速報しているのでしょうか？日本とはデータ収集の効率が大きく異なるのでしょうか？あるいはRtに近い他の数値を代用しているのでしょうか？

Q23. 計算のためのデータを自分たちで作っているとのことですが、それは、日本に特有のことなのでしょうか？（他国では、そうしなくても、まとまったデータが入手できる？）

Q13. Rt算出方法や使用データの状況によって、国別にも、国内の地域別にも、どの程度の精度で算出しているのかに違いがある、と考えて良いでしょうか？その誤差範囲はどの程度のものか推定可能でしょうか？

Q60. 確認される感染者数は検査数や感度、特異度に依存すると思いますが、その効果は取り入れる必要がありますか？また、どうやって取り入れますか？