万事屋ゆきさん

薬剤師をやっています。薬剤師の業務では、いろいろな計算を行います。ただ…それが少し面倒…

万事屋ゆきさん

薬剤師をやっています。薬剤師の業務では、いろいろな計算を行います。ただ…それが少し面倒で、ラクしたい!ってことでプログラミングを始めました。備忘録としてまとめています。コードは洗練されていないですが、そこは大目に見てください。

記事一覧

便利ライブラリ matplotlib③ 棒グラフを並べたり、積んだり、倒したり

matplotlibの3回目は棒グラフについてです。折れ線グラフに並んでよく使用するグラフだと思います。基本的には折れ線グラフと同じように書いていきますが、見栄えを良くす…

便利ライブラリ matplotlib② グラフをきれいに!

matplotlib①では基本的な使い方について書きましたが、味気ないグラフでした。今回はそんなグラフの見やすく変える設定について書いていきます。 以下、前回のコードです…

便利ライブラリ matplotlib① 基本的な使い方

以前の投稿でAltairというグラフ化のためのライブラリをご紹介しました。他にもグラフ化を行うライブラリはいくつかあり、代表的なmatplotlibについてまとめていきたいと思…

1

VScodeの使い方(プログラムを書くための基本もついでに!)

前回、ローカル環境での開発環境の構築について書きました。その中で、VScodeというエディタを紹介したので簡単に使い方を説明します。Python用の拡張機能はインストールし…

2

Pythonの開発環境を構築しよう!

これまで、とりあえずPythonを始めてみよう!ということで環境構築が不要なGoogle Colabを使用してコードを書いてきました。少し勉強してみようかなぁと思って頂けたでしょ…

8

非線形薬物の血中濃度解析③ 可視化

非線形薬物の血中濃度解析を行うためのプログラム作成の続きです。作成の流れは、 データ入力 Lineweaver-Burkプロット(直線回帰) 任意の投与量から血中濃度を計算 …

非線形薬物の血中濃度解析② numpyを使用した回帰

今回から非線形薬物の血中濃度解析に使用できるプログラムのコードを実際に書いていきましょう! 設計図:解析の流れ前回の投稿で非線形薬物について復習しました。不安な…

非線形薬物の血中濃度解析① Michaelis–Menten式を克服

これまでPythonの基礎として、基本的な書き方やよく使うライブラリに関して紹介してきました。ここからは、少し趣向を変えて実務での使用を想定したプログラム作成を目指し…

1

便利ライブラリ Altair② ステップで解説!実践編

自分のデータを可視化してみよう!前回、Altairについて紹介しました。公式ドキュメントにあるサンプルコードを参照し、基本的な書き方を確認しました。今回はPandasの回…

3

便利ライブラリ Altair① 基本編

Altairとは?これまではPandasを使ってDataFrameの加工の仕方をまとめてきました。ここからは、それらのデータを活用して可視化するためのライブラリをご紹介します。 可…

1

便利ライブラリ Pandas④ pivotとmelt

サンプルデータの準備Pandasについての第4回目です。 今回は、データの可視化を見据えたデータ整形についてまとめています。以下のコードから、オオムギ生産量のデータを…

2

便利ライブラリ Pandas③ mergeとconcat

Pandasについての第3回目です。 Pythonの基本⑤ ライブラリで扱ったcsvファイルを使用してデータ処理を行っていきます。csvをダウンロードし、ご自身のGoogleドライブ上に…

1

便利ライブラリ Pandas② 日付データの処理とiloc

Pandasについての第2回目です。 Pythonの基本⑤ ライブラリで扱ったcsvファイルを使用してデータ処理を行っていきます。csvをダウンロードし、ご自身のGoogleドライブ上に…

2

便利ライブラリ Pandas① 基本操作とデータ抽出

Pandasについて公式ドキュメント データの読み込みライブラリの回の後半で、Pandasを用いてcsvファイルを読み込みました。今回も同じデータを使用し、Pandasの基本操作を…

3

Pythonの基本⑤ ライブラリ

ライブラリとは?Pythonファイル(.py)は、他のPythonプログラムからimportして使用することが出来ます。このPythonファイルはモジュールと呼ばれ、モジュールを集めたも…

1

Pythonの基本④ 関数

関数とは?関数とは、一定の処理を再利用できる形にまとめておいたものです。漠然とし過ぎて分かりにくいので、腎機能計算をする時を例に考えてみましょう。 腎機能計算で…

1
便利ライブラリ matplotlib③ 棒グラフを並べたり、積んだり、倒したり

便利ライブラリ matplotlib③ 棒グラフを並べたり、積んだり、倒したり

matplotlibの3回目は棒グラフについてです。折れ線グラフに並んでよく使用するグラフだと思います。基本的には折れ線グラフと同じように書いていきますが、見栄えを良くするコツを覚え書としてまとめています。

基本的な書き方サンプルデータとして以下を使用します。

import pandas as pddf = pd.DataFrame( [['Jan', 10, 20, 50],

もっとみる
便利ライブラリ matplotlib② グラフをきれいに!

便利ライブラリ matplotlib② グラフをきれいに!

matplotlib①では基本的な使い方について書きましたが、味気ないグラフでした。今回はそんなグラフの見やすく変える設定について書いていきます。
以下、前回のコードです。作業ディレクトリ内にVScodeの使い方で作成した「Aichi.xlsx」を保存した状態でコードを書いています。

import matplotlib.pyplot as pltimport pandas as pddf = p

もっとみる
便利ライブラリ matplotlib① 基本的な使い方

便利ライブラリ matplotlib① 基本的な使い方

以前の投稿でAltairというグラフ化のためのライブラリをご紹介しました。他にもグラフ化を行うライブラリはいくつかあり、代表的なmatplotlibについてまとめていきたいと思います。

準備ローカル環境で行う場合は、作業ディレクトリを作成し、他のライブラリ同様にpipでインストールすることが出来ます(ターミナルで「pip install matplotlib」)。今回は挙動を確認しながら進めてい

もっとみる
VScodeの使い方(プログラムを書くための基本もついでに!)

VScodeの使い方(プログラムを書くための基本もついでに!)

前回、ローカル環境での開発環境の構築について書きました。その中で、VScodeというエディタを紹介したので簡単に使い方を説明します。Python用の拡張機能はインストールしているものとして進めます。

プログラムを書く際のキホンこれまでは説明を省略してきたことがあるので、ついでに書いていきます。

ディレクトリ

これまではGoogle Colabでプログラミングをしてきたので、あまり意識はせずに

もっとみる
Pythonの開発環境を構築しよう!

Pythonの開発環境を構築しよう!

これまで、とりあえずPythonを始めてみよう!ということで環境構築が不要なGoogle Colabを使用してコードを書いてきました。少し勉強してみようかなぁと思って頂けたでしょうか?もしそう思うなら、自身のパソコン(ローカル環境)にPythonの開発環境を構築することをお勧めします。

Google Colabとローカル環境の違いファイル形式

Google Colabは、これまで書いてきたよう

もっとみる
非線形薬物の血中濃度解析③ 可視化

非線形薬物の血中濃度解析③ 可視化

非線形薬物の血中濃度解析を行うためのプログラム作成の続きです。作成の流れは、

データ入力

Lineweaver-Burkプロット(直線回帰)

任意の投与量から血中濃度を計算

可視化(グラフ化)

という順番で行っています。前回の投稿で1~2は作成済で、以下のコードが出来ました。

import numpy as npnum = int(input('採血ポイント数:'))y = []x =

もっとみる
非線形薬物の血中濃度解析② numpyを使用した回帰

非線形薬物の血中濃度解析② numpyを使用した回帰

今回から非線形薬物の血中濃度解析に使用できるプログラムのコードを実際に書いていきましょう!

設計図:解析の流れ前回の投稿で非線形薬物について復習しました。不安な方は前回の投稿を見返しながら読み進めてください。

解析を行うためには、KmとVmaxの定数を知る必要がありそうです。この2つの定数は、投与量が異なる2点の採血データをLineweaver-Burkプロットを用いて直線回帰することで算出で

もっとみる
非線形薬物の血中濃度解析① Michaelis–Menten式を克服

非線形薬物の血中濃度解析① Michaelis–Menten式を克服

これまでPythonの基礎として、基本的な書き方やよく使うライブラリに関して紹介してきました。ここからは、少し趣向を変えて実務での使用を想定したプログラム作成を目指していきたいと思います。

はじめに薬剤師の業務のひとつにTDM(Therapeutic Drug Monitoring)というものがあります。TDMは、投与された薬の血中濃度を解析し効果的かつ安全な投与設計を行う業務です。特に、治療域

もっとみる
便利ライブラリ Altair② ステップで解説!実践編

便利ライブラリ Altair② ステップで解説!実践編


自分のデータを可視化してみよう!前回、Altairについて紹介しました。公式ドキュメントにあるサンプルコードを参照し、基本的な書き方を確認しました。今回はPandasの回でも使用していたデータを例に用いて可視化を行ってみたいと思います。

⓪データの準備

データは厚労省が公開している人口10万人当たりの新型コロナウイルス新規陽性者数のデータを使用します。以下のリンクからCSVファイルをダウンロ

もっとみる
便利ライブラリ Altair① 基本編

便利ライブラリ Altair① 基本編


Altairとは?これまではPandasを使ってDataFrameの加工の仕方をまとめてきました。ここからは、それらのデータを活用して可視化するためのライブラリをご紹介します。
可視化用のライブラリには、matplotlibやseabornなどがありますが、まずは個人的にお薦めなAltairをご紹介します。

installAltairをインストールしてimportしてみましょう。

!pip

もっとみる
便利ライブラリ Pandas④ pivotとmelt

便利ライブラリ Pandas④ pivotとmelt


サンプルデータの準備Pandasについての第4回目です。
今回は、データの可視化を見据えたデータ整形についてまとめています。以下のコードから、オオムギ生産量のデータをサンプルとして取得して使用します。

import pandas as pdfrom vega_datasets import datasource = data.barley()

sourceという変数にデータフレームが格納され

もっとみる
便利ライブラリ Pandas③ mergeとconcat

便利ライブラリ Pandas③ mergeとconcat

Pandasについての第3回目です。
Pythonの基本⑤ ライブラリで扱ったcsvファイルを使用してデータ処理を行っていきます。csvをダウンロードし、ご自身のGoogleドライブ上に保存してから進んでください。
以下のコードで全体のデータを格納したdfと東北のデータを抜粋し列名を変更し、さらに2021年8月1日~2021年8月7日分を抽出したdf_tohokuを準備して先に進んでください。

もっとみる
便利ライブラリ Pandas② 日付データの処理とiloc

便利ライブラリ Pandas② 日付データの処理とiloc

Pandasについての第2回目です。
Pythonの基本⑤ ライブラリで扱ったcsvファイルを使用してデータ処理を行っていきます。csvをダウンロードし、ご自身のGoogleドライブ上に保存してから進んでください。

以下のコードで、csvファイルをPandasを用いて読み込んでデータフレームを作成します(説明の都合上、インデックスの設定はしていません)。Pandas①で扱ったコードなので、前回の

もっとみる
便利ライブラリ Pandas① 基本操作とデータ抽出

便利ライブラリ Pandas① 基本操作とデータ抽出


Pandasについて公式ドキュメント

データの読み込みライブラリの回の後半で、Pandasを用いてcsvファイルを読み込みました。今回も同じデータを使用し、Pandasの基本操作を紹介します。前回のようにcsvファイルをuploadして使用する方法でも良いですし、Googleドライブ上にcsvファイルを保存し、そのファイルを読み込んで使用することも出来ます。

from google.cola

もっとみる
Pythonの基本⑤ ライブラリ

Pythonの基本⑤ ライブラリ


ライブラリとは?Pythonファイル(.py)は、他のPythonプログラムからimportして使用することが出来ます。このPythonファイルはモジュールと呼ばれ、モジュールを集めたものをパッケージ、さらにパッケージをまとめたものをライブラリと呼びます。
ライブラリには、Excelのようにデータをテーブル(表)として扱うことが出来るpandas、データを可視化(グラフ化)することができるmat

もっとみる
Pythonの基本④ 関数

Pythonの基本④ 関数


関数とは?関数とは、一定の処理を再利用できる形にまとめておいたものです。漠然とし過ぎて分かりにくいので、腎機能計算をする時を例に考えてみましょう。
腎機能計算では、Cockcroft-Gault式やeGFRをよく使用します。

毎回上記のような計算式を打ち込んでも良いですが、さすがに面倒です。計算するたびに変化するのは、年齢や体重、血清クレアチニン値などのパラメータ(引数 ←"ひきすう"と読みま

もっとみる