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#NGS
解析用PCにubuntu20.04.1 LTSをインストール
研究室の解析用PCをセットアップしています。
まずはubuntu20.04.1LTSをインストール。
マシンスペック
マザーボード ASUS製 PRIME X299-AⅡ
無線LAN ASUS製 PCE AC68
(Wi-Fi 802.11 a/b/g/n/ac PCI-Express x1接続)
グラフィック NVIDIA GeForce RTX 2070
ubuntu 20.04.1 lts インストール後、wifiトラブル
無事にインストールが終わったので、
パッケージのアップデートをしたところ、表示されていたwifiのマークが消えて認識されなくなりました。
ubuntu Documentation
無線接続のトラブルシューティング
https://help.ubuntu.com/lts/ubuntu-help/net-wireless-troubleshooting-hardware-check.html.ja
Seqkitのインストール
下記のサイトからSeqkitをダウンロードする。
SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit
https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/
ubuntuなので、seqkit_linux_amd64.tar.gzをダウンロード
Downloadディレクトリに落とされているのを確認
（cdコマンドでDownloadディレクトリに移動）
確認で
SRAToolkitのインストール
下記のサイトを参考にインストールします。
Installing SRA Toolkit
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit
ubuntuの場合は、
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit#1-fetch-the
bowtie2のインストール
bowtie2
リファレンスゲノム配列にリードをマッピングするためのソフトウェア
アップデートして、パッケージマネージャーでインストール
sudo apt update
sudo apt install bowtie2
bowtie2 --help
このコマンドでヘルプが表示されたらＯＫ
インストール完了。
pip3とcutadapt,HTseqのインストール
pip は、The Python Package Index に公開されているPythonパッケージのインストールなどを行うユーティリティ。
pipを使ってcutadapt,HTseqをインストールします。
（cutadapt,HTseqはpythonで書かれています）
ubuntuには最初からpythonがインストールされているので、
バージョンを確認します。
python3 --versio
Rのインストール
ubuntuのバージョン確認コマンド
cat /etc/lsb-release
下記を参考にインストールします。
UBUNTU PACKAGES FOR R
https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt
vi が苦手なので、 geditで/etc/apt/sources.listを編集します。
sud
FastQC インストール
次世代シーケンサーが出力するリードのクオリティチェックするプログラム。
下記のサイトからダウンロードしてインストールします。
Babraham Instituite
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
Javaで書かれているので、Javaランタイム環境（JRE）がインストールされているか確認します。
java -
Samtoolsのインストール
下記のページからソースをダウンロード
Samtools Current releases
http://www.htslib.org/download/
ダウンロードしたファイルを適当な場所に置いて、解凍します。
tar xfv samtools-1.11.tar.bz2
解凍したフォルダに移動
cd samtools-1.11
./configureを実行します。
（インストールするマ