記事一覧
Ensemble ID→Gene ID
＊「ENSMUST」で始まるマウスのEnsemble ID用です。
biomaRtを用いて、Ensenble ID→Gene Symbolへの変更方法をまとめます。
必要なパッケージのインストールとロード
まず、biomaRt パッケージをインストールし、Rセッションにロードします。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
【超絶初心者】SRAデータベースからRNAseq解析を初体験したメモ
超絶初心者ですが、自分のノートPCを使ってRNAseq解析の完遂を目指しました。このnoteは、解析を再現して行うためのメモnoteです。
自分の基礎実験に並行して解析を行ったため、結構時間がかかりました（慣れれば早くなると信じています…）
以下、解析にかかった時間
・１日目：SRA toolkitの用意からsalmonを用いたマッピングまで（1サンプルのみ）
・２日目：１日目と同じ工程を全サン
【ATAC-seq】超絶初心者が公共データベースからATAC-seq解析にトライする
今回はATAC-seqにトライしましたので、そのメモです。
主に参考にしたサイトは下記です。
①公共データベースからデータを探す今回は野生型のPGP1細胞のATAC-seqデータが欲しかったので、ChIP-Atlasや
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)からデータを探します。
NCBI-GEOでよさげなデータを見つけます。
下図のように検索欄があるので、キーワ