GISAIDに登録された情報から読み取る、ラムダ株の国内初確認
こんにちは、翡翠です。
一昨日、共同通信から「SARD-CoV-2ラムダ株感染の国内初確認はオリンピック関係者」という報道があり、これがトレンド入りしました。
ラムダ株感染の国内初確認は五輪関係者
新型コロナウイルスの変異株で南米ペルー由来とされる「ラムダ株」の感染者と国内で7月に初確認された女性は、東京五輪関係者だったことが13日、政府関係者への取材で分かった。
https://nordot.app/798814984534065152
2021/8/13 16:24 (JST)8/13 17:55 (JST)updated
勘違いしている人が多いようですが、8月6日に朝日新聞が「ラムダ株を空港検疫で初めて確認」と報じています。
今回の共同通信の報道は、その感染者が『オリンピック関係者』であったことを報じる内容であり、共同通信の13日の政府関係者への取材によって、ラムダ株を空港検疫で確認したことが初めて公になった訳ではありません。
南米などで感染が広がる新型コロナウイルスの変異株「ラムダ株」が、国内で初めて確認された。厚生労働省によると、7月20日にペルーから羽田空港に到着した30代女性から見つかった。
https://www.asahi.com/articles/ASP867FQJP86ULBJ014.html
2021年8月6日 22時21分
しかしながら、それでも、7月20日にペルーから羽田空港に到着した感染者の持つSARS-CoV-2がラムダ株であったことが、8月6日に明らかになったというのは遅いと感じる人が多いでしょう。
特に、私のnoteの記事を隈なく読んでくださっているフォロワーの皆さんは、SARS-CoV-2のシーケンス解析（遺伝子配列を調べて変異のある部分を同定すること）は『最短2日』でできることを知っていますから、余計に遅いと感じると思います。
最短2日で、RNA-Seqにより、入院した肺炎患者の気管支肺胞洗浄液中に存在していた、未知のコロナウイルス『SARS-CoV-2』の遺伝子配列を決定することができました。
https://note.com/kawasemi_no_hina/n/n1f153be1ab24
2020年7月18日 22:22
この記事では、7月20日にペルーから感染者が日本に到着し、ラムダ株であることが明らかになるまでの経緯について、『GISAID（Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data）』（日本語では『鳥インフルエンザ情報共有の国際推進機構』）を見ながら、解説していきたいと思います。
GISAIDの概要については、こちらの私のnoteの記事を参考にしてください。
それでは、実際にGISAIDホームページからログインし、『EpiCoV（SARS-CoV-2の遺伝子配列情報を登録し、共有するデータベース）』に登録されたラムダ株の情報を見てみましょう。
GISAID
https://www.gisaid.org
EpiCoVの『Search』をクリックすると、検索画面に移ります。
まず、『Location』で日本を選択します。
次に、『Variants』でラムダ（Lambda）株を選択します。
ラムダ株の正式名称は『VOI Lambda GR/452Q.V1（C.37系統）』と言います。
VOIは『Variant of Interest』の略で、日本語では『注目すべき変異株』と訳されます。これらは主に感染性や重篤度・ワクチン効果などに影響を与える可能性が示唆される株で、B.1.617.1系統の変異株（カッパ株）などが含まれます。
（画像：https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000803147.pdf）
もう一つ、『VOC, Variant of Concern（懸念される変異株）』という分類があります。こちらはVOIより高リスクと考えられる、主に感染性や重篤度が増す・ワクチン効果を弱めるなど性質が変化した可能性のある株で、B.1.1.7系統（アルファ株）、B.1.351系統（ベータ株）、P.1系統（ガンマ株）、B.1.617.2系統（デルタ株）の変異株が含まれます。
日本、特に東京では、デルタ株の割合は約95％と推計され、現在の感染拡大の大きな要因となっていると考えられています。
WHOは、6月14日にラムダ株を『VOI』に指定しました。
ただし、WHOの基準と、各国が定めている基準があり、その変異株について懸念すべきか・注視すべきかどうかは『各国の判断』になっています。
例えば、イギリスの公衆衛生庁（PHE, Public Health England）は、ラムダ株を独自の『調査中の変異株（VUI, Variant Under Investigation）』に位置付けています。
（画像：https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1005517/Technical_Briefing_19.pdf）
一方で、日本の国立感染症研究所とアメリカ疾病予防管理センター（CDC, Centers for Disease Control and Prevention）は、ラムダ株をVOIとVOCのどちらにも位置付けていませんでした。
WHOはC.37系統の変異株（ラムダ株）（以下、C.37系統（ラムダ株）、と記載。他の変異株の表記も同様に略）を注目すべき変異株（VOIs; Variant of Interest）に位置付けた。検疫・国内では報告がないため、現時点ではVOCs/VOIsへの位置付けは行わず、ゲノムサーベイランスで発生動向を注視していく。
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/2484-idsc/10501-covid19-48.html
（画像：https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/48/covid19-48.pdf）
アメリカでは、これまでに1074件のラムダ株の感染事例が報告されています（8月15日現在）。
（画像：https://www.gisaid.org/hcov19-variants/）
上の表にもあるように、EpiCoV（GISAID）で日本におけるラムダ株を検索すると、1件ヒットしました。
これが今回、日本で初めて確認されたラムダ株の情報になります。
登録されたSARS-CoV-2の名前は『hCoV-19/Japan/IC-1614/2021』、Accession IDは『EPI_ISL_3076712』です。
これをクリックするとポップアップで詳細な情報が表示されます。
名前の下の『AA Substitutions』は、シーケンス解析により明らかになった、変異したアミノ酸の位置を示しています。
例えば、Spike D253Nは、スパイクタンパク質の253番目のアミノ酸が、アスパラギン酸（D）からアスパラギン（N）に変異していることを示しています。
Spike D253N, Spike D614G, Spike F490S, Spike G75V, Spike G252del, Spike L249del, Spike L452Q, Spike P251del, Spike R246del, Spike R273K, Spike S247del, Spike T76I, Spike T250del, Spike T859N, Spike Y248del,
N G204R, N G214C, N P13L, N R203K, N T366I, NS7a P84S, NS8 C25F, NS8 I121L, NSP2 G339S, NSP3 F1569V, NSP3 P1469S, NSP3 T428I, NSP4 L438P, NSP4 T492I, NSP5 G15S, NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6 S106del, NSP12 P323L
これらの特徴により、このSARS-CoV-2がラムダ株であることが分かりました。
C.37系統（ラムダ株）のSタンパクの特徴的な変異としては、G75V、T76I、del247/253、L452Q, F490S, D614G, T859Nがある。
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/2484-idsc/10501-covid19-48.html
（画像：https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.28.21259673v1.full）
そして、『Sample information』を見ると、採取日（Collection date）は『7月20日』、場所は『空港検疫所（Airport Quarantine Station in Japan）』とだけ書かれていますが、7月21日の厚生労働省の報道発表資料から『羽田空港の検疫所』であることが分かっています。
新型コロナウイルス感染症の患者等の発生について（空港検疫）
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_20036.html
令和3年7月21日（水）
また、この感染者は『30代の女性』と報道されていますが、GISAIDでは性別、年齢は『不明（unknown）』となっています。（GISAIDでは、個人の特定を避けるためか、性別、年齢などは不明（unknown）となっている場合が多いです。）
そして、画面右下の『Metadata』をクリックすると、PDFファイルで詳細な情報が出力されます。
GISAIDへのデータの提出日（Submission date）は、『7月26日』となっています。
また、GISAIDには記載がありませんでしたが、シーケンス解析の結果が出たのは、報道では『7月23日』または『7月25日』とされています。
致死率の高い「ラムダ株」が東京五輪開幕の7月23日に国内で初めて解析され、...
https://www.chunichi.co.jp/article/309964
The lab work on the samples obtained from the traveler at the airport was made a top priority and by July 25, the results were conclusive. On July 26, three days into the Olympics, the genome sequence of the detected Lambda variant was submitted to GISAID, an international database of influenza viruses including SARS-Cov-2 variants.
訳）空港で旅行者から採取したサンプルの検査を最優先に行い、7月25日には決定的な結果が出ました。オリンピック開催3日後の7月26日には、検出されたラムダ株のゲノム配列がGISAIDに提出されました。
https://www.thedailybeast.com/tokyo-deliberately-left-deadly-new-lambda-covid-variant-out-of-press-briefings-during-olympics
ここまでの時系列をまとめると、
7月20日：オリンピック関係者（30代女性）がペルーから日本に到着、空港でサンプル採取。
7月23日または25日：シーケンス解析結果が出て、ラムダ株であることが分かる。
7月26日：GISAIDへのデータの提出。
となります。
シーケンス解析結果の出た日がどちらかはっきりしないのが気になりますが、『7月25日』というのは国立感染症研究所に勤める職員からの内部情報ですから、おそらく25日が正しいでしょう。
仮に23日にシーケンス解析結果が出たとして、それを提出するまでに3日もかかるとは思えませんので、私も25日の可能性の方が高いと思います。
一方で、日本政府のコロナ対策を強く批判するには、「オリンピック開会式の23日にシーケンス解析が終わって、ラムダ株であることが分かっていた！」とする方が都合が良いかもしれません。笑
（画像：https://www.minyu-net.com/sports/tokyo2020/FM20200331-473586.php）
ラムダ株、初検出は五輪関係者。
— 山添 拓 (@pioneertaku84) August 13, 2021
ゲノム解析の結果は7月23日、開会式当日に判明していたとされる。組織委や官邸も即座に把握していたはず。
公表しなかったのは、やはり五輪のためか。政府にいくら問い合わせても説明を拒んできたのもそのためか。事実経過を明らかにすべきだ。https://t.co/NmBuOul14i
山添 拓 @pioneertaku84
ラムダ株、初検出は五輪関係者。
ゲノム解析の結果は7月23日、開会式当日に判明していたとされる。組織委や官邸も即座に把握していたはず。
公表しなかったのは、やはり五輪のためか。政府にいくら問い合わせても説明を拒んできたのもそのためか。事実経過を明らかにすべきだ。
午後5:46 · 2021年8月13日·Twitter for iPhone
マスゴミや政権批判をする野党議員たちの特徴ですが、発信する情報に自分の『願望』を入れるのは止めて欲しいと思います。
そして、根拠なく「23日に解析結果が出ていた！」と言っているならば、今すぐに訂正してください。
そして、8月6日の夜に厚労省の発表を受け、朝日新聞などの大手メディアが一斉に「ラムダ株を空港検疫で初確認」と報じました。
注意して欲しいのは、これを報じた朝日新聞などの大手メディアが優秀だった訳ではありません。笑
8月6日の昼に、日本在住のアメリカ人ジャーナリストのジェイク・エーデルスタイン（Jake Adelstein）氏と、甲斐千尋（Chihiro Kai）氏が、自身の運営する『Japan Subculture Research Center』というウェブサイトで、ラムダ株が日本で確認されていることを発表しました。
Japan Reported The First Finding Of The Highly Infectious LAMBDA Variant Here, Three Days Before The Olympics Began
訳）オリンピック開催3日前に、日本で初めて感染力の高いラムダ株が発見されました。
http://www.japansubculture.com/japan-reported-the-first-finding-of-the-highly-infectious-lambda-variant-here-three-days-before-the-olympics-began/
オリンピック開催3日前（20日）はSARS-CoV-2を採取した日で、ラムダ株であることが明らかになったのは、おそらく25日です。「Japan Reported The First Finding Of The Highly Infectious LAMBDA Variant Here, Three Days Before The Olympics Began（オリンピック開催3日前に、日本で初めて感染力の高いラムダ株が発見されました。）」は、誤解を招くタイトルでしょう。
Japan Subculture Research Center
A guide to the Japanese underworld, Japanese pop-culture, yakuza and everything dark under the sun.
日本の裏社会、日本のポップカルチャー、ヤクザ、そして太陽の下の全ての『闇』へのガイド
http://www.japansubculture.com
（若干怪しさが漂いますが...。笑）
ジェイク・エーデルスタイン氏は、ただの一般人ブロガーではなく、元読売新聞の記者とのことですが、非専門家のジャーナリストが、GISAIDを調べて『真実』を明らかにしようとすることは素晴らしいと私は思います。
（自民党の佐藤正久参院議員は、）「早く発表すべきだったが、政府の中でも情報が共有されていなかった。（8月6日に厚労省が明らかにしたのは）報道機関から問い合わせがあったから答えた」と釈明した。
https://www.chunichi.co.jp/article/309964
今の日本の大手メディアの中で、こういうことのできる人はいないでしょう。
このコロナ禍で、大手メディアの科学に対する知識・情報収集能力の低さが大きく露呈してしまいました。
ただ一点、彼らの記事に訂正すべき情報、明らかな『嘘』があります。
記事には、
According to the Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID, a primary international source for open-access influenza virus data, the Lambda case detected in Japan was transmitted from the United States.
訳）GISAID（Global Initiative on Sharing All Influenza Data）は、インフルエンザウイルスのデータを公開している国際的な機関で、日本で検出されたラムダ株はアメリカから感染したとされています。
It is currently unclear as to how, why, or where this transmission took place. However, there have been no other Lambda cases declared in the country. Whether this is due to a properly followed quarantine protocol or a lack of Japan’s ability to detect and report additional infections is unknown.
訳）この（アメリカからの）感染がどのように、なぜ、どこで起こったのかは現在のところ不明です。しかしながら、国内では他のラムダ株感染者は報告されていません。これは、検疫プロトコルが適切に守られているためなのか、それとも、日本に追加の感染を検出して報告する能力がないためなのかは不明です。
http://www.japansubculture.com/japan-reported-the-first-finding-of-the-highly-infectious-lambda-variant-here-three-days-before-the-olympics-began/
という記載とともに、下のマップが掲載されています。（字、汚っ！笑）
（画像：http://www.japansubculture.com/japan-reported-the-first-finding-of-the-highly-infectious-lambda-variant-here-three-days-before-the-olympics-began/）
要は、「実はペルーから来た人以外にもラムダ株感染者が日本にいて、日本政府はそれを隠しているのではないか？」ということが言いたいようです。
しかしながら、アメリカからではなく「ペルーから日本に来た」ということは、GISAIDに登録された情報や厚労省の資料を見ても間違いありませんし、実際にGISAIDでこのマップを検索してもアメリカから日本に伸びる線は確認できません。
（画像：https://www.gisaid.org/hcov19-variants/）
ただし、日本に伸びる線が『チリ』からであることは要検証です。
Airport Quarantine Station in Japan. COVID-19 positive case who entered from Peru
訳）日本の空港検疫所。ペルーから入国したCOVID-19陽性例
彼らの言う、「日本で検出されたラムダ株はアメリカから来た」という情報はデタラメで、これを基にした「他にもラムダ株感染者が日本にいるかもしれない！」という主張も『妄想』の域を出ません。
Japan Subculture Research Centerの行動原理にもなっている、彼らの「日本政府は常に何かを隠している！」、「日本の『闇』を暴きたい！」という気持ちは分かりますが、嘘はダメです！！！
Japan Subculture Research Center was founded in 2007 to expose the hidden side of Japan – its underground economy, its trends, its sex trade, politics, corruption, subculture and all the other intriguing and seedy aspects that keep the country running.
訳）Japan Subculture Research Centerは、2007年に設立されました。日本の隠された側面を明らかにすることを目的としています。日本の地下経済、トレンド、セックストレード、政治、汚職、サブカルチャーなど、日本を動かしているあらゆる魅力的で汚い側面を紹介しています。
http://www.japansubculture.com/about/
記事に掲載されたマップが、彼らの勘違いか『捏造』かは分かりませんが、嘘が明らかになれば信用は一気に崩れ去りますよ？
マップの画質の悪さをウェブサイトのせいにしているのも姑息です。（捏造・加工がバレないようにわざとそうしているのでしょうか？）
NOTE: Pardon the bad graphics. This is a low budget operation.
訳）注：画像が悪いのはご容赦ください。このサイトは低予算で運営されています。
http://www.japansubculture.com/japan-reported-the-first-finding-of-the-highly-infectious-lambda-variant-here-three-days-before-the-olympics-began/
繰り返しますが、8月15日現在、日本で確認されたラムダ株はこの1件だけです。
ラムダ株が「アメリカから来た」という部分について、記事の訂正を求めます。
もしかすると、元読売新聞記者のジェイク・エーデルスタイン氏は、日本の大手メディアの『悪い部分』を受け継いでしまっているのかもしれませんね。
それでも、GISAIDを調べる姿勢を私は評価していますので、「ログインしないと見ることができないGISAIDの情報を、もっと詳しく調べたい！」ということでしたら、私で良ければいつでも対応しますよ。（報酬次第ですが。笑）
以上。
追記）やはりGISAIDのマップで、日本に伸びる線が、ペルーではなく『チリ』からであることに疑問を持っている人がいるようです。
オリンピック関係者が新型コロナウイルス変異株「ラムダ」持ち込みの報道でにぎわっているが、外電では既に報道されている事実。
— 笹山登生 (@keyaki1117) August 14, 2021
GISAIDにおいても、7月20日付「hCoV-19/Japan/IC-1614/2021」として登録。
航跡を見ると、ペルー発でなくチリのタルカ空港発。
テコンドー出場チリ代表女子選手のことか? pic.twitter.com/4gvQVAviLs
笹山登生 @keyaki1117
オリンピック関係者が新型コロナウイルス変異株「ラムダ」持ち込みの報道でにぎわっているが、外電では既に報道されている事実。
GISAIDにおいても、7月20日付「hCoV-19/Japan/IC-1614/2021」として登録。
航跡を見ると、ペルー発でなくチリのタルカ空港発。
テコンドー出場チリ代表女子選手のことか?
午後8:59 · 2021年8月14日·Twitter Web App
まず、勘違いされているようですが、GISAIDでは一つの国に付き一つの点として表示されますので、チリのタルカ空港（空港コードTLX, パングイレモ空港）から来たとは限りません。
実際にタルカ空港はタルカ（Talca）という都市の北東に位置していますので、場所が違います。（GISAIDのマップで表示された点はタルカの南にあります。）
そして、検査で陽性となり、東京オリンピックを棄権すると発表した、チリの女子テコンドー57キロ級のフェルナンダ・アギーレ選手は『22歳』です。厚労省の資料にある30代の女性ではありません。
また、フェルナンダ選手は遠征先の『ウズベキスタン』から日本に到着したという報道もあります。
フェルナンダ・アギーレ（Fernanda Aguirre）は、大会前の準備を行っていたウズベキスタンから日本に到着した際の検査で陽性が判明した。
https://www.afpbb.com/articles/-/3357798
オリンピック棄権に加え、「フェルナンダ選手がラムダ株を日本に持ち込んだ」という濡れ衣まで着せられるのは可哀想でなりません。
訂正を求めます。
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