記事一覧
Infrequent Metadynamics
本記事ではMetadynamicsを用いて効率的に状態間の（平均）遷移時間を予測する目的で提案されたInfrequent Metadynamicsについて解説します。
"Infrequent"の言葉の通り，Infrequent Metadynamicsは技術的にはバイアスポテンシャルの更新を単にInfrequentにした手法ですが，"Infrequent"であることが本質的に重要な役割を果たします
τ‑Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations
本記事では，参考文献1で提案されたτ‑Random Acceleration Molecular Dynamics（以下，τ-RAMD）について解説します。参考文献1は（少なくても2024/06/20時点において）オープンアクセスのため，無料で内容を閲覧することができます。
背景低分子創薬では標的タンパクに特異的に強く結合する化合物を設計することが必須条件ですが，効能や安全性の観点から「強く結合
Metadynamicsの境界補正について
本記事では参考文献１で提案された，Metadynamicsの境界補正方法（McGovern−de Pablo boundary conditions）について解説します。
Metadynamics自体について知りたい方は，以下の記事のAppendix Aを併せてご参照ください。
問題設定系の配置に関する自由度をベクトル$${\mathbf{q}=\begin{bmatrix}q_1&q_2&\d
【書評】Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark E Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書（以下，タッカーマン統計力学）になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が約1,600を超えていることを考
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 16 - Critical phenomena
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が約1,600であることを考えると海外では高く認知されている参考書み
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 15 - The Langevin and generalized Langevin equations
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1500を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 14 - Quantum time-dependent statistical mechanics
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1500を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 13 - Classical time-dependent statistical mechanics
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1500を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 12 - The Feynman path integral
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1500を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 11 - The quantum ideal gases: Fermi-Dirac and Bose-Einstein statistics
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1400を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 1 - Classical mechanics -
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1400を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 10 - Quantum ensembles and the density matrix
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1400を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書
metadynamicsにおける自由エネルギーの時間依存定数項を決定する方法
well-tempered metadynamicsが十分に収束すると，時間依存バイアスポテンシャル$${V(s,t)}$$と自由エネルギープロファイル（平均力ポテンシャル）$${F(s)}$$には
$$
\begin{align*}
F(s) &=-\left[1+\frac{T}{\Delta T}\right]V(s,t)+C(t)
\end{align*}\tag{1}
$$
の関係が
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 9 - Quantum mechanics
Statistical Mechanics: Theory and Molecular SimulationはMark Tuckermanによって著された分子シミュレーションに関連した熱・統計物理学，及び量子力学の参考書になります。
現時点では（恐らく）和訳がないこともあり，日本での知名度はあまりないような気がしますが，被引用数が1400を超えていることを考えると海外では高く認知されている参考書