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TeachOpenCADD-KNIME体験記 はじめます

ナイメスト

【はじめに】
最初にDominique SydowさんをはじめとしたVolkamer研究所の方々が、どういった目的でTeachOpenCADDのKNIME workflow (WF)を公開されたか、紹介するところから始めます。
(引用元) https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.9b00662

ABSTRACT: Open-source workflows have become more and more an integral part of computer-aided drug design (CADD) projects since they allow reproducible and shareable
research that can be easily transferred to other projects.
Setting up, understanding, and applying such workflows.involves either coding or using workflow managers that offer a.graphical user interface.
We previously reported the.TeachOpenCADD teaching platform that provides interactive Jupyter Notebooks (talktorials) on central CADD topics using.open-source data and Python packages.
Here we present the conversion of these talktorials to KNIME workflows that allow.users to explore our teaching material without any line of code.
TeachOpenCADD KNIME workflows are freely available on the KNIME Hub: https://hub.knime.com/volkamerlab/space/TeachOpenCADD.

概要(意訳)
オープンソースのワークフローは、計算機を利用した医薬分子設計(CADD)にとって必須の技術となりました。研究成果を研究機関を超えて再現し、共有できるからです。
そしてワークフローを設定し、理解し、適用するには、
Pythonなど用いてコーディングするか、
グラフィカル・ユーザー・インターフェース(訳注:ユーザー用操作画面)を提供するKNIMEのようなワークフロー管理プログラム
を使用する必要があります。

以前、オープンソースのデータ(訳注:ChEMBL)とPythonを使って、CADDでよく取り上げられる課題について各自で勉強できる
Jupyter Notebook(トークトリアル)「TeachOpenCADD」
を公開しました。

今回、上記のトークトリアル(の一部)をKNIMEワークフローに変換し、ユーザーがコードを一切使わずに学習できるようにしました。


TeachOpenCADDのKNIMEワークフローは、KNIME Hub:
https://hub.knime.com/volkamerlab/space/TeachOpenCADD
から自由に入手できます。

【WFの全体図】

WF全体図


【ご覧いただいている皆様へ】
ケモインフォマティクス初心者の方と一緒に
KNIMEを使ってノーコードで動かせるWFの追体験をすることを目的とします。
次回、WFの入手から始めようと思います。驚くほどのんびり進めますので気長に待ってください。お願いします。

ですから、
中級者の方は「お可愛いこと」と思いつつ気が向いたときに見ていただければ幸いです。
もし訂正や追加情報などご助言いただけるなら本当にありがたいです。
<参考> 「お可愛いこと」
https://dic.pixiv.net/a/%E3%81%8A%E5%8F%AF%E6%84%9B%E3%81%84%E3%81%93%E3%81%A8

玄人の方にはお勧めできません。全てご存じの内容だと思います。
Pythonでより高度な機能を実装したいでしょう。
magattacaさんの日本語訳と、
https://github.com/magattaca/TeachOpenCADD_JP
今も発展しつづけているオリジナルをお勧めします。
https://github.com/volkamerlab/teachopencadd/pull/74
(2021/7/30時点)
こちらあまりにすごいので別途紹介予定です。
一部のみ引用:

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Dominiqueさんたちの壮大なプロジェクトをはるか見上げる想いで眺めつつ、私たちは裾野から一歩ずつ歩みを進めてまいります。

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