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研究で使えるサービスもろもろ

健康科学やスポーツ医科学が主なターゲットですが、生命科学全般で参考になるかも。(増えてきたのでジャンルごとに分けるかも)
忘れないうち、暇なときに随時更新


研究についてのあれこれ

よんどこやっとこみたいなものを並べます

若手研究者向けの記事

natureの特集記事です。
若手研究者のための時間管理:実践ガイド(Time tracking for early-career  researchers: a practical guide) CAREER FEATURE 08 May 2023
新人ラボリーダーがスピードアップするための5つの方法(Five ways in  which rookie lab leaders can get up to speed) TECHNOLOGY FEATURE
06 November 2023

研究者IDサービス

北海道大学付属図書館より
ORCIDと Publonsどっちも作って同期させとけば良さそう

その他

社会調査工房オンライン(甲南大学文学部社会学科)
卒論向けって感じだけど初学者がなんとなく調査研究を知るには良さそう。

トクロン流:OneNoteで始める電子実験ノート生活(羊土社)
かの有名な実験医学のonline版に、これまた生命化学の著名人「トクロンティヌス先生」こと西園啓文先生(金沢医科大学)が書いた記事。実験ノートの取り扱いはラボごとにあると思いますが、ゆるゆるなところも少なくないと思います。無料なのがありがたい….!!!!(2023/11/01現在) 

TogoTV
観たらお得かも
『統合TV』は、生命科学分野における有用なコンテンツ(データベースやツールの動画マニュアル、講演や講習会動画、資料、イラスト) を紹介するウェブサイトです。 だれでも自由に閲覧し再利用することができます。 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が制作・管理しています。(説明より)

株式会社tayo
全然回し者とかではないですが、良いので紹介。
かっこいい個人ページが作れるようになった。
webメディアとかもあるよ。

イチローも警鐘を鳴らした…「大人に叱ってもらえない」Z世代が直面する「やさしさという残酷」(現代ビジネス)2023/11/18
良し悪しは置いておくとして、時代だな~と思いつつも、記事公開時点の今の学生や院生はその環境で育ってきているので格差がでかそう。とはいえ、結局は自分で"ハードワーク"できない人はダメなままなので…(自戒)

論文の検索と管理

論文の読み方について

 時間もかかるし、さらに一期一会なのが論文です。いつになってもツライ作業…ではありますが、現在はツールが発達しているのでうまく使って頑張りましょう。
参考になるかも
矢谷流論文の読み方(東京大学)
科学英語論文の読み方(大阪大学)
医学研究論文の核心にある科学的問いと答え(総説論文:白石. 2023)

文献整理のツール

スタイルに応じてどうぞ。
参考
nature ダイジェスト TOOLBOX: 文献管理ソフト8選 2017
文献管理ツールを使って研究の進展とアウトプットを加速する
Youtubeリンク。サクセスリバーコーテシーinエイトプリンス先生こと成川 礼先生(東京都立大)の講演。いろいろ試すのって大事だなと思います。

EndNote
さいきょうだった(有料)

Mendeley
天下のELSEVIER製 基本無料
最近(2022年)使い勝手が悪くなった
使い方(東京大学図書館)
使い方動画(Youtube)

 Zotero
オープンソースなので基本無料
ちょっとクセがあるものの、メモ機能やwebブラウザのプラグインなどが充実。
使い方記事(GIgazine)
使い方動画 (Youtube)

Paperpile
検索エンジンの王、Google製(らしい) 有料サブスク制。
基本はChromeのプラグイン、ScholarだけじゃなくPubMedでも機能する。
WordプラグインもあるけどGoogle Documentとの連携が得意。
使い方(個人ブログ)

ABLE
開発中のプロダクトだけど、研究に限らず文章でコンテンツをまとめる、制作する人には良い気がする!とりあえず順番待ち(waiting list)に登録したので楽しみにしておこう。

文献検索エンジンたち

PubMed
言わずと知れた医学文献のデータベース。
使い方(東京大学図書館)
使い方動画(Youtube)

Google Scholar
巨人の肩に乗る。
使い方動画(Youtube)

Microsoft Academic
2021年末にお亡くなりになっていた(参照)。

Perplexity
AI文献検索。

Connected Papers
隣接領域にある文献を調べる。グラフィカルで面白い。

Minds診察ガイドライン作成マニュアル2020 ver3.0
病気やケガの診察ガイドライン作成マニュアルですが、システマティックレビューをする際に活用できる。「SR-3 二次スクリーニング後の一覧表」は読んだ先行研究論文の内容を整理するための表。

臨床試験登録システム UMIN-CRT

調査以外のヒト研究をするなら、とりあえず登録しておいた方が良いです。
臨床試験登録の必要性
今後はここに登録していない論文は受け付けないジャーナルが増えると思います。医療資格がなくても、個人(院生・研究職以外の職員)でも登録できるので、指導教員や研究サポートの部署に相談してみてください。

組織学カラースライドデータベース

医学系に触れるなら非常に貴重な資料だと思います。
神戸学院大学図書館の資産なので使用の際は許可を取ってください。

統計

なるほど。で、味は?

 ちゃんと統計処理をしましょう。というよりも実験する前からする必要があります。面倒ですね。手間はかかりますが、研究内容以外に自分の仕事の価値が決まる部分です。頑張りましょう。Adaptive design について、誰か僕に教えてください。

検定分析のすすめ
サンプルサイズや効果量についてまとめられています。
サンプルサイズ計算と効果量の目安は以下から。
Sample Size Justification("サンプルサイズの妥当性”とは)
Daniël Lakens. Collabra: Psychology. 2022; 8 (1): 33267.
ということで、そもそもサンプルサイズってなんで必要?どうやって考えたらいいの?みたいなのにお答えしてくれています。OAであるやさしさ。
効果量と検定力分析入門 ―統計的検定を正しく使うために― 
終盤にGpowerの使い方も載っています。
研究論文における効果量の報告のために ―基礎的概念と注意点―
上の短い版。それはそうと、水本先生にお世話になっている研究者はめちゃくちゃ多いはず…
いわゆる、「対応ありあり」デザインの場合はどうすべきか?
Q. 神はいると思う? A. インターネットで見た(AA略)
1週間の悩みが吹き飛びました。ありがとう井口先生、ありがとうあきのさん、ありがとうヤフー知恵袋。

Stats Guild 
主な統計データ分析手法の解説ページ。

数学カフェ 確率・統計・機械学習回 「速習 確率・統計」
統計について基礎から理解をしたい方向け(優しめ)。

京都大学聴講コース 臨床研究者のための生物統計学 全10回(youtube)
無料でいいのか…?

OSL Open Stats Lab
データはないけど分析の練習はしてみたい。そんなあなたに。

シン・SPSS

 SPSSは便利で使いやすいと思いますがめっちゃ高いですよね。ほかにも統計ソフトはありますが、Rを使いこなすことができればとても便利。プログラミングはちょっと…? jamoviがあるさ!!

疫学や公衆衛生に関わる業務のための R
疫学業務や研究で頻繁に直面する課題に対する対処法の実例を扱い、素早く使用できる R のリファレンスマニュアルとしてオンラインでもオフラインでも機能する。(とのこと)

DataViz protocols
An introduction to data visualization protocols for wet lab scientists
ということで主にバイオ系研究者向けのR指南書。便利なソースコードを添えて。

jamovi完全攻略ガイド
R言語のフリー統計ソフトjamoviの使い方(ほぼSPSS)。なんかグラフの出力ができないのは世界共通のエラーらしい。直してくれ。

研究発表・論文投稿

「アレの進捗、どうなった?」

 止めてくれ、その術はオレに効く
 とても大変な作業ですが、書かねばなりません。あと、どこに出すかも大切です。出したい先がどんなところか調べましょう。
 出した後、査読してもらえるのは本当にありがたいことなので、丁寧に返事する必要がありますが、修正するにしても守るラインがあります。そんなときの助けになりそうなのも載せておきます。

投稿先としてのジャーナルの調べ方
北海道大学付属図書館より。
世間にはハゲタカジャーナルというものがあります。怖いですね。

Web of Science Master Journal list
ジャーナルの性質を調べるにはこちらから(要アカウント作成)。

英語論文の査読表現集
産総研より。天下の産総研だ!! 大好き!!

英文校正ワードバイス
【サンプル・例文付き】 効果的な査読返答レター。

査読者の指示通りに変更しないことを伝えるための方法と言い回し
生殺与奪の権利は握られているにしても、うまく意図を伝えたいよね。

医学界新聞 [連載記事] 絶対に失敗しない学会発表のコツ
学会発表は何度やっても緊張するものです。

Mind the Graph
「効果的な科学イラストを数分で作成」「思い描いたイメージを、すぐにグラフィックに!」という売り文句のまさに今っぽい便利サイト。無料でも4点作れるので、概念図や教材作成のお供にどうぞ。

いらすとや
おなじみフリーイラスト。スライド用イラストにどうぞ。個人的には、できれば写真とかの方が良いと思います。

EX. うんうん、それもまたケンキュウだね!

Rayyan
 とある大御所の先生が「大学院生でも、データが無くても、実験する前でも論文は書ける。それはレビュー論文だ!」とおっしゃっていたのを覚えています。それは(数は読んでいるはずなので)そう。とはいえめっちゃ大変。そんな作業を楽にしてくれるソフト…のようです。使い方は以下から、各自お願いいたします(使ったことないので…)。まずは普通に文献レビューに使ってみるだけでもいいんじゃなかな。
文献レビューのツール:Rayyan 
東海大 滝本先生の使い方メモ@researchmap
【保存版】無料ツール『Rayyan』で文献レビューを10倍効率化!
ある種のプロによるまとめ。Rayyan以外もまとまりすぎでは…?

奨学金・助成金

おかねください。

研究助成等公募情報
立命館大学研究部より。まとまりすぎよ。

奨学金や助成金情報
株式会社tayoより。
アカデミア向け情報プラットフォーム。最近頑張っていますね!!(上から目線)



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