2019年11月の記事一覧
RDKitの構造を画像として出力するなら
最近RDKitの構造出力はどう行うのか？という質問が多くきたので、備忘録として簡単にまとめる。（おそらく、jupyterでの運用が多いからだと思う。。。）
・pythonプログラム例molファイル形式に変換し、下記のようにすればpng形式で保存ができる。
今回はベンゼンを例に挙げた。SMILESをmol形式に変換し、Draw.MolToFileで画像に変換、保存できる。
from rdkit
Smiles2vecで物性予測をしよう。
Smiles2vecとは？
簡単に言うと自然言語処理（NLP）の分野の技術で、文字列をベクトルに変換するというものです。文字列で物性予測って何?という方も多いでしょう。
Smilesとは、SMILES記法（スマイルスきほう、英: Simplified molecular input line entry system）とは、分子の化学構造をASCII符号の英数字で文字列化した構造の曖昧性の無い表
化合物の特徴量抽出 RDkitを用いたフィンガープリントについて
はじめに駆け出しのデータサイエンティストが書くため、間違いがあると思いますが、大目に見てください。
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フィンガープリントについて
化合物の構造情報について扱う際に、多くの構造記述子が発表されています。その中にフィンガープリントという手法があります。フィンガープリントは指紋という意味ですが、ここでのフィンガープリントは構造情報からビットベクターといわれる１と０が並んだ情報に変