takehitotanzawa

プロフの更新を忘れていました 2020年10月に大阪大学蛋白質研究所電子線構造生物学研究室で特任研究員として着任しました.専門は構造生物学. 研究の話,どうでもいい話,時事ネタ紹介ができればいいですね.放置癖がありますが…

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プロフの更新を忘れていました 2020年10月に大阪大学蛋白質研究所電子線構造生物学研究室で特任研究員として着任しました.専門は構造生物学. 研究の話,どうでもいい話,時事ネタ紹介ができればいいですね.放置癖がありますが…

    マガジン

    • 初心者によるmacOSでの構造解析

      MacはUNIXベースのOSなのでLinuxを使わずとも構造解析できるよ!というのはよく知ってるし昔はそれで実際にMacを使って解析してきたわけですが,構造解析から足を洗って数年も経つとどうしても色々忘れていて,今や完全に初心者…これは良くないと,徐々に解析屋へシフトしたいと考えている今日この頃です.

    • バイオインフォマティクス講習会

      2018年8月に研究室向けに行ったバイオインフォマティクス講習会のスライドを書き下ろします.スライドだと,本当に欲しい情報を忘れてしまうこともあると考えて,このような形で再編集することにしました.

    • 雑記(仮)

      枠に収まらない記事の一時的な集約場として扱います.時を経てどこかに移動できると期待して…

    • なんでも日米比較

      アメリカで生活してみて,え?これもアメリカなの?これは日本製品じゃなかったの?と疑問に思うシーンが多々でてきました.また基本的に小売社会の日本とファミリーサイズのアメリカとを色々比較してみたくて,マガジンで纏めてみようと思い立ちました.

    • アメリカ生活編(料理)

      日本でずっと自炊生活をしてきましたが,アメリカでは,スーパーに惣菜が売っていないため,全てを一から作る必要があり手を抜くことができないので大変です.ここでは,料理・食品ブログでも纏めようかなと思います.

    最近の記事

    海外帰国者の入国の行程@成田空港(09/06/2020当時)

    久しぶりの投稿になります. 新型コロナウイルス関連情報です. 9月6日に帰国し,現在は成田空港付近のホテルで自粛生活を送っております.なのでこの情報は9月6日のものになります.おそらく現在も同じはずですが,正確な情報は各自,厚労省等のサイトで確認してください. まず,海外からの入国対象者は,日本国籍・永住権を持つ外国人に限られています.この体制が良い悪いは別にして,その点ご留意お願いします.日本に就学・就労VISAを取得して留学・就職している学生や社員の方々は一度海外に出

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    • 初心者によるmacOSでの構造解析

      • 7本

      MacはUNIXベースのOSなのでLinuxを使わずとも構造解析できるよ!というのはよく知ってるし昔はそれで実際にMacを使って解析してきたわけですが,構造解析から足を洗って数年も経つとどうしても色々忘れていて,今や完全に初心者…これは良くないと,徐々に解析屋へシフトしたいと考えている今日この頃です.

    • バイオインフォマティクス講習会

      • 6本

      2018年8月に研究室向けに行ったバイオインフォマティクス講習会のスライドを書き下ろします.スライドだと,本当に欲しい情報を忘れてしまうこともあると考えて,このような形で再編集することにしました.

    • 雑記(仮)

      • 1本

      枠に収まらない記事の一時的な集約場として扱います.時を経てどこかに移動できると期待して…

    • なんでも日米比較

      • 1本

      アメリカで生活してみて,え?これもアメリカなの?これは日本製品じゃなかったの?と疑問に思うシーンが多々でてきました.また基本的に小売社会の日本とファミリーサイズのアメリカとを色々比較してみたくて,マガジンで纏めてみようと思い立ちました.

    • アメリカ生活編(料理)

      • 2本

      日本でずっと自炊生活をしてきましたが,アメリカでは,スーパーに惣菜が売っていないため,全てを一から作る必要があり手を抜くことができないので大変です.ここでは,料理・食品ブログでも纏めようかなと思います.

    • 初心者によるmacOSでの構造解析

      • 7本

      MacはUNIXベースのOSなのでLinuxを使わずとも構造解析できるよ!というのはよく知ってるし昔はそれで実際にMacを使って解析してきたわけですが,構造解析から足を洗って数年も経つとどうしても色々忘れていて,今や完全に初心者…これは良くないと,徐々に解析屋へシフトしたいと考えている今日この頃です.

    • バイオインフォマティクス講習会

      • 6本

      2018年8月に研究室向けに行ったバイオインフォマティクス講習会のスライドを書き下ろします.スライドだと,本当に欲しい情報を忘れてしまうこともあると考えて,このような形で再編集することにしました.

    • 雑記(仮)

      • 1本

      枠に収まらない記事の一時的な集約場として扱います.時を経てどこかに移動できると期待して…

    • なんでも日米比較

      • 1本

      アメリカで生活してみて,え?これもアメリカなの?これは日本製品じゃなかったの?と疑問に思うシーンが多々でてきました.また基本的に小売社会の日本とファミリーサイズのアメリカとを色々比較してみたくて,マガジンで纏めてみようと思い立ちました.

    • アメリカ生活編(料理)

      • 2本

      日本でずっと自炊生活をしてきましたが,アメリカでは,スーパーに惣菜が売っていないため,全てを一から作る必要があり手を抜くことができないので大変です.ここでは,料理・食品ブログでも纏めようかなと思います.

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      • 大型FedExトラック

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        • Scam Likely初遭遇

          • テキサス州港湾部の推移(まとめるだけ)

            避けられなさそうなので「今回の記事はCOVID19関連記事です」と最初に言っておきます.今回は個人の見解よりも情報の開示を目的としています. 以下は今回の参照記事 日本のも見られるので便利です,と書こうと思ったけど,情報数は少なかった… おそらく日本でもアメリカ全体での新規者数は徐々に減少しつつあるもののテキサス州をはじめ幾つかの南部の州では増大傾向にあると報道されてるはずなのでご存知の方も多いはず. というか,現地に住んでる我々からすれば,これで増大しなかったら「奇跡

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            • この時期の海外への研究留学を諦めて欲しくない

              留学したいと思えば、それができる時代の中で、今禍が齎した不自由さは計り知れません。 前回の記事中でもお伝えしましたが(下記参照) そもそもアメリカに限らず海外への留学は受け入れ機関の承諾なしにはできません。企業、大学、大学も研究員として医師として学生として行く場合にそれぞれ異なると思いますが、アメリカの大学に博士研究員として留学する場合に必要な手順を以下に示します。今後変わっていく可能性はあります。現段階、というか、自分がJ1 VISAを取得した当時(2018年上半期)の

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              • 【速報】米国による就労VISA発給停止について

                残念なことに記事よりも詳しいことは書けないのですが… このことは実は前々から噂されていたことで、グリーンカードの配給が延長されたこともあり、いずれは…という話もありました。 ただ、今回の一件で、まだ救いがあるのは大学職員、研究員に対するH1B, J1 VISA発給の停止は行われないということかもしれません。ただグリーンカードは現時点では取得不可です。 海外旅行もしくは短期のビジネストリップしか経験がない在日邦人の方々には無縁かもしれませんが、VISAの新規発給が停止され

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                • トロピカルストーム「クリストバル」の軌跡

                  少し長い記事です(画像が多い) 今月初めにメキシコ・ユカタン半島で猛威を振るい,さらにメキシコ湾を北上し,あやうくアメリカ・メキシコ湾沿岸都市部にも甚大な被害をもたらしかけたトロピカルストーム「クリストバル(英:Cristobal)」の軌跡について紹介します. 5月30日(土) それはiPad ProのHurricane Tracker Appの通知から始まった これによると,現在進行形で不穏な雲の集中が見られており,20%の確率で5日以内にメキシコ・カンペチェ湾で雲の

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                  • 最初に生体分子の「かたち」を紹介します

                    実に1年以上ぶりの投稿になります笑(定期読者はいないと思うので更新具合はあまり関係ないかな?) 忘れていたわけではなく,1年ほど前から仕事が軌道に乗って忙しくなったのが一番の理由です.ということにしておきましょう笑 ところで,突然ですが,私は構造生物学者です. 構造生物学とは,生体分子の「かたち」を見ながら生命現象を解き明かす学問です. 多少まどろっこしいかもしれませんが,これから構造について紹介します. 細胞内での生命維持活動の大部分を担っているタンパク質は数百万

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                    • Mojave で fink-0.44.1 のselfupdateが 復活した件(2019.06.02)

                      長らくぶりの投稿です.(本当はもっと投稿したい題材が多いのですがなかなか時間が無く…) 昨日,ふと思って,fink selfupdate を行ってみました.過去に思い立って実行すること十数回,毎回ミラーサイト接続エラーで give up していましたが,今回ついに成功しました. Fink のサイトにも Fink mirror が戻ったと通知が来ていました.ミラーサイトの復活と自分の実行が重なったのは単に偶然だったのですが(05/31 に見たときは当然まだこの記載は無かっ

                      • Mojave で fink-0.44.1 のインストール ”は” できた件(2019.03.19)

                        3 月 15 日付けでブログを更新した,fink-0.44.1 リリースのお知らせですが,あ,リリースされたんだ,これならインストールもうまく行くと思って,特にニュースの内容について精読していませんでした. 何が書かれてあったかというと, 1)Mojave で fink インストールしないこと,つまり,OS は 10.9 - 10.13 のときに fink install すること. 2)fink install した後で,Mojave にアップグレードする. 3)ターミナ

                        • 初心者が macOS Mojave に Homebrew を使って GROMACS をインストール(1)

                          Homebrew を使って色々なソフトウェアをインストールする前準備は終わった(はず)なので,分子動力学シミュレーション(Molecular Dynamics (MD) Simulation)のソフトウェア,GROMACS とその計算に必要な幾つかのソフトウェアをインストールしていきたいと思います. このブログとインストールが同時並行なのでうまく行くかも分かりませんが…(うまく行かなかったらトラブルシューティングもしないとです…) ※ 結果,多分うまく行ったのですが,途中

                          • fink-0.44.1 released のお知らせ (2019.03.15)

                            一昨日,Fink の Mirroring infrastructure が軒並みダウンしているおかげで Mojave に Fink をインストールできないとブログに書きましたが,今日,再び Fink のサイトに行ってみたところ,Mojave 用にアップデートした ver. 0.44.1 がリリースされていました. これで,Fink もインストール可能になったと信じて後日(来週あたりにでも)やりたいと思います.

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                            • 備忘録的 macOS Mojave の Homebrew 環境再構築(2)

                              (1)で Homebrew のアンインストール・再インストールを行い,brew doctor で Homebrew の環境を完全クリーンな状態にしました.なので当然 $ brew list を実行してもすっからかんです.因みに fink list とは違って brew の場合はインストールされた Formula がリストアップされます. というのはさておき,何故 Homebrew を入れたのか,理由は今のところ一つです.それは分子動力学シミュレーション(GROMACS)を

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