初心者によるmacOSでの構造解析

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MacはUNIXベースのOSなのでLinuxを使わずとも構造解析できるよ！というのはよく知ってるし昔はそれで実際にMacを使って解析してきたわけですが，構造解析から足を洗って数年…

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Mojave で fink-0.44.1 のselfupdateが復活した件（2019.06.02）

長らくぶりの投稿です．（本当はもっと投稿したい題材が多いのですがなかなか時間が無く…）昨日，ふと思って，fink selfupdate を行ってみました．過去に思い立って実行すること十数回，毎回ミラーサイト接続エラーで give up していましたが，今回ついに成功しました． Fink のサイトにも Fink mirror が戻ったと通知が来ていました．ミラーサイトの復活と自分の実行が重なったのは単に偶然だったのですが（05/31 に見たときは当然まだこの記載は無かっ

Mojave で fink-0.44.1 のインストール ”は” できた件（2019.03.19）

3 月 15 日付けでブログを更新した，fink-0.44.1 リリースのお知らせですが，あ，リリースされたんだ，これならインストールもうまく行くと思って，特にニュースの内容について精読していませんでした．何が書かれてあったかというと， 1）Mojave で fink インストールしないこと，つまり，OS は 10.9 - 10.13 のときに fink install すること． 2）fink install した後で，Mojave にアップグレードする． 3）ターミナ

初心者が macOS Mojave に Homebrew を使って GROMACS をインストール（1）

Homebrew を使って色々なソフトウェアをインストールする前準備は終わった（はず）なので，分子動力学シミュレーション（Molecular Dynamics (MD) Simulation）のソフトウェア，GROMACS とその計算に必要な幾つかのソフトウェアをインストールしていきたいと思います．このブログとインストールが同時並行なのでうまく行くかも分かりませんが…（うまく行かなかったらトラブルシューティングもしないとです…） ※ 結果，多分うまく行ったのですが，途中

fink-0.44.1 released のお知らせ（2019.03.15）

一昨日，Fink の Mirroring infrastructure が軒並みダウンしているおかげで Mojave に Fink をインストールできないとブログに書きましたが，今日，再び Fink のサイトに行ってみたところ，Mojave 用にアップデートした ver. 0.44.1 がリリースされていました．これで，Fink もインストール可能になったと信じて後日（来週あたりにでも）やりたいと思います．

備忘録的 macOS Mojave の Homebrew 環境再構築（2）

（1）で Homebrew のアンインストール・再インストールを行い，brew doctor で Homebrew の環境を完全クリーンな状態にしました．なので当然 $ brew list を実行してもすっからかんです．因みに fink list とは違って brew の場合はインストールされた Formula がリストアップされます．というのはさておき，何故 Homebrew を入れたのか，理由は今のところ一つです．それは分子動力学シミュレーション（GROMACS）を

Fink mirroring infrastructure ダウンのお知らせ（2019.03.13）

最近といっても数ヶ月前に，MacBook Pro の OS を macOS Mojave にアップグレードしてから，構造解析用プログラムの更新やインストールをしていないことに気づいたので，macOS High Sierra の Fink を削除して，再インストールをしようとしました．（昔は OS が変わるたびに再インストールしていたけど，今は実際のところどうなのかはよく知りません） Fink は現在もバイナリインストーラーがないのでソースインストールを行う必要があります．で

備忘録的 macOS Mojave の Homebrew 環境再構築（1）

Fink や MacPorts と同様に，Homebrew もオープンソフトウェアを macOS にインストールする管理ソフトウェアです（以下リンク） Homebrew を macOS High Sierra のときにインストールしたあと特に使わずに放置していましたが，今回 Mojave にアップグレードして色々使いたいなと思ったので，アンインストール・再インストールしました．OS が変わるとおかしくなるというのは一般的なことだそうなので… Fink の一件（Mirror

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Mojave で fink-0.44.1 のselfupdateが 復活した件（2019.06.02）