FASTは薬剤耐性：AMR対策として有益なツールになるのか？

レーザー照射による画像解析を機械学習データを利用して細菌検出さらには、効果的抗生剤を絞り込むという手法と解釈した
この 'flow cytometry-assisted antimicrobial susceptibility testing' （FAST）は 薬剤耐性：Antimicrobial resistance (AMR) 対策としてより現実的で有益性の高いツールとなるのか？

Fighting bacterial infections FASTer
https://medicalxpress.com/news/2023-01-bacterial-infections-faster.html

西オーストラリア大学、パスウエスト、ハリー・パーキンス研究所の科学者たちは、新しい 'flow cytometry-assisted antimicrobial susceptibility testing' （FAST）を開発。
この新しい検査は、現在の検査よりも対象が絞り込まれ、正確です。また、検査時間も大幅に短縮された。現在の検査では、感染している細菌とそれに対抗する有効な抗生物質を特定するのに5日間もかかることがある。FASTは、30分以内に細菌感染を検出し、5時間以内に最も効果的な抗生物質治療を行うことができる。
どのように機能するのか？
FASTでは、フローサイトメーターという機械が、懸濁液に浮遊している個々の細菌をレーザーの前に通し、その出力を高感度検出器で測定します。数十万個のバクテリアの細胞を高速で分析することができる。
クリスティン・カーソン博士は、UWAのシニアリサーチフェローで、この研究の共同執筆者である。彼女は、細菌を抗生物質で治療する場合、このテストは「非常に詳細な情報を提供する」と言う。
「どの薬剤を使用したかに応じて、バクテリアの集団に見られるさまざまな変化のパターンを確認することができます」とクリスティンは言う。
クリスティーンによれば、この検査は診断ラボの枠を超えて応用できる可能性があるという。
どのように役立つのでしょうか？
AMRと戦うための世界的な努力の一環として、新しい抗菌薬の特定に焦点となっている。
FASTによって得られる詳細な情報は、薬剤研究者が新しい方法で候補薬剤をスクリーニングすることを可能にし、細菌感染との闘いにおける新しい扉を開くことになる。
この試験法は、何百もの新規化合物を迅速にスクリーニングし、最も薬剤耐性の高い細菌を殺すのに効果的な化合物を特定可能。
フローサイトメトリーによる抗菌薬感受性検査は、スーパーバグとの戦いにスピードと正確さを提供する。
抗生物質に関して言えば、"どのように薬剤感受性を評価するか "が重要な問題だと述べている。
www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。

Same-day confirmation of infection and antimicrobial susceptibility profiling using flow cytometry
Kieran Mulroney, et al
eBioMedicine 08/2022
Open AccessPublished:July 18, 2022
DOI:https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.104145
https://www.thelancet.com/journals/ebiom/article/PIIS2352-3964(22)00326-7/fulltext

【背景】
抗菌薬耐性菌感染症による年間死亡者数は127万人を超えている。重篤な感染症では、有効な抗菌薬療法がない場合、1時間ごとに死亡リスクが6.7%増加する。臨床的に適切な時間枠で実用的な病理学的結果を提供する新しい技術は、緊急の優先事項である。
腹膜透析（PD）関連腹膜炎を実証例として、感染と抗菌薬感受性の同日確認を可能にする音響拡張フローサイトメトリー（AFC）ワークフローの開発と検証を紹介。
【研究方法】
本コホート研究では、AFCを使用して腹膜透析液検体を分析し、感染の有無および同定された細菌の抗菌薬感受性を確認した。主要評価項目は、臨床検査室が実施する従来の微生物検査と比較した本検査の性能であった。副次的評価項目は，結果が得られるまでの時間であった．
【所見】
AFCは一次検体（n=116）から，培養陰性例での感染菌の確認を含め，到着から1時間以内に感度86％，特異度94％で感染を確認した。Flow-cytometry assisted antimicrobial susceptibility testing（FAST）と組み合わせることで，従来の検査法と同等の精度で即日抗菌薬感受性プロファイルが得られることが確認された。
【解釈】
AFCを用いた感染確認および抗菌薬感受性予測は、PD腹膜炎で実証されたように、現在利用されている微生物学的検査と同等以上の性能で、臨床的に意味のある時間枠で実用的な結果を提供することが可能である。この技術は、他のタイムクリティカルな重篤感染症にも広く適用できる可能性を示している。
【Funding】
Government of Western Australia (Department of Health), Government of Australia (National Health and Medical Research Council) and the Forrest Research Foundation.
Keywords
Peritoneal dialysis
PD
Peritonitis
Flow cytometry
Rapid diagnostics
Antimicrobial susceptibility
www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。

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感染症に関してはマクロ視点でも個別臨床でも、deep learningや機械学習は必須の分野となってきているようだ