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しがない研究職。日々の覚書など。

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しがない研究職。日々の覚書など。

  • バイオインフォマティクスまとめ

    バイオインフォマティクスに関する覚書

  • 感染症疫学まとめ

Raspberry Pi 4B + BME680 + Ambientで実験室環境をモニタリングする

Raspberry Piを買ってみたはいいが、何をするでもなかったので、とりあえず実験室（とデスク）の環境をモニタリングしようと思い立った。 ということで覚書。 モニタリングするもの ・室温 ・湿度 ・大気圧 ということで、ラズパイマガジン2020年12月号に載っていたセンサーBME680を使うことに。 BME680はガスセンサーでもあるが、今回は使用していない。 配線もラズパイマガジン通りI2C接続する。 ここで取得した各データをAmbientに送信して表示する。

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    • 【QIIME2でメタゲノム解析】⓪Docker上でQIIME2を動かす

      前の記事でQIIME2のDockerイメージをpullしている状態で進めます。 ローカルのワーキングディレクトリに移動した後 $ docker run -t -i -v $(pwd):/data qiime2/core:2019.10 --name o2u_qiime2 /bin/bash(qiime2-2019.10) root@XXXXXXXXXXXX:/data# でQIIME2が使えるようになります。 nameオプションでコンテナ名を指定しておくと、これを使い回

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      • 【DRY解析環境構築】⑦Ubuntuにスワップメモリを設定

        実際にQIIME2でメタゲノム解析を進めているのですが、系統解析でkillされる事例が発生（Silvaを使った時のみ）。 コンテナの動きを見ているとどうもメモリが足りない様子。 どうせ内臓SSDはOSくらいしか入っていないので、スワップメモリを使うことに。 参考記事は以下。 作業は記載の通り。今回は内臓メモリ16GBの倍、32GBを当てることに。 # スワップファイル用ディレクトリ作成$ sudo mkdir /var/swap/# 32GBのスワップファイル作成$ su

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        • 【DRY解析環境構築】⑥Ubuntuにリモートデスクトップを設定してMacからGUI操作

          基本的にsshで操作したいわけですが、技術的に追いつかなくてどうしてもGUIで操作したい場面が出てくる（エピソード⑤参照）。 そこでリモートデスクトップでMacからGUI操作しようという試み。 参考記事は以下。 基本的にはこの通り進めれば繋がりはするのですが、なぜか画面が切れて表示される。 いろいろググった結果、元がMacBook Proで画面を閉じたまま使用しているため、Ubuntuがモニタを認識していないのが原因のよう。 以下記事を参考にダミーのビデオドライバを認識させ

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        Raspberry Pi 4B + BME680 + Ambientで実験室環境をモニタリングする

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        • 【QIIME2でメタゲノム解析】⓪Docker上でQIIME2を動かす

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        • 【DRY解析環境構築】⑦Ubuntuにスワップメモリを設定

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        • 【DRY解析環境構築】⑥Ubuntuにリモートデスクトップを設定してMacからGUI操作

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        マガジン

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        記事

          【DRY解析環境構築】⑤Ubuntuに接続したHDDをMacと共有【追記あり】

          せっかく常時起動しているUbuntuがあるので、NGS解析データなどはUbuntuに接続した外部HDDに保存しておき、Macからも触ったりできるようにしたい。 ということでUbuntuとMacのファイル共有を設定しました。 参考記事は以下。 そもそもUbuntuとMacで読み書きできるHDDを作るところからなので、その辺は以下の記事を参考に。 Macのフォーマット（HFS）で作成すれば認識するようだ。 ただしジャーナリングをオフにする必要がある。 この辺まではコマンドライ

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          【DRY解析環境構築】⑤Ubuntuに接続したHDDをMacと共有【追記あり】

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          【DRY解析環境構築】④QIIME 2のセットアップ

          QIIME 2はメタゲノム解析パイプラインです。 としたり顔で書いていますが、一昨年メタゲノム解析を頼まれた時はQIIME（チャイム）の読み方すらわかりませんでした。 Wetしかやったことのない私に頼んだ人も、引き受けた私もどうかしています。 他の先生が解析されたログを見ながら、必要なツールを１つ１つググりつつインストールしていって…懐かしい。 昨年QIIME 2をインストールする際にはDockerの意味もわからず、普通にローカルにインストールして使っていました。成長を感じ

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          【DRY解析環境構築】④QIIME 2のセットアップ

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          【DRY解析環境構築】③Rのセットアップ

          ここにきて「インストール」とは言わないよな、と気づく。 このエピソードからセットアップという名前に変更します。 さて、次はRです。参考サイトは以下。 おっしゃる通り $ docker run --rm -p 8787:8787 rocker/verse ではエラーが出る。何かパスワードを入れるということらしいが、どこで設定するんだ？ とりあえずパスワードを入れて実行。 $ docker run --rm -p 8787:8787 -e PASSWORD=<設定するパ

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          【DRY解析環境構築】③Rのセットアップ

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          【DRY解析環境構築】②Jupyter Labのインストール

          前回（エピソード⓪）でUbuntuにDockerをインストールし、メインマシンのMacからssh接続で操作できるようになりました。 いよいよ解析用にセットアップしていきます。まずはJupyter Lab。 参考記事はこちら。 Dockerfileを作る。今回はVimで。 $ mkdir ~/Documents/ds_python$ cd ~/Documents/ds_python$ vi Dockerfile Dockerfileにサイトのプログラムを丸コピ。 1〜28

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          【DRY解析環境構築】②Jupyter Labのインストール

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          【DRY解析環境構築】⓪使わなくなったMacBook ProにUbuntuをインストールして解析専用マシンにする【追記あり】

          ①でメインマシンにDockerをインストールしたんですが、思った以上にメモリを食うようだったので、使わなくなったMacBook ProにUbuntuを入れて解析専用マシンにしようと思い立ちました。 ついでにメインマシンからsshで接続してDockerを操作できるように。 マシンの紹介MacBook Pro Retina, Mid 2012 2.7GHz/L3 Cache 8MB クアッドコアIntel Core i7 16GB メモリ 本来やりたかったことSDカードスロッ

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          【DRY解析環境構築】⓪使わなくなったMacBook ProにUbuntuをインストールして解析専用マシンにする【追記あり】

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          【DRY解析環境構築】①Dockerのセットアップ

          これまではローカルRやPythonを動かしていましたが、次世代シークエンサーDRY解析教本[改訂第２版]（以下 #NGS_DAT）でDockerが紹介されていたので導入することに。 覚書のために、インストール手順などを記録します。 １．Docker hubへのサインアップ以前（昨年？）Dockerをインストールした時にはなかった気がする。 とりあえずdocker.comのサイトから必要情報を入力しconfirm。 ２．DockerのインストールログインしたらDownloa

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          【DRY解析環境構築】①Dockerのセットアップ

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