【DRY解析環境構築】⑦Ubuntuにスワップメモリを設定
実際にQIIME2でメタゲノム解析を進めているのですが、系統解析でkillされる事例が発生(Silvaを使った時のみ)。
コンテナの動きを見ているとどうもメモリが足りない様子。
どうせ内臓SSDはOSくらいしか入っていないので、スワップメモリを使うことに。
参考記事は以下。
作業は記載の通り。今回は内臓メモリ16GBの倍、32GBを当てることに。
# スワップファイル用ディレクトリ作成
$ sudo mkdir /var/swap/
# 32GBのスワップファイル作成
$ sudo dd if=/dev/zero of=/var/swap/swap0 bs=1G count=32
32+0 records in
32+0 records out
34359738368 bytes (34 GB, 32 GiB) copied, 87.4758 s, 393 MB/s
$ sudo chmod 600 /var/swap/swap0
# swapファイルとして割当
$ sudo mkswap /var/swap/swap0
$ sudo swapon /var/swap/swap0
記載の通りfstabにも追記して起動時にスワップオンになるように。
ちなみに既存のswapファイルを書き換えるときは一旦swapoffしてから。
メモリは以下のようになった。
$ free -h
total used free shared buff/cache available
Mem: 15G 962M 1.0G 17M 13G 14G
Swap: 33G 9.8M 33G
一応これで動くようになりましたが、問題はここではなかった気もする。
とりあえず安心して動かせます。