Nanaimo

微生物系の研究に従事する博士号取りたての研究者。 Qiime2を動かして腸内細菌叢を調べてみたい。 ヨーグルトやチーズを作るのが好きです。

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  • 初心者の菌叢解析（Qiime2）

    初心者の方がQiime2を動かして菌叢解析を行えるようになることを目指しています。 菌叢解析にチャレンジしてみたい方は是非ご覧ください。

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(1)Qiime2インストール編（2023.3.14追記）

1．はじめに消化管の中に生息する「腸内細菌」は今や一大研究テーマとなっており、人々の健康の維持・増進を考える上では避けられないキーワードです。 1990年より開始された「ヒトゲノム計画」によって培われた次世代シーケンス技術は、これまで完全にブラックボックスであった腸内の微生物環境を解析する強力なツールとして現在活用されています。 その中で明らかとなってきたことは、腸内細菌は非常に複雑な生態系を構成しており、宿主と密接に相互作用しているということでした。 腸内細菌はその複雑

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    • 初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(1)Qiime2インストール編

      1．はじめに消化管の中に生息する「腸内細菌」は今や一大研究テーマとなっており、人々の健康の維持・増進を考える上では避けられないキーワードです。 1990年より開始された「ヒトゲノム計画」によって培われた次世代シーケンス技術は、これまで完全にブラックボックスであった腸内の微生物環境を解析する強力なツールとして現在活用されています。 その中で明らかとなってきたことは、腸内細菌は非常に複雑な生態系を構成しており、宿主と密接に相互作用しているということでした。 腸内細菌はその複雑

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      • 初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(16) 「qiime --help」でもっとQiime2を使い倒す

        第1回から投稿しようと思っていた内容はほぼ全て書き終えておりまして、 初心者の菌叢解析シリーズは終わりが見えてきました。 ここまで、進んできた方はもうQiime2と友達になれていると思います。 そこで、「もっとQiime2を使い倒す」ために、私が参考にしている方法を紹介します。 ここでの方法を使って自分の行いたい解析方法を見つけ出したり、 その解析に必要なコマンドやファイル、データなどを確認していました。 「qiime --help」を上手に使うことで、解析の幅が大きく広が

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        • 初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(15) Heatmapの作成

          Qiime2で菌叢解析を行うことを目的として投稿を行なっています。 興味のある方はこれまでの投稿もご確認ください。 1．はじめに今回の投稿では以下の画像のようなHeatmapの作成を目指しております。 視覚的に有効なので是非作成してみてください。 2．ファイルの準備まずは目的のディレクトリに移動し、Qiime2を起動します。 cd /Users/ユーザー名/Desktop/Qiime2_test conda activate qiime2-2021.2 次にHeatm

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        初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(1)Qiime2インストール編（2023.3.14追記）

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        • 初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(1)Qiime2インストール編

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        • 初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(16) 「qiime --help」でもっとQiime2を使い倒す

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        • 初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(15) Heatmapの作成

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        マガジン

        • 初心者の菌叢解析（Qiime2）
          19本

        記事

          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(14) 菌叢のグラフを作成する

          本投稿ではこれまでに解析した菌叢解析の結果からグラフを作成することを目的としています。 興味のある科や属、株を抽出し、その存在割合のグラフ作成を行います。 本解析にはこれまでのQiime2解析結果が必要になりますので、興味のある方は過去の投稿もあわせてご確認ください。 1．Qiime2の起動と解析ディレクトリの作成まずは解析ディレクトリに移動し、Qiime2を起動します。 cd /Users/ユーザー名/Desktop/Qiime2_test conda activat

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(14) 菌叢のグラフを作成する

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(13.1) PICRUSt2の結果をKEGG pathwayにマッピングしてみる

          前回の投稿でPICRUSt2解析を行いました。 せっかくなので、KEGG pathwayにマッピングしてみたいと思います。 クリティカルな解析にはならないかもしれませんが、映えるのでやってみました。 プレゼンの際などでは視覚的な説得力が増すかもしれません。 また、前回投稿もあわせてご確認ください。 1．はじめにKEGGはKyoto Encyclopedia of Genes and Genomesのことで、京都大学で作成された代謝経路を中心としたあらゆる情報が統合されたデ

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(13.1) PICRUSt2の結果をKEGG pathwayにマッピングしてみる

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(13) PICRUSt2の使い方編

          寒さの深まる2月の上旬です。 某ウイルスも過去最大の感染者数記録しており、会いたい人にも会えない日々が続いています。 執筆していた論文が一段落したので、こちらの投稿を再開した次第です。 今回はPICRUSt2での解析を進めていきます。 ここまで来た方にとっては難しくないと思います。 1． はじめにPICRUSt2はメタゲノム解析で得た配列情報を元に、その機能性を予測するツールです。これにより、16S rRNAの配列に基づく細菌叢の働き（functional potenti

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(13) PICRUSt2の使い方編

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(12) 有意に変化した菌を見つける~Differential abundance testing with ANCOM~

          多様性解析を行い、菌叢の構造の変化が分かってくると、次はどの菌が変化したのかという点に興味がわいてきます。 そこで、今回はQiime2のチュートリアルにもある「ANCOM」解析にて有意に変化した菌を見つけます。 1．ANCOM解析の注意点私は統計に詳しいわけではないのですが、Qiime2のチュートリアルによると、あまり変化しない2群間における変化を見つけるという点においてANCOMは威力を発揮するようです。 2群間で25％以上の菌が変化している場合は解析を行わないでくだ

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(12) 有意に変化した菌を見つける~Differential abundance testing with ANCOM~

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(11)多様性解析 ~β多様性~

          今回は多様性解析のもう一つ「β多様性」の解析を行っていきます。 多様性に関しましてはわかりやすい解説サイトが沢山ありますので、ご確認ください。 また、これまでの投稿につきましても合わせてご確認ください。 Qiime2のインストール方法から投稿しています。 α多様性解析につきましても興味のある方はご確認ください。 1．Sample depthの設定β多様性を解析するにあたり、まずはSample depthの設定を行います。 設定したSample depthは各サンプルでど

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(11)多様性解析 ~β多様性~

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          初心者の菌叢解析Qiime2 classifierを自作する 改訂版

          以前もQiime2のclasifier.qza作成方法について投稿しております。 しかし時間が経ち、ダウンロードができない等の不都合が出てきましたので、改訂版を投稿いたします。 Classifier作成には意外と時間がかかりました。 出来合の物で問題がなければ本投稿の「5-2．full lengthで良ければダウンロードできる」までお進みください。 1．データベースについて使用するデータベースは基本的には「GreenGenes」を使用したものが多いです。しかし、Green

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          初心者の菌叢解析Qiime2 classifierを自作する 改訂版

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          初心者の菌叢解析Qiime2 Windows編 Qiime2 on Windows Subsystem for Linux

          はじめに本日遠くに住む友人から「mac」じゃなくて「Windows」でQiime2を動かしたいとの連絡をいただきました。macだと簡単にAnacondaをインストールできて、スルスル進むのですが、Windowsだとそうはいきませんでした。 今回、Qiime2のインストールまで何とかやってみましたので、その内容を投稿します。 恐らくもっとスマートに行う方法もあると思いますが、ご容赦ください。 長文ですが、よろしくお願いします。 普通にAnacondaをインストールしてもmac

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          初心者の菌叢解析Qiime2 Windows編 Qiime2 on Windows Subsystem for Linux

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(10) 多様性解析 ~α多様性~

          前回までの解析で菌叢の組成を可視化するところまでいきました。今回は多様性解析の方法について記載します。 1．多様性について菌叢の多様性はその環境を考察する上で非常に重要です。腸内細菌叢では宿主の疾患や薬の有効性に多様性が関与していることが報告されています。 多様性にはα多様性とβ多様性がありますが、今回はα多様性について解析していきます。多様性については以下のサイトがわかりやすく示されていました。 2．レアファクションカーブの作成 まずはレアファクションカーブを作成して

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(10) 多様性解析 ~α多様性~

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(9) Taxonomic analysis

          前回に引き続き、Qiime2解析を進めていきます。 今回はひたすらコマンドを入れていく流れになります。 今回の解析はQiime2 docsの「”Moving Picture" tutorial」を参考に進めておりますので、そちらもご参照ください。 それではいつも通りQiimeを起動してください。 1．table.qzaの確認まずは以下のコマンドを入れます。「mv」は名前の変更（場所の移動）を指示するコマンドです。 mv rep-seqs-dada2.qza rep-s

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(9) Taxonomic analysis

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(8) ノイズの除去~DADA2~

          今回は前回確認したクオリティを元にノイズ除去（デノイズ）を行います。ここではノイズ除去にDADA2というプラグインを用います。forward配列とreverse配列のマージやクオリティの低い配列（Read）の除去、プライマー配列の除去等を行います。 詳しい内容については概念図を用いた良いサイトがありましたので、参考にしていただければと思います。 1．DADA2の解析まずは目的のフォルダ（Qiime2_test）に移動し、Qiime2を起動します。 cd /Users/ユ

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(8) ノイズの除去~DADA2~

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(7)fastqファイルの取り込み（変換）

          本日から実際に解析を進めていきます。 最初の目標は、菌種の組成を示すグラフを作るところを考えています。 その後に、多様性解析やPICRSt2を動かしていこうと思います。 今回はfastqファイルの取り込み（アーティファクト[.qza]への変換）を行います。 流れとしては、manifestファイルを元に、fastqファイルの取込（変換）を行います。その後、クオリティ等を確認したいと思います。 1．はじめにQiime2の動かし方ですが、基本的にまずは「qiime」というコマン

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(7)fastqファイルの取り込み（変換）

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(6) ファイルの準備編 ~classifierファイル~

          初心者の菌叢解析シリーズの6つ目のnoteです。是非全部読んでください。 1．Qiime2を動かすのに必要なファイル以前の記事でも記載したのですが、必要なファイルが4つあります。 1. Sequenceファイル（.fastqもしくは.fastq.gz） 2. manifestファイル（.csv） 3. sample-metadataファイル（.txt) 4. classifierファイル（.qza) 今回は4つ目のclassifierファイルの準備を行います。 2.

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          初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(6) ファイルの準備編 ~classifierファイル~

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