⑧ヒト生体タンパク質由来の抗菌ペプチド探索 第2章 抗菌ペプチド探索 ３ 新規のタンパク質由来抗菌ペプチド候補
その他の、こじこうじの作品へのリンクは
太陽の秘密 | こじ こうじ |本 | 通販 | Amazon
アベマリア | こじ こうじ |本 | 通販 | Amazon
アペリチッタの弟子たち | こじ こうじ |本 | 通販 | Amazon
Youtubeに紙芝居絵本「ものほしざお」があります
https://youtu.be/iGRwUov3O74?si=bH2ZszSCB6b6fquq
第２章 抗菌ペプチド探索
３ 新規のタンパク質由来抗菌ペプチド候補
ぼくが最近ChatGPTで復刻した、タンパク質から任意の長さの連続するペプチドをきりだし、その 疎水モーメント（HM: Hydrophobic moment） と平均疎水度（AH:Average Hydrophobicity）を計算後、エクセルでフィルターにかけるようにするプログラムをつかってみる。
①apoE 1-299 の最初から１２残基づつみていくと、HMが高くAHが低いのは、やはり、apoE133-162を中心とした場所で
sequence AV HM
QSGQRWELALGR -0.264166667 0.520204152
GQRWELALGRFW -0.011666667 0.545630708
QRWELALGRFWD -0.126666667 0.564519628
RWELALGRFWDY -0.034166667 0.518211357
ALGRFWDYLRWV 0.1175 0.558040375
FWDYLRWVQTLS 0.146666667 0.510914458
DYLRWVQTLSEQ -0.1525 0.550118082
YLRWVQTLSEQV 0.0125 0.602918043
LRWVQTLSEQVQ -0.08 0.601859326
RWVQTLSEQVQE -0.23 0.657221973
LSSQVTQELRAL -0.041666667 0.506597485
SQVTQELRALMD -0.136666667 0.524760896
QVTQELRALMDE -0.183333333 0.509146833
VRLASHLRKLRK -0.524166667 0.505154197
RLASHLRKLRKR -0.825 0.613679359
LASHLRKLRKRL -0.525833333 0.597311769
＊SHLRKLRKRLLR -0.788333333 0.682338898
HLRKLRKRLLRD -0.848333333 0.637944995
LRKLRKRLLRDA -0.763333333 0.682735447
RKLRKRLLRDAD -0.926666667 0.648946117
KLRKRLLRDADD -0.790833333 0.644192854
LRKRLLRDADDL -0.5775 0.592192147
RKRLLRDADDLQ -0.736666667 0.511958519
KRLLRDADDLQK -0.650833333 0.79390034
＊＊RLLRDADDLQKR -0.736666667 0.815597963
LLRDADDLQKRL -0.4375 0.736237349
LRDADDLQKRLA -0.474166667 0.674240799
RDADDLQKRLAV -0.4725 0.541287171
AREGAERGLSAI -0.121666667 0.543681121
REGAERGLSAIR -0.384166667 0.619775094
EGAERGLSAIRE -0.235 0.613231382
AERGLSAIRERL 0.335833333 0.514209176
注 ＊SHLRKLRKRLLR apoE138-149
＊＊RLLRDADDLQKR apoE 147-158
やはり、この２か所が、apoEの中で<hot> だった。
②GLP-1（1-37） human
GLP-1(7-36) -amide HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVKGR（G）
＊（２）A,（３）Eの間でDPP４により切断
ビクトーザ HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGR（G）
デユダグルチド HGEGTFTSDVSSYLEEQAAKEFIAWLVKGR（G）― GGGG－IgGFc
このオレンジ部分がGLT-1
HMの高いαHelix構造が続く場所は、ApoE133-162とちがい、疎水度が高い
sequence AV HM
GTFTSDVSSYLE 0.149166667 0.317819906
TFTSDVSSYLEG 0.149166667 0.319387253
EGQAAKEFIAWL 0.245833333 0.352823678
GQAAKEFIAWLV 0.3975 0.39116465
QAAKEFIAWLVK 0.2325 0.501730852
AAKEFIAWLVKG 0.343333333 0.450983375
③apoB,apoA
同じ、脂肪を運搬するアポ蛋白である、apoB（2005年にも一度われわれは解析）、そしてapoA-I, apoA-II(近年、apoA-II(のアイソフォームの存在が、膵がんの初期マーカーになると「噂されている」がそのアイソフォームの詳細は公開されていない)も、同様の手法で解析してみた。
だが、HMの高い部位は、いずれも疎水度高かった。
つまり、HMが高く疎水度の低い部分が連続するapoEのような場所はでてこなかった。
その意味でapoEは特別といえる。
④AIM(apoptosis inhibitor of macrophage or , Tissue macrophage-derived apoptosis inhibitor of macrophage myostatin)
ぼくは、腫瘍マーカーとしてＩｇＭ結合タンパク質IgM-CEAの検証をしていた関係で、このIgM結合タンパク質は気になる存在だった。
HMの高い部位の平均疎水度は0前後（疎水度は高め）だった。
⑤ myostatin
開業医になって、廃用症候群になった高齢者を診る機会がふえ、筋肉の萎縮に関するこの分子が気になるようになった。
やはり、HMの高い部位の平均疎水は0前後しかなかった
⑥ＡＣＥ２。
コロナのデルタ株のヒト細胞へのエントリー部位＝結合する部位
Length 805
MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEE(24)QAKTFLDKFN(34)HEAEDLFY(42)QSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLG(353)KGDF(357)RILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYADQSIKVRISLKSALGDKAYEWNDNEMYLFRSSVAYAMRQYFLKVKNQMILFGEEDVRVANLKPRISFNFFVTAPKNVSDIIPRTEVEKAIRMSRSRINDAFRLNDNSLEFLGIQPTLGPPNQPPVSIWLIVFGVVMGVIVVGIVILIFTGIRDRKKKNKARSGENPYASIDISKGENNPGFQNTDDVQTSF
sequence AV HM
IEEQAKTFLDKF -0.07 0.572503894
EQAKTFLDKFNH -0.221666667 0.519202488
FLDKFNHEAEDL -0.07 0.548567791
LDKFNHEAEDLF -0.07 0.559517417
SEVGKQLRPLYE -0.206666667 0.571831258
EVGKQLRPLYEE -0.253333333 0.563543578
VGKQLRPLYEEY -0.17 0.559383708
GQLIEDVEHTFE 0.064166667 0.507526071
QLIEDVEHTFEE -0.0375 0.561662332
LIEDVEHTFEEI 0.148333333 0.594742371
KPLYEHLHAYVR -0.0925 0.563091994
AHLLGDMWGRFW 0.276666667 0.516037403
LGDMWGRFWTNL 0.189166667 0.627594694
GDMWGRFWTNLY 0.1225 0.567996629
DMWGRFWTNLYS 0.0675 0.559771538
MWGRFWTNLYSL 0.230833333 0.504160893
WGRFWTNLYSLT 0.173333333 0.509478019
DQAWDAQRIFKE -0.304166667 0.530454426
QAWDAQRIFKEA -0.1775 0.503813985
AWDAQRIFKEAE -0.168333333 0.535417994
WDAQRIFKEAEK -0.345 0.635958553
DAQRIFKEAEKF -0.313333333 0.733485643
AQRIFKEAEKFF -0.139166667 0.820782848
QRIFKEAEKFFV -0.100833333 0.709752631
RIFKEAEKFFVS -0.045 0.699377924
IFKEAEKFFVSV 0.255833333 0.595113312
FKEAEKFFVSVG 0.180833333 0.532815915
AWDLGKGDFRIL 0.104166667 0.52260572
＊DQWMKKWWEMKR -0.484166667 0.527215785
＊QWMKKWWEMKRE -0.470833333 0.508838999
＊WMKKWWEMKREI -0.285 0.567867291
MKKWWEMKREIV -0.2625 0.529344863
MKREIVGVVEPV 0.119166667 0.52111406
REIVGVVEPVPH 0.1675 0.547042799
DYSFIRYYTRTL -0.1525 0.549044105
YSFIRYYTRTLY -0.055833333 0.608581905
SFIRYYTRTLYQ -0.148333333 0.662775
FIRYYTRTLYQF -0.034166667 0.734532318
IRYYTRTLYQFQ -0.204166667 0.646426708
QFQEALCQAAKH -0.065833333 0.500813375
TEAGQKLFNMLR -0.116666667 0.599752269
EAGQKLFNMLRL -0.024166667 0.542109672
AGQKLFNMLRLG 0.0775 0.529326901
NVRPLLNYFEPL 0.093333333 0.549548097
VRPLLNYFEPLF 0.2575 0.627983273
RPLLNYFEPLFT 0.163333333 0.571246736
NYFEPLFTWLKD 0.143333333 0.509289705
FVTAPKNVSDII 0.286666667 0.542033472
TAPKNVSDIIPR -0.103333333 0.608254882
APKNVSDIIPRT -0.103333333 0.601086172
PKNVSDIIPRTE -0.216666667 0.545150551
＊RTEVEKAIRMSR -0.59 0.593479388
＊TEVEKAIRMSRS -0.394166667 0.545160155
＊VEKAIRMSRSRI -0.424166667 0.518249216
*RMSRSRINDAFR -0.694166667 0.572064999
INDAFRLNDNSL -0.128333333 0.542239243
それなりに、HM高く、疎水度低い、＊DQWMKKWWEMKR ＊RTEVEKAIRMSR は抗菌テストをする候補となる。特に、前者のW豊富なペプチドは面白そうである（W豊富な抗菌ペプチドは報告がある）
①へのリンク：https://note.com/kojikoji3744/n/n73e095a67c68
次⑨ヘのリンク：（最終）⑨ヒト生体タンパク質由来の抗菌ペプチド探索 エピローグ 共同研究者募集中！｜kojikoji (note.com)
この記事が気に入ったらサポートをしてみませんか？