RDKitの構造を画像として出力するなら
最近RDKitの構造出力はどう行うのか?という質問が多くきたので、備忘録として簡単にまとめる。(おそらく、jupyterでの運用が多いからだと思う。。。)
・pythonプログラム例
molファイル形式に変換し、下記のようにすればpng形式で保存ができる。
今回はベンゼンを例に挙げた。SMILESをmol形式に変換し、Draw.MolToFileで画像に変換、保存できる。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import rdDepictor
mol = Chem.MolFromSmiles('C1CCCCC1')
Draw.MolToFile(mol, 'mol.png')
・mol.png
簡単だが、以上。
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