pymol 個人用メモ

cartoon表示で任意の場所だけにストランド(rectangle)とかヘリックス(oval)を表示したい時どうしたらいいんだっけな…という時のメモ。

cartoon tube#これだと全部がtubeになる。デフォルトの太さは京都の某うどん店の一本うどんみたいに極太。cartoon tube, (resi 5:23)#残基番号を指定して一本うどんを出すset cartoon_tube_radiu

THE 発達障害太郎なので、確定申告をしろだとか課税証明書を出せだとか言われると気が狂いそうになる

cryoloをインストール。色々と勝手が分からず苦労した…。

思い当たる節しかなかったけど、sudo apt install libopenmpi3 で解決した。シングルで走らせてたので結構ヤバかった。

結局またopenmpiに苦しんでる…

久しぶりにrelionを使ってる。自分でインストールしてLacZのチュートリアルまで動かしたのに色々忘れてしまっている…。

pymol 色分け

タンパクの特定の原子を球で表示 → 実験で得られた値を使って色分け

NMRとかの実験で得られた何らかのパラメータを使って蛋白質の原子レベルでの色分けがしたい.

まずは色々やる前に全体の色をGrays → White にしてしまう.
ついでにcartoon表示を少しシュッとさせたい.
oval ヘリックス
rect ストランド
length 横幅
with 厚み
loop_radius ループ部

https://www.jstage.jst.go.jp/article/jos1956/27/1/27_1_2/_pdf
緩和について日本語で簡単に説明してくれている。

某学会の支部会が研究室のすぐ近くでやっていたので発表を聴いてきた。この大学は蛋白質科学や生物物理をやっている人が極端に少ないので久しぶりの楽しい会だった。また、研究所のトンチンカンな質問をする人たちがいないのも心地良かった。1人1質問の強制は頭を使わない学生が場を混乱させる。

https://www.jsap.or.jp/kisokoza/kisokoza-025
やる気が出ない時なんかに色々気軽に読めて楽しいです

口の中に粘液嚢胞ができてしまい、中々に厄介。よく口内炎ができる部位なので、犬歯が当たりやすいことが原因なのかな。一度レーザーで焼いてもらったものの出力が足りずに治らなかった。来週あたりに大学病院に行きたい。あと、ガスレーザーについてもちょっと勉強してみたい。

負染色でもクライオと言ってしまう人がいると言う話を聞いて、確かにそういう人を自分もよく見かけるなと思った。しかしまあそれだけインパクトが強いということかな。

論文メモ3

NOE data demonstrating a compact unfolded state for an SH3 domain under non-denaturing conditions

論文メモ2

A folding-after-binding mechanism describes the recognition between the transactivation domain of c-Myb and the KIX domain of the CREB-binding protein

個人的なメモだったりするのでとりあえず有料設定です😴

論文メモ1

Conserved Helix-Flanking Prolines Modulate Intrinsically Disordered Protein:Target Affinity by Altering the Lifetime of the Bound Complex