pymol 個人用メモ

cartoon表示で任意の場所だけにストランド(rectangle)とかヘリックス(oval)を表示したい時どうしたらいいんだっけな…という時のメモ。

cartoon tube
#これだと全部がtubeになる。デフォルトの太さは京都の某うどん店の一本うどんみたいに極太。

cartoon tube, (resi 5:23)
#残基番号を指定して一本うどんを出す

set cartoon_tube_radius, 0.15
#一本うどんの太さを変更

catoon automatic, (resi 5:23)
#残基番号を指定してcartoonをデフォルトの状態に戻す

cartoonの表示方法の形式は以下のものがあるらしい(pymol wiki(https://pymolwiki.org/index.php/Cartoon)よりコピペ)

• skip (-1)

• automatic (0) (use ss property)

• loop (1)

• rectangle (2)

• oval (3)

• tube (4)

• arrow (5)

• dumbbell (6) (see also cartoon_fancy_helices)

• putty (7) (b-factor scaling)

• dash (8) (new in PyMOL 1.8.2)

なんだか色々あってよくわかりません。

さっきのコマンド入力のところに上の形式を指定して色々やっていけばループ・ストランド・ヘリックスを任意の場所に表示できるのかな。

ところでtubeとloopの違いって何なんでしょう？デフォルトのradiusが違うだけ？