de novo assembly解析に関するよくある質問

こんにちは、バイオインフォマティシャンの竹本です。

プラチナバイオ株式会社では、バイオインフォマティクスを利用した標的遺伝子の特定、ゲノム編集、ゲノム編集後の解析までを一気通貫で行い、顧客の目的の表現型を構築する研究開発を進めています。

以前の記事では、de novo assembly解析がどのような解析手法であるか、そして研究や事業にどのように活用されるのか、についてご紹介しました。

今回は、実際にお問い合わせをいただいた方から弊社に寄せられるよくある質問にお答えしていきます。

よくある質問（FAQ）

Q1: de novo assembly解析にはどのくらいの時間がかかりますか？
A1: サンプルの複雑さやゲノムサイズにもよりますが、通常1ヶ月程度です。

Q2: コストはどのくらいですか？
A2: ゲノムサイズや必要な精度によって大きく異なります。具体的な見積もりについては、弊社問い合わせ窓口(info@pt-bio.com)までお問い合わせください。

Q3: どのくらいの量のDNAサンプルが必要ですか？
A3: 一般的に、数マイクログラムのDNAがあれば十分です。ただし、生物種によって最適な量が異なる場合があります。

Q4: どんな生物種でもde novo assembly解析はできますか？
A4: 一般的に、繰り返し配列の多い生物のゲノム、多倍体生物のゲノム構築は難しいとされています。しかし、技術の進歩によりこれらの課題は解決されつつあります。

Q5: de novo assembly解析を実施後、実際に特定の形質をもつ作物が得られるまでの期間はどのくらいですか？
A5: プロジェクト期間は、作物のライフサイクルや生育スピードに大きく依存します。例えば、ライフサイクルが1年の作物であればDNAマーカーの選定に3〜5年、その後目的の形質をもつ作物の安定供給までにプラス数年必要と考えられます。ただし、全て順調に進んだ場合の見積もりとなります。

その他の疑問点についても、一つ一つ丁寧にお答えいたしますので、ご興味をお持ちの方は、お気軽に弊社問い合わせ窓口(info@pt-bio.com)までご連絡ください。

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記事作成者：竹本 美沙子 / Misako TAKEMOTO, Ph.D.
2022年入社。博士（生命科学）。
大学の技術職員としてバイオインフォマティシャンのキャリアをスタート。
現在はプラチナバイオ株式会社研究開発部 バイオインフォマティシャンとして、植物・動物問わず、さまざまな生物のゲノム解析を担当。
どんな人にもわかりやすくをモットーに、ゲノム解析のあれこれについて発信していきます。