プラチナバイオ株式会社

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プラチナバイオ株式会社（ https://www.pt-bio.com ）のアカウントです。 ゲノム編集に役立つ情報解析記事を発信しています。 情報解析についての無料相談にも応じていますので、気になる方は弊社窓口(info@pt-bio.com)まで気軽にご連絡ください。

de novo assembly解析に関するよくある質問

こんにちは、バイオインフォマティシャンの竹本です。 プラチナバイオ株式会社では、バイオインフォマティクスを利用した標的遺伝子の特定、ゲノム編集、ゲノム編集後の解析までを一気通貫で行い、顧客の目的の表現型を構築する研究開発を進めています。 以前の記事では、de novo assembly解析がどのような解析手法であるか、そして研究や事業にどのように活用されるのか、についてご紹介しました。 今回は、実際にお問い合わせをいただいた方から弊社に寄せられるよくある質問にお答えして

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    • PtWAVE 利用マニュアル

      Version: 1.1 PtWAVEとは?PtWAVEは、サンガーシーケンスデータ(.ab1ファイル)から、ゲノム編集効率、インデル(欠失・挿入)分布、およびそれらのアラインメントを推定するTIDE(Tracking of Indels by Decomposition)解析ツールです。従来ツールよりも50 bp以上の大きな欠失の検出に強いことが確認されており[1]、より信頼性の高いゲノム編集効率推定値が期待できます。 PtWAVEはウェブツールと

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      • 新規ゲノム情報を取得する de novo assemblyとはどんな解析？

        こんにちは、バイオインフォマティシャンの竹本です。 プラチナバイオ株式会社では、バイオインフォマティクスを利用した標的遺伝子の特定、ゲノム編集、ゲノム編集後の解析までを一気通貫で行い、顧客の目的の表現型を構築する研究開発を進めています。 近年、ゲノム解析技術の進歩により、これまで解析が困難だった生物種のゲノム情報を取得できるようになりました。この技術革新は、農業から医療まで幅広い分野に変革をもたらしています。最近、弊社でもこれまでにゲノム解析をしたことのない生物の育種、特

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        • ゲノム編集ソフトウェア情報メモ（No.1-5）

          こんにちは、株式会社プラチナバイオの主任研究員の中前です。 弊社は、バイオインフォマティクスを利用した標的遺伝子の特定からゲノム編集、ゲノム編集後の解析までを一気通貫で行い、顧客の目的の表現型を構築する研究開発を進めています。 取組の中でバイオインフォマティクスツールに関する問い合わせも最近増えてますので、本記事では、国内外のバイオインフォマティクスツールについて簡単に情報発信していこうと思います。 【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.1 【ゲノム編集ソフトウェア情

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        de novo assembly解析に関するよくある質問

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          ゲノム編集関連のソフトウェアまとめ

          作成者：中前和恭 主任研究員 はじめにゲノム編集周辺のバイオインフォマティクス 、特にソフトウェアについての情報をまとめています。 （収録ソフトウェア総数165件） ※探しにくいという方はページ右手にある目次リンクを活用ください。 リンク切れなどがあったらコメントで報告いただけると大変助かります！ 配列デザインCRISPRによるノックアウト・ノックイン設計・活性予測 概要： CRISPRのガイド設計では、ターゲットとした配列領域と結合するガイドRNA配列を決定する必

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          ゲノム編集関連のソフトウェアまとめ

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