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SRAToolkitで公共データベースの海に潜る
背景金をかけずに研究するため公共データベースから塩基配列データを取得して再解析したい.そのためにはSRA-Toolsの環境構築が必要である.
いろいろ調べたが案の定,環境構築が面倒なのでDockerで環境構築しよう.
方法まず、Ubuntuなどを開いて以下をコマンドしよう.
docker run -it --rm -v /mnt/c/Users/hoge/Desktop:/Desktop n
海外ポスドク備忘録(カナダ)~Open Work Permit申請~
カナダでポスドクをする上で必要なOpen Work Permitの申請について書き連ねる.カナダでポスドクする人が少なく,情報を集めるのが難しいため、誰かの役に立てれば嬉しい.
Open Work PermitとはOpen Work Permitとはカナダで就労ビザを取得する上で必要な書類である.入国時,ImmigrationにOpen Work Permitを提出し,就労ビザを取得する.就労ビ
Pythonではじめるバイオインフォマティクス ~環境構築~
背景
仕事でPythonを使う機会が増えた.以下の書籍を勉強して実力と給料を上げたい.
Python3.8.6もしくは3.9.1で動作確認済みらしい.手持ちのWindowsのWSL2上でconda createしたがなぜかKilledされたりgit cloneできなかったりで、いろいろめんどくさくなった.なのでDockerで環境構築してみる.
方法
WSL2を開いて以下を実行する.WSL2