【漫画原作アイデア】『終極のメシア』シナリオ・設定まとめ（修正版）

1タイトル
『終極のメシア』

2ジャンル
歴史ファンタジー

3ターゲット読者層
10〜20代男女

4企画コンセプト
この物語は、人類の真の歴史を描く三部作のうちの第一章です。三部作とは、第一章「終極のメシア」(過去の物語)、第二章「UNIVERSE-ユニバース-」（現在の物語）、第三章「新世界より」（未来の物語）から構成されています。私は人類の真の歴史を読者に伝えたいというような大それた考えは持っていません。ですが、ただの娯楽作品としてこの作品に触れることで、この宇宙は私たち人類の知らない世界や見たことない生命体で溢れていることを理解してほしいです。この作品が、今後訪れるであろう新たな時代を代表する物語になれば、私はとても幸いです。

5あらすじ
物語の舞台は、超古代文明が存在した今から1万年前の地球。世界は人類の創造主である宇宙存在・アヌンナキ族によって支配されていた。アヌンナキの王子であるエンリルは、堕落した人類を嘆き、人類を滅ぼすための「大洪水計画」を企てる。探検家に憧れる主人公の少年シャインは、ある事件をきっかけに、三人の賢者と出会う。彼らの目的は、エンリルの「大洪水計画」の阻止だった。偉大な探検家になるという夢を叶えるため、シャインは三人の賢者たちと共に、人類を救うための危険な旅に出ることを誓う。これは人類存亡の危機を救うための、少年と三人の賢者による、偉大な冒険の物語だ。この冒険が、後に世界の歴史を変えることになるのを、彼らはまだ知らなかった。

6登場人物
主要人物
■主人公　シャイン・エナメル
人間とレプティリアンのハーフ。夢は父親を超える偉大な探検家になること。動物や植物、岩や水などの自然物の意思を感じ取ることができる。しかし、能力主義社会の世の中ではあまり役に立っていない。普段は父親の遺した遺産で何とか食い繋いでいるほど逼迫した生活をしている。何でも信じてしまい、騙されやすいという短所を持つ。嘘をつくのも下手。

■ヒロイン　エミリー・セイル
エンリルが統治する王国レムリアの王女。シャインの暮らす辺境の国オデッサに流れ着く。王室出身であるにも関わらず、相手を決して差別せず、貧困層に対しても親切に接する優しい性格を持っている。虫と蛇が大嫌いという欠点がある。

■サン・エナメル
シャインの父親。伝説の探検家。シャインが赤ん坊だった頃に家を飛び出し、宇宙へ探検に出る。しかし銀河を横断中、謎の通信障害に遭い消息不明になる。

■アリス・エナメル
シャインの母親。レプティリアンの女性。元々病弱であり、息子シャインの看病を受けている。少し過保護。

■トゥグリル4世
辺境国オデッサの国王。サン・エナメルとは旧い友人同士であり、シャインのことも幼少期から知っている。少しひねくれた性格をしている。魔法や呪いといった類のものを決して信じない現実主義者。

三大賢者
■ジング・ロストゲート
革命勢力「ガイア」の中でもトップ3の実力を持つ三人の賢者の一人。風使い。
普段は真面目な性格。たまに優しい。時々自分の意見を相手に押し付けてしまうという短所を持つ。自分の本音を隠すこともしばしば。

■カイン・シーカー
三人の賢者の一人。炎使い。おちゃらけた性格を持つお調子者。だが実力は本物。ジングから信頼されている相棒的存在だが、たまに本音を隠すジングに頭を抱えることがある。

■アチュラ・ヴァレンティン
三人の賢者の一人。水使い。普段はほとんど無口。膨大な知識を持っている。
眼鏡がないと何も見えない。眼鏡を壊されたらブチ切れて大暴れするという欠点も持つ。他の二人とは違い武器は銃。

アヌンナキ族
■アヌ
アヌンナキ族の王。老年が理由で戦場からは引退。星間連合のプロジェクトリーダーの一人として権力を振るっている。また、影の政府のトップとしてヌーナを影から操っている。

■エンリル
アヌの息子で、アヌンナキ族の王子。頭に牛の角がついた冠をしている。東の大国レムリアの統治者でもある。筋肉隆々の体を持ち、肉弾戦を得意とする。人類を滅ぼすための大洪水計画を画策する。

■エンキ
アヌの息子で、エンリルの異母兄弟。上半身が人間で下半身が蛇の姿をしている。西の大国アトランティスの統治者。エンリルの大洪水計画には反対の立場を示し、人類を生かす方法を模索する。

星間連合
■セザンテス
星間連合の高官を務めるポジティブ存在。ドラゴンゲートの長官でもある。

世界連合ヌーナ
■バシアゴ・デ・ジハード
ヌーナの総監。革命組織ガイアを離脱した三大賢者を追っている。

アシュラ軍
■ヴァルキアス・アシュラ
星間連合と争いを続けるネガティブ存在。目的は地球の支配。冷酷な性格で、いくつもの星や銀河を植民地化している。常に鉄仮面で素顔を隠しており、その正体は不明。

7世界観・設定
■オデッサ
主人公シャインが暮らしている王国。世界の辺境に位置する小国であり、大国アトランティスやレムリアに比べると非常にか弱い国という位置付け。

■ポジティブ存在とネガティブ存在
宇宙には2種類の知的生命体が存在する。平和を好むポジティブ存在と、戦争を好むネガティブ存在だ。アヌンナキ族をはじめとする星間連合のメンバーはほとんどがポジティブ存在(一部ネガティブ存在のメンバーもいる)。

■星間連合
アシュラ軍などのネガティブ存在から天の川銀河の平和を守っている宇宙存在による巨大組織。目的は宇宙全体の平和の維持。

■アヌンナキ族
かつて遺伝子操作技術で人類を創造したポジティブ存在。星間連合のメンバー。発展途上の文明への介入は「宇宙条約」により禁止されていたため、星間連合に罰せられたアヌンナキ族は、その後人類が暴走しないように監視、管理する役目を任せられた。

■ヌーナ
星間連合の下部組織であり、地球を統治している世界連合。ヌーナ所属の政治家は、人類の中から選ばれる。本部はレムリア上空のホアドという天宮城にある。

■ドラゴンゲート
ヌーナ直属の軍隊。地球の治安を守っている。

■影の政府
世界連合ヌーナを裏から操っている秘密組織。軍需産業や医療利権、金融利権などの既得権益を牛耳る一部のエリートの集合体を指す。その存在は人類に知られないように隠されている。メンバーはアヌンナキ族とその配下のレプティリアンたちで構成されている。エンリルとエンキの実父アヌが組織のトップに立つ。

■能力主義社会
地球上の市民の生活は物々交換ならぬ「能力交換」が基本の生活スタイルになっている。何かが必要な時は、自分の得意な能力を相手に提供することで、その対価として望むものを手に入れている。これを「能力主義社会」と呼ぶ。

■シグネチャーカウント
相手の周波数を数値化できる機械。一部の富裕層やヌーナ所属の政治家、そしてドラゴンゲートの高官が所持している。

■周波数（または波動）
数値が高ければ高いほど高次元に近い存在となる。相手と10万回/秒以上の差があると、相手を視覚に捉えることすら難しくなる。

■フロー状態
誰もが持っている人間の潜在能力を極限まで引き出している状態。この状態の時は時間の流れを忘れ、身体能力や思考力において普段の倍の力を使うことができる。

■アトランティス、レムリア、シャンバラ
地球上で最も繁栄している三つの文明。アトランティスはエンキが統治し、レムリアはエンリルが統治している。大陸の中心に位置する国シャンバラは、大量破壊兵器の開発を行っており、ヌーナによって「ならず者国家」に認定されている。

■ガイア
革命勢力と呼ばれる謎の集団。影の政府とヌーナの支配から人類を解放することを目的としており、ヌーナからテロ組織に指定されている。

■ロスト・リリジョン
目的はガイアと同じだが、やり方が非常に過激。ガイアと違い、革命のためなら民間人への被害も致し方ないという思想を持っている危険な組織。

■スターゲイト
長距離間を一瞬で移動できるテクノロジー。利用者の安全を守るため、スターゲイトで行ける場所は、スターゲイトを管理している各国によって設定が異なっている。

8脚本
第一話
・物語の舞台は1万年以上前の地球・辺境の国オデッサで暮らす主人公シャイン・彼の父親は偉大な探検家だった・しかし、シャインが赤ん坊だった頃に、父親サンエナメルは銀河横断の旅に出た後、謎の通信障害に遭い消息不明となった・シャインの夢は父親を超える偉大な探検家になり、世界中を旅することだった・しかし、動物や植物と会話するという何の役にも立たない能力しか持っていないシャインは、周りの人間から疎まれ、病気の母親を看病しながら、父親が残した遺産で何とか食い繋いでいた・ある日、地球の集合無意識から謎のメッセージと大洪水のビジョンを受け取ったシャイン・父親サンと旧知の仲だったオデッサ国王トゥグリル4世にメッセージとビジョンの内容を伝えたが、相手にされなかった・しかしその直後に、謎の宇宙船が王宮に隣接する時計塔に激突するという事件が起きた・翌日ドラゴンゲートの高官セザンテスが調査にやってきた・街の市民は、シャインの波動が低いせいでこんな事件を引き寄せたと考え、シャインを非難した・そこに謎の三人組がやってきてシグネチャーカウントをシャインに向けた・その機械によると、シャインの波動を示す数値は非常に高いことが分かった・翌日、海を眺めていたシャインは、浜辺に流れ着いた木箱を開けた・中には同年代くらいの謎の少女が入っていた・彼女の名前はエミリーセイル・レムリアの王女だった・彼女の話によると、過激派組織ロストリリジョンは、人類を創造した宇宙存在アヌンナキ族の王子エンリルが、堕落した人類を滅ぼすための大洪水計画を企てているという情報を掴み、世界連合ヌーナにその計画の中止を要求した・しかしヌーナからの返事がないため、世界各地でテロを起こしたという・先日の宇宙船衝突事件は、ロストリリジョンの仕業だった・エミリーの故郷レムリアでは、エンリル派の軍がクーデターを起こし国王と王妃を拘束した・エミリーの両親である国王と王妃は、捕まる寸前に娘エミリーを木箱に入れて海に流した・そして大陸の中心では、エンリル軍とエンキ軍、そしてエンキ側についている巨人エグリゴリとネフィリムによる小競り合いが起きていた・生き延びたエミリーはエンリルの計画を阻止するため、三大賢者を探していた・三大賢者は、ロストリリジョンとは対照的な穏健派の革命組織ガイアの元メンバーだった・昨日の謎の三人組が三大賢者だと気づいたシャインは、エミリーを王宮まで案内することに・しかしその間に、エミリーを追ってきたエンリル派のレムリア軍がオデッサに上陸し、シャインの自宅を襲っていた・母親の危機を知ったシャインは、エミリーと共に家に引き返した・エミリーを引き渡せば母親の命は救うと兵士に言われたシャインは判断に迷う・すると兵士の手によって母親アリスの首が切り落とされてしまう・目の前で母を殺されたシャインは、自我を失い、第三の目が覚醒し、暴走状態になる・暴走したシャインは、レムリア軍の兵士を襲い、その血肉を喰らい始めた・そこに例の三大賢者がやってきて、残りの兵士は退散を余儀なくされる・シャインは意識を失い倒れた・それからしばらくして、三大賢者とエミリーは、目が覚めたシャインと共にトゥグリル4世のもとを訪ねた・三大賢者の目的は、エンリルの大洪水計画を阻止すること・三大賢者の一人ジングは、トゥグリル4世に大陸に繋がっているスターゲイトを使用する許可をもらった・両親を失ったシャインは選択を迫られていた・三大賢者と共に旅に出るか、島に残るか・母親の魂に心配をかけないため、そして父親を超える偉大な探検家になるという夢を叶えるため、シャインは彼らと共に旅に出ると決めた・最初の目的地は、大陸の入り口に位置する国ポートリア・シャインとエミリーは三人の賢者と共に、ヌーナの本部である天宮城ホアドがあるレムリアを目指すため、スターゲイトをくぐった・その頃、東の大国レムリアでは、アヌンナキ族の王子エンリルが、実父であり王であるアヌから大洪水計画実行の勅許を受け取っていた

第二話
・スターゲイトは安全上の理由で行き先が限られていた・スターゲイトをくぐり荒野に出たシャインたちは、そこから歩いてポートリアを目指すことにした・お互いに出会ったばかりの一行の間に気まずい空気が流れ続ける・エミリーは意を決してシャインに覚醒時のことを質問した・しかし、シャインには覚醒時の記憶が残っていなかった・二人の会話を聞いていたジングは、シャインに秘められている謎の力について、サンエナメルから聞いていることをシャインに伝えるが、それ以上のことは教えてはくれなかった・その後ポートリアへ向かう道中で、エミリーが突然現れたヴァンパイアの一団に拐われてしまう・シャインは今すぐエミリーを助けに行こうとするが、ヴァンパイアの行き先について手掛かりがゼロだったため、三大賢者らはエミリーの救出をあきらめていた・そんな賢者たちに失望し、夜の闇に一人で駆け出すシャイン・その頃ヴァンパイアの巣では、エミリーが檻の中に囚われていた・ヴァンパイアたちは若い人間の血肉が久しぶりに手に入ったことに大喜びし、宴会を開いていた・エミリーは何とか自力で逃げようとするが、上手くはいかなかった・その時、ヴァンパイアの巣に三大賢者が乗り込んできた・ヴァンパイアたちは集団で三人に襲いかかるが、ジングらは圧倒的な戦力差をヴァンパイアたちに見せつける・三人の戦闘力の前になす術なく全滅するヴァンパイアたち・解放されたエミリーは、そこにシャインが来ていることが意外で驚いた・三大賢者の話によれば、夜の闇に駆け出したシャインは、木や石、大地などの自然物から情報を聞き取り、エミリーが連れて行かれた場所を探知したのだった・三大賢者は、シャインの自然と会話できるという力のおかげでエミリーの居場所を掴めたという・シャインたちにお礼を言うエミリー・するとエミリーは感極まって涙を流し、シャインの母親を巻き込んでしまったことを改めてシャインに謝罪した・「そんなこと気にしていないよ。ジングさんが言った通り、それが母さんの運命だったんだ」とシャインは笑顔で言った・気を取り直した一行は再びポートリアを目指すが、疲労が限界を迎えたシャインはばたりと倒れてしまう

第三話
・シャインを休息させるため、ポートリアの入り口に位置する小さな村を訪れた一行・しかしその村は極度の貧困に苦しめられていた・村の少年タケトと彼の祖父であるシンゾウの家に泊めてもらうことにした一行は、村が貧しい理由をシンゾウから聞く・その村が貧しい理由は、隣の大都市ポートリアにあった・ポートリアの資本家たちが毎月一回村に取り立てに来て村の全財産を没収していくという・取り立ての目的は、大陸の中心で起きているエンリル派とエンキ派の争いから街を守るための軍事費を稼ぎ、ポートリア周辺の村や集落を緩衝地帯にすることだった・三大賢者たちが村を訪れたその日、資本家バラダイが部下を率いて取り立てにやってきた・バラダイたちの横暴に怒りを覚えるエミリー・エミリーは自分の身を盾にして村人たちを守ろうとする・そこに駆けつけるタケト・タケトの両親は、数年前にバラダイたちによって見せしめのために殺害されていた・タケトは敵討ちのために武器を持ったバラダイの部下に立ち向かうが、小さな子供が武装した大人に敵うはずもなく、一瞬で捕まってしまう・怒りを爆発させた三大賢者たちは一瞬でバラダイの部下を制圧し、タケトを救出する・バラダイに剣を突きつけたジングは彼を脅した・「俺たちの旅の目的は、お前らみたいな腐り切った人間のクズどもを権力の座から引きづり下ろすことだ。命が欲しければもう二度とこの村には関わるな！分かったか！！？」・バラダイたちを追い払った三大賢者は村人たちから感謝される・その頃、シンゾウの家で休んでいたシャインが目を覚ます・シャインはシンゾウから衝撃の事実を聞かされる・シャインの父親サンエナメルと知り合いだったシンゾウは、サンが宇宙で失踪した後に彼から謎のメッサージを受け取ったと言う・そのメッセージはサンエナメルの生存をほのめかす内容だった・それを聞いたシャインは、父親サンが宇宙のどこかで生存しているわずかな可能性に胸を躍らせた・数日後、三大賢者一行は、村人たちから見送られながら、ついに大陸の入り口に位置する国ポートリアに入国するのだった・その頃、ポートリア国内の富裕層エリアに帰還したバラダイは、三大賢者を懲らしめるため、ある人物に連絡をした

9ラストまでの展開
①ポートリア編
ポートリアでは、街が富裕層エリアと富裕層エリアに区分された超格差社会が形成されていた。富裕層エリアに住む人間は豊かな資源や食糧、医療技術を独占し、貧困層エリアの住民は飢餓と疫病に苦しみながら生きていた。ポートリア政府と手を組んでいるバラダイをはじめとする富裕層の資本家たちは、周辺の村々から取り立てた資金を使って、ポートリア国内に戒厳令を発布する計画を立てていた。貧困層エリアにやって来たシャインたちは、ポートリア政府による戒厳令の発動を阻止しようとしている反乱軍に出会う。反乱軍に手を貸して共にポートリア政府と戦うことになった三大賢者だが、資本家バラダイは三大賢者のカインを資本家側に寝返るように誘惑する。バラダイに大金を見せつけられたカインは、故郷にいる病気の妹を助けられると気持ちが揺らぐ。しかし、権力者に虐げられてきた人々を助けるため、カインは戦うことを決意する。反乱軍と政府軍の激しい戦闘が始まった頃、三大賢者たちはバラダイがレムリア軍から呼び寄せた最強の兵士ラマヌジャンと対峙していた。戦いの結果、反乱軍が勝利し、ジングたちもラマヌジャンを倒すことに成功する。ポートリアでの大規模な戦闘を知ったヌーナは、急いでドラゴンゲートを現地に派遣した。それを知った三大賢者一行は直ちに街を出て先に進むことにした。ヌーナ総監バシアゴデジハードは三大賢者と一刻も早く接触するため、手配書の金額を上げて全世界に三人を探すように通達した。

間章1
その頃レムリアでは、アキヒト王とハルナ王妃が娘エミリーの行方を探していた。しかしアヌンナキの王子エンリルからの圧力により、捜索隊を派遣することができずにいた。エンリルは人類を滅ぼすための「大洪水計画」を実行に移す準備を着々と進めていた。その頃大陸の中心では、エンリル軍とエンキ軍による小競り合いが起きていた。

②シャンバラ編
森の中で道に迷っていたシャインたちは、軍事国家シャンバラの皇太子妃メイ・アクリアムを盗賊から救ったことがきっかけで、一行はシャンバラの王宮アガルタ城に招待されることとなった。そこで父親サンと軍事国家の繋がりについて知ったシャインの中では、サンに対する尊敬の気持ちが揺らぎ始めていた。その頃シャンバラ国内に、レムリア軍の将軍であるレプティリアンのザガラが部下を率いて入国してきた。彼らの目的はエミリーの拿捕と、エンキ軍に武器を支援しているシャンバラ政府を味方につけることだった。急いでエミリーの元に向かうシャインと三大賢者だったが、道中でアチュラが謎の洞窟に迷い込んでしまう。同じ頃、レムリア軍の襲来に気付き王宮から逃げようとするエミリーも、王宮内の謎の地下礼拝堂に迷い込み姿を消す。その後エミリーを探すシャインたちは、シャンバラ国王カルロス5世から、シャンバラ政府が隠している地底都市の存在について聞かされる。シャンバラ政府の下で働くノルディックという宇宙種族に案内され、地底都市にやって来たシャインたちは、そこで驚くべき世界を目の当たりにする。しかし、同じく地底都市に迷い込んでいたエミリーは、シャインたちとはすれ違いで、ザガラの手下に連れ去られてしまう。エミリーの拿捕に成功したザガラはシャンバラ政府に「エンキ軍への武器支援を中止し、今すぐエンリル軍に忠誠を誓え。断れば1週間後にシャンバラを総攻撃する」と要求した。カルロス5世はその要求を断り、ザガラ軍によるシャンバラ総攻撃へのカウントダウンが始まった。レプティリアンは人間の10倍以上の力を持っている。今の実力ではレプティリアンであるザガラに敵わないと考えたジングとカインは、地底都市の長老ダルマ大師と共に修行を開始する。2人が修行をしている間、シャインはダルマ大師にフロー状態を制御する方法を学んだ。一方別の地底都市に迷い込んでいたアチュラは、古代兵器「ヴィマーナ」を制御するために、自分の中のトラウマと向き合い、低い周波数状態を底上げしようと奮闘する。そしてついにザガラ軍による総攻撃の時がやって来た。ザガラはシャンバラ周辺のレムリア軍基地に出動要請をかけ、シャンバラを総攻撃にかける。シャインはシャンバラ国民の意識に語りかけ、危険を伝えて国民の避難を誘導する。ジングとカインはザガラとの対決に挑む。しかし、修行によって実力を上げたジングたちでも、レプティリアンであるザガラには敵わなかった。そこでジングは、奥の手であったフロー状態を発動する。潜在能力を覚醒させたジングは、死闘の末、何とかザガラを倒す。だがそれでもなお、レムリア軍による攻撃は止まなかった。そこに修行を終えたアチュラが駆けつける。完全に自分の周波数をコントロールすることができるようになったアチュラは、古代兵器「ヴィマーナ」を操ってレムリア軍に反撃する。ヴィマーナの圧倒的な火力に恐れおののいたレムリア軍は、シャンバラから撤退していき、囚われていたエミリーの救出にも成功する。その後シャンバラ軍はザガラを地下牢に閉じ込め、シャインとエミリー、三大賢者はアガルタ城での宴に招待される。エミリーはザガラからレムリアにいる両親の安否や、大陸でのエンリル派とエンキ派の戦いの詳細を聞き出した。カルロス5世はシャインに父親サンについての情報を教えた。国王によると、サンエナメルは西の大国アトランティスにあるハイコヌール宇宙基地から銀河横断の旅に出発したという。翌日、シャインたちは国王たちと別れ、アトランティスを目指して再び歩き出した。

間章2
大陸各地では、エンキの配下エグリゴリと人間の間に生まれたネフィリムがエンリル軍の要である四大天使と戦っていた。大洪水計画に反対していたエンキは、何とかして人間の有力者に計画のことを知らせようとしていた。しかしヌーナは完全にエンリル派に牛耳られていた。エンキは、計画について教えても決して口外せず、人々をパニックに陥れないで人類が生き残る方法を模索できる信頼に足る人間を見つけるように部下に命じる。その頃レムリアでは、エンリル軍に対するデモが頻発していた。エンリルは、これ以上国民が自分に刃向かわないように「デモ禁止法案」を可決させた。それにより、デモを起こした者だけでなくデモを計画した者やエンリルへの批判を口にした者、外国勢力と結託した者が厳しく処罰された。さらにエンリルは、世界連合ヌーナを完全に自分の支配下に置くこと、そしてレムリア軍に刃向かった軍事国家シャンバラへの制裁を計画した。そしてついに大洪水計画実行の時が迫っていた。

③アトランティス編
西の大国アトランティスにやって来たシャインたち。アトランティスは世界で最も科学力が発達した国であり、国内には宇宙船やテレポーテーション装置などの最新テクノロジーの他、妖精や小人、巨人、宇宙存在など、人間以外の様々な種族が人類と共存していた。三大賢者はレムリアに繋がるスターゲイトの使用許可をもらうため、エンキのもとを訪ねようとするが、その頃エンキは、アシュラ軍の地球植民地化計画に対処するため、星間連合の軍隊船に向かっていて不在だった。ジングはエンキが戻ってくるまでの間、街でしばらく休息を取ろうと提案する。それからシャインたちは、買い物や観光など各々のやり方で旅の疲れを取るため、別行動をとることにした。シャインは父親サンが働いていたハイコヌール宇宙基地を訪れ、サンの元同僚たちから話を聞いた。一方ショッピングを楽しんでいたエミリーは、謎の集団に拉致され地下施設に囚われてしまう。一緒の檻に捕まっていたシャードという青年と協力して脱走を図ったエミリーは、地下施設の奥で恐るべき光景を目にする。それは大国アトランティスが抱える最大のタブーだった。その頃、エンリルの子どもであるシャマシュとイナンナが1万人のレプティリアン兵士を率いてアトランティスへの侵攻を企てていた。彼らの目的は、エンキ不在の間にアトランティスを潰し、エンキ軍との戦いを有利に進めることだった。エミリーと連絡がつかないことに不穏な予感を感じたシャインたちは、エミリーを探してアトランティス中を奔走する。しかしそうこうしている間に、シャマシュとイナンナは軍を率いてアトランティス侵攻を開始する。三大賢者は敵の大軍に立ち向かうが、かつてない規模のレプティリアン軍に苦戦する三人。さらに軍を率いているシャマシュは、ジングにとってかつての恋人が殺されるきっかけを作った因縁の相手だった。カインやアチュラが倒される中、ジングは一人でシャマシュとイナンナに立ち向かう。しかしフロー状態を発動したジングでも、この二人の実力には敵わなかった。さらに、レプティリアン軍が内陸まで侵攻することを懸念したアトランティス政府は、アトランティス軍に核兵器の使用を許可する。核爆弾投下までのカウントダウンが始まる中、シャインはアトランティスに住む妖精や小人たちから核の危機について知らされる。国中が混沌と化すなか、シャインはスターゲイトを使ってアトランティス行政府内部に潜入し、核の使用を阻止しようと試みる。その時、星間連合の軍隊船からエンキが帰還する。エンキは圧倒的な力でレプティリアン軍を威圧する。シャマシュとイナンナは部下たちを率いてアトランティスから撤退した。ようやく戦いが終わったのも束の間、アシュラ軍のスパイだったシャードは、エミリーを騙してレムリア上空に張られていたエネルギーシールドを解除するためのコードを盗み出す。その後シャインたちは、エンキに案内され、大洪水計画阻止の要を握るある人物に会うため、東の果ての島国に向かった。

間章3
エンキと共に東の果てにある島国アシアにやって来たシャインたち。彼らはそこで、巨大な方舟を建造しているウトナピシュティムに出会う。エンキはこの方舟に地球上の全生物のDNAサンプルを乗せて、大洪水によって世界が滅んだ後も地球の生命を存続させようとしていた。その時、ヌーナ直属の諜報機関「スネイク」が三大賢者を追い詰める。スネイクに導かれ、アシア上空に滞空していた星間連合の軍隊船「ワードシオール」にテレポートするシャインたち。そこにはアヌンナキ族の王であるアヌの他に、ヌーナの総監バシアゴや軍の高官たちがいた。バシアゴの本当の目的は、テロ組織ガイアの元メンバーである三大賢者を捕えて処罰することではなく、協力してエンリルの大洪水計画を阻止することだった。アトランティスでの大規模な戦闘の後、アヌは人類との核戦争を恐れて、息子エンリルに計画の中止を迫ったが、エンリルはアヌの静止を振り切り、本気で人類を滅ぼそうとしていた。息子の中の狂気を垣間見たアヌは、シャインたちに「息子を止めてくれ」と依頼する。その時、アヌの正妻であるキは、シャインが持つ異常に高い周波数に注目し、高次元世界に行って神に地球を救うように頼んでみることをシャインに提案する。シャインはエミリーと共に、高次元世界に向かうことを決める。こうして人類を滅亡から救うための、種族や組織を超えた異例の同盟が組まれることになった。その頃宇宙では、バルキアス・アシュラ率いるアシュラ軍が、地球に侵攻しようと企てていた。一方エンリルは、大洪水計画をついに発動させようとしていた。ついに、人類の存亡を賭けた最後の戦いが始まろうとしていた。

④レムリア編
三大賢者やドラゴンゲート、エンキ派の軍は、エミリーの両親を救出するため、レムリア王宮に潜入する。一方キに案内されて高次元世界にやって来たシャインとエミリーは、そこでシャインの母親アリスの魂や神や天使といった、肉体を持たぬ人類よりはるかに進化した存在たちと出会う。その頃アシュラ軍は、シャードが手に入れたコードを使ってレムリア上空のエネルギーシールドを解除することに成功する。アシュラ軍が地球に侵攻する間、エンリル軍の精鋭部隊が、手薄になったアシュラ軍の巨大宇宙船に潜入し、宇宙船の重力制御装置を破壊する。それによって地球が強大な引力にさらされ、ついに大洪水が起きてしまう。その頃レムリアでは、三大賢者の前にエンリル派の強敵たちが立ちはだかっていた。大洪水を起こした張本人であるエンリルは、義兄弟であるエンキと対峙していた。さらにバルキアス・アシュラは、自身の鉄仮面を外して衝撃的な正体を明かす。敵味方入り乱れて混沌と化すレムリア。世界では、人々が天の神々に祈りを捧げていた。大洪水は地球上の全ての文明と命を飲み込んでいった。人類の文明は、シャインやエミリーなどのわずかに生き残った人々を除いて、全てが大洪水によって洗い流されてしまった。滅亡した地球を見てようやく自分の犯した過ちに気づいたエンリルは、エンキと共に、ドラコニアンという次の時代を担う新たな人類を生み出す。生き残った人類は船に乗り、世界各地に散らばった。その後シャインとエミリーは、これまでの旅の記録をまとめた一冊の本を作った。そして東の果ての島国に降り立ったドラコニアンの子孫たちによって、人類の新たな文明が幕を開けたのだった。