その通り。皇室はほとんどの日本人の先祖なのだ。

家系を作ってくれる会社のコラムがありました。
その通りなのです。
男系として続いているのではなくて、女系としてはたぶん95%くらいの日本人は、皇室の子孫なのです。

天皇家のルーツとは。日本人と天皇の歴史を探る | 家系図作成の家樹-Kaju-

さて、例によってイメージ図にしてみましょう。
こんなかんじ。

(A)はずーっと直系なので、皇室そのものです。
　出戻り縄文人でした。
(B)は天皇の息子や孫が臣下に降りた例です。これは平氏系です。源平合戦で負けてしまったので、地方に逃げて普通の庶民になりました。平家落人伝説などがあると、山の中にかくまってもらったかもですね。
(C) は同じく天皇の息子や孫の臣下に降りた例で、たとえば、清和源氏などです。だいたい平安時代後半や鎌倉時代には、武士になった人が多いです。そのまま、勢力がある一族は大名になったり、ちょっとお金がない場合は、ただの農民などになった人もいます。庶民でも、源氏姓の人がそうでしょう。
(D) これは藤原氏です。妃として皇室に入り込みました。それでできた子孫はすべてこのパターンです。さらに藤原氏は人数が多いので、京都で出世できなかった人は、地方にいきました。そしてだいたい中級貴族や武士になりました。伊藤さん、斎藤さんなど、「藤」の字が入っている一族はその可能性が高いです。他に、「藤」がついていない藤原氏もあります。
　藤原氏はハプログループOで渡来人でした。
(E)は、皇室系列なのですが、ものすごく古い時代に皇室から出てしまった人々です。たとえば、神武天皇は長男ではないんです。兄がいますので、兄の子孫がいたら、ここになります。あるいは、山幸彦の兄などは天照大神の一門ですが、隼人族の先祖といわれています。どこか九州などにとどまったのかもしれないです。
（G)は源氏一門ですが、奥さんが縄文人系で、結婚してDNAを引き継いだパターンです。実は、鎌倉時代や戦国時代に戦に負けてしまい、あわてて息子をお嫁さんの姓で名乗らせて、難を逃れたというケースがあります。これなどは、「源」姓ではないのですが、奥さんのほうの姓で後継ぎになって続いています。

(F)は、藤原氏一門に、お嫁さんを出した家系です。これも当然藤原氏の一門です。藤原氏は何百人何千人と皇室の天皇・皇子・皇孫たちと結婚していますが、女系で混じったわけです。「藤原」姓や「伊藤」姓ではないですが、DNAは受け継いでいます。

(H)は、すごい古代に皇室一門（天皇とは限らない。皇子や甥姪など）と結婚したのですが、もともと日本にいた縄文系がメインの人です。残念ながら、もう表舞台には出てきません。でもDNAはもらっています。また、正式の子供でなく、今でいう非嫡出子かもしれません。皇室の誰かと性交をして子供ができたけれど、たとえば神武天皇の東征で置き去りにされたとか、親が縄文人で「渡来人なんかと結婚するな」などといわれて、養子に出したなどです。
そういえば、たとえば奈良時代の豪族などもそうかもです。とはいえ、皇室と一緒に来た渡来人だったりするので、もともと皇室の親族といえは親族でしょう。
(I)は途中で外国人と結婚した人々です。このようにほとんどは皇室・藤原氏一門DNAなのですが、すっかり庶民になっているので、たとえば戦国時代はベトナムと貿易があったので、ベトナム人と結婚したり、明治時代に来日した欧米人と結婚したりした場合です。「蝶々夫人」などはそうですね。今でも、外国人ハーフなどはこのケースです。ただ、この人々は必ず皇室DNAを受け継いでいるので、ここまでは「皇室の子孫」です。

(J)は、最近帰化した外国人です。さすがに、ここは皇室が日本に来る前に住んでいたどこか外国の人の一族でもない限り、皇室DNA はもらっていません。帰化人の人数がどれくらいかわかりませんが、30万人とかせいぜい100万人くらいでしょうか。0.2-0.5%とかそれくらいではないでしょうか？
なお、在日韓国人の一部は、古代に任那の日本人と結婚しているので、九州に住んでいたプレ皇室のＤＮＡは受け継いでいるかもしれません。ただ、あまり古いとまだプレ皇室が日本に来ていないので、そのままの人は、皇室DNAなないでしょう。

つまり、全体でいうと、（J)だけが皇室DNAをもっていない子孫であって、残りの普通の日本人は全員が皇室が先祖なのです。

先祖にさかのぼって、100%完全な縄文人という人など、もういまどきぜんぜんいないかなと思います。
「うちの家なんてずーっと庶民だよ」という人であっても、たとえば、小さい村の庄屋さんなどは源氏の子孫だったり、藤原氏の子孫だったりします。そういう庄屋さんにしろ、何代か降りていくと、たしかに「水飲み百姓だよー」という人が出てきますが、庄屋さんは皇室DNAを持っているので、庄屋さんの娘やその娘の娘と結婚したり、愛人で子供ができていたりしたら、水のみ百姓であっても、皇室DNAをもらっているのです。
面白いですね。

この科学的なことをわかっていないで、皇室を倒そうとか言っている人は、ほんとうにやばいです。
ちょっと考えればわかることさえ、わかってないのです。
先祖に失礼すぎます。

チンギスハーンと同じくらい、すごい子孫繁栄能力ですね！！