Kohei

シングルセル解析を中心に，がんの多様性について研究しています。

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  • Koheiの一人抄読会

    興味のある論文をまとめています。主にgpt4のpaper interpreterを使用しています。

  • Koheiのバイオインフォマティクス解析ノート

    バイオインフォマティクス領域で奮闘するがん研究者が，学んだことや実践していることをお届けします。シングルセル解析や遺伝子発現解析，エピゲノム解析について少しでもお役に立てたら幸いです。平日は毎日更新を目指します！

【一人抄読会】ギラン・バレー症候群では自己反応性T細胞が末梢神経を標的とする | Nature

公開日　：2024年1月17日 研究機関：ETH Zurich 主体ラボ：D. Latorre 抄録Guillain–Barré syndrome (GBS) is a rare heterogenous disorder of the peripheral nervous system, which is usually triggered by a preceding infection, and causes a potentially life-threatenin

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    • 【一人抄読会】シナプス形成を制御するラトロフィリン-3の選択的スプライシング | Nature

      公開日　：2024年1月17日 研究機関：Stanford University 主体ラボ：Thomas C. Südhof 抄録The assembly and specification of synapses in the brain is incompletely understood1–3. Latrophilin-3 (encoded by Adgrl3, also known as Lphn3)—a postsynaptic adhesion G-protei

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      • 【一人抄読会】非正規皮質-扁桃体経路による逃避のトップダウン制御

        公開日　：2023年1月17日 研究機関：Department of Psychology, Tulane University 主体ラボ：Jonathan P Fadok 抄録Survival requires the selection of appropriate behaviour in response to threats, and dysregulated defensive reactions are associated with psychiatric

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        • 【一人抄読会】非平衡自己組織化の核生成速度論におけるパターン認識 | Nature

          公開日　：2024年1月17日 研究機関：CalTech 主体ラボ：Arvind Murugan 抄録Inspired by biology’s most sophisticated computer, the brain, neural networks constitute a profound reformulation of computational principles1–3. Analogous high-dimensional, highly interco

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        【一人抄読会】ギラン・バレー症候群では自己反応性T細胞が末梢神経を標的とする | Nature

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        • 【一人抄読会】シナプス形成を制御するラトロフィリン-3の選択的スプライシング | Nature

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        • 【一人抄読会】非正規皮質-扁桃体経路による逃避のトップダウン制御

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        • 【一人抄読会】非平衡自己組織化の核生成速度論におけるパターン認識 | Nature

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        マガジン

        • Koheiの一人抄読会
          34本
        • Koheiのバイオインフォマティクス解析ノート
          6本

        記事

          【論文紹介】細胞周期遺伝子の変化は、ヒト癌における染色体領域間の変異リスクの再配分と関連する | Nature Cancer

          公開日　：1月10日 研究機関：Barcelona Institute of Science and Technology 主体ラボ：Fran Supek 抄録Mutations in human cells exhibit increased burden in heterochromatic, late DNA replication time (RT) chromosomal domains, with variation in mutation rates betw

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          【論文紹介】細胞周期遺伝子の変化は、ヒト癌における染色体領域間の変異リスクの再配分と関連する | Nature Cancer

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          【論文紹介】バイオコードによるシングルセルデータの分離 | Nature Biotechnology

          公開日　：2024年1月15日 研究機関：ヘブライ大学 主体ラボ：Mor Nitzan 抄録Biolord is a deep generative method for disentangling single-cell multi-omic data to known and unknown attributes, including spatial, temporal and disease states, used to reveal the decoupled b

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          【論文紹介】バイオコードによるシングルセルデータの分離 | Nature Biotechnology

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          【論文紹介】上咽頭リンパ叢は脳脊髄液ドレナージのハブである | Nature

          公開日　：2024年1月10日 研究機関：KAIST（韓国） 主体ラボ：Gou Young Koh 抄録Cerebrospinal fluid (CSF) in the subarachnoid space around the brain has long been known to drain through the lymphatics to cervical lymph nodes1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,

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          【論文紹介】上咽頭リンパ叢は脳脊髄液ドレナージのハブである | Nature

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          【論文紹介】MRE11は腫瘍形成においてcGASをヌクレオソーム隔離から解放する | Nature

          https://doi.org/10.1038/s41586-023-06889-6 公開日　：2024年1月10日 研究機関：ノースカロライナ大学チャペルヒル校 主体ラボ：Gaorav P. Gupta 抄録Oncogene-induced replication stress generates endogenous DNA damage that activates cGAS–STING-mediated signalling and tumour suppress

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          【論文紹介】MRE11は腫瘍形成においてcGASをヌクレオソーム隔離から解放する | Nature

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          【論文紹介】CRISPRエフェクターCam1はファージ防御のための膜脱分極を媒介する | Nature

          公開日　：2024年1月10日 研究機関：ロックフェラー大学 主体ラボ：Luciano A. Marraffini 抄録Prokaryotic type III CRISPR–Cas systems provide immunity against viruses and plasmids using CRISPR-associated Rossman fold (CARF) protein effectors1,2,3,4,5. Recognition of transc

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          【論文紹介】CRISPRエフェクターCam1はファージ防御のための膜脱分極を媒介する | Nature

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          【論文紹介】英国バイオバンクにおけるインスリン抵抗性マーカーTG:HDL-Cの包括的遺伝子研究 | Nature Genetics

          公開日　：2024年1月10日 研究機関：ミシガン大学 主体ラボ：Elizabeth K. Speliotes 抄録Insulin resistance (IR) is a well-established risk factor for metabolic disease. The ratio of triglycerides to high-density lipoprotein cholesterol (TG:HDL-C) is a surrogate marker

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          【論文紹介】英国バイオバンクにおけるインスリン抵抗性マーカーTG:HDL-Cの包括的遺伝子研究 | Nature Genetics

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          【論文紹介】小児急性骨髄性白血病を分類する新しいゲノム解析の枠組み | Nature Genetics

          公開日　：2024年1月11日 研究機関：St Jude小児病院 主体ラボ：Jeffery M. Klco 抄録Recent studies on pediatric acute myeloid leukemia (pAML) have revealed pediatric-specific driver alterations, many of which are underrepresented in the current classification schemas

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          【論文紹介】小児急性骨髄性白血病を分類する新しいゲノム解析の枠組み | Nature Genetics

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          【論文紹介】SUV39H1アブレーションが固形がんにおけるCAR Tの長期的機能を強化する | Cancer Discovery

          doi: 10.1158/2159-8290.CD-22-1350 公開日　：2024年1月3日 研究機関：キュリー研究所 主体ラボ：Sebastian Amigorena 抄録Failure of adoptive T-cell therapies in patients with cancer is linked to limited T-cell expansion and persistence, even in memory-prone 41BB-(BBz)–b

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          【論文紹介】SUV39H1アブレーションが固形がんにおけるCAR Tの長期的機能を強化する | Cancer Discovery

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          【論文紹介】NKG2Aは免疫療法抵抗性のMHC-I異種トリプルネガティブ乳がんにおける治療上の脆弱性である | Cancer Discovery

          doi: 10.1158/2159-8290.CD-23-0519 公開日　：2024年1月9日 研究機関：Vanderbilt University 主体ラボ：Justin M. Balko 抄録Despite the success of immune checkpoint inhibition (ICI) in treating cancer, patients with triple-negative breast cancer (TNBC) often deve

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          【論文紹介】NKG2Aは免疫療法抵抗性のMHC-I異種トリプルネガティブ乳がんにおける治療上の脆弱性である | Cancer Discovery

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          【論文紹介】ESR1変異乳癌におけるESR1 F404変異とフルベストラントに対する獲得抵抗性 | Cancer Discovery

          doi: 10.1158/2159-8290.CD-22-1387 公開日　：2024年1月3日 研究機関：がん研究所（英ロンドン） 主体ラボ：Nicholas C. Turner 抄録Fulvestrant is used to treat patients with hormone receptor–positive advanced breast cancer, but acquired resistance is poorly understood. Plasma

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          【論文紹介】ESR1変異乳癌におけるESR1 F404変異とフルベストラントに対する獲得抵抗性 | Cancer Discovery

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          【論文紹介】抗体産生は、偏ったコドンの要求を満たすためにtRNAのイノシンウォブル修飾に依存している | Science

          https://www.science.org/doi/10.1126/science.adi1763 公開日　：2024年1月12日 研究機関：マサチューセッツ工科大学 主体ラボ：Facundo D. Batista 抄録Antibodies are produced at high rates to provide immunoprotection, which puts pressure on the B cell translational machinery.

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          【論文紹介】抗体産生は、偏ったコドンの要求を満たすためにtRNAのイノシンウォブル修飾に依存している | Science

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          【論文紹介】DHX9を標的とした小細胞肺がんにおける腫瘍内在性インターフェロン応答と複製ストレスの誘発 | Cancer Discovery

          https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-23-0486 公開日　：2024年1月8日 研究機関：Fox Chase Cancer Center 主体ラボ：Israel Cañadas 抄録 Activating innate immunity in cancer cells through cytoplasmic nucleic acid sensing pathways,a phenomenon known as “viral mimi

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          【論文紹介】DHX9を標的とした小細胞肺がんにおける腫瘍内在性インターフェロン応答と複製ストレスの誘発 | Cancer Discovery

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