Recent medRxiv: July 23, 2024

2024年7月23日 16:55

Exploring Temperature Effects on Large Language Models Across Various Clinical Tasks
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、患者の入院期間（Length of Stay）を予測するための大規模言語モデル（LLM）の性能を評価し、さまざまな温度設定でのモデルの出力のランダム性とオリジナリティの影響を調査することでした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
論文では、入院患者のデータセットを使用しました。具体的には、患者の入院記録や診療メモなどのテキストデータが含まれており、これらのデータを用いて患者の入院期間を予測するモデルの性能を評価しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、異なる温度設定での大規模言語モデルの性能を評価し、特にLlama-3モデルが温度1.0で最低のRMSEを示すことにより、予測性能においてわずかな優位性を持つことを明らかにしました。これにより、言語モデルを用いた入院期間の予測において、モデルの設定が結果にどのように影響するかの理解が深まりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、さまざまなモデルの温度設定をさらに詳細に分析し、特定の臨床状況や患者群に最適なモデル設定を特定する必要があります。また、モデルが生成するテキストの質と臨床的有用性を評価するためのより厳密な基準を開発することも重要です。さらに、言語モデルが臨床決定支援に与える影響を広範囲にわたって検証し、倫理的な問題やバイアスの問題にも対処する必要があります。
title:
Exploring Temperature Effects on Large Language Models Across Various Clinical Tasks
creator:
Patel, D., Timsina, P., Raut, G., Freeman, R., Levin, M., Nadkarni, G., Glicksberg, B. S., Klang, E.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310824v1

Spatially-resolved tumour infiltrating immune cells and prognosis in breast cancer
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文は、乳がん患者における腫瘍微小環境の構造が遺伝的特徴と臨床的成績にどのように関連しているかを明らかにすることを目的としています。特に、免疫応答の異なるマーカー（CD8、FOXP3、CD20、CD163）を用いた組織マイクロアレイを分析し、これらが乳がんの予後や治療反応にどのように影響を与えるかを評価しています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この論文では、乳がん手術から得られた固定化された腫瘍組織から抽出された複数の円筒形コアを含む組織マイクロアレイを使用しました。これらのマイクロアレイは、免疫応答のマーカーであるCD8、FOXP3、CD20、CD163で染色され、その後デジタルパソロジープラットフォームを用いて画像解析が行われました。総計128,308個の染色コアが分析され、これには17,265症例が含まれています。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この論文では、異なる免疫マーカーを用いた腫瘍内浸潤リンパ球（TIICs）の定量化により、乳がんの予後と治療反応における免疫細胞の役割をより詳細に理解することができました。特に、自動化された画像解析アルゴリズムを用いて、腫瘍内の免疫細胞の分布と量を正確に評価する方法が開発され、これにより病理学者の評価との比較が可能となり、その有効性が確認されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の研究では、異なる乳がんサブタイプ間での免疫細胞の役割の違いや、特定の免疫細胞マーカーが乳がんの予後に与える影響のメカニズムの解明が必要です。また、免疫細胞の評価をさらに改善するための新しいバイオマーカーの同定や、治療応答を予測するためのより精密なモデルの開発が求められています。
title:
Spatially-resolved tumour infiltrating immune cells and prognosis in breast cancer
creator:
Bernstein, A. J., Keeman, R., Hurson, A., Blows, F. M., Bolla, M. K., Miller, J. L., Milne, R., Horlings, H., van den Broek, A. J., Bodelon, C., Hodge, J., Patel, A., Teras, L. R., Canzian, F., Kaaks, R., Brenner, H., Schoettker, B., Behrens, S., Chang-Claude, J., Maurer, T., Obi, N., Couch, F., Ali, H. R., Caldas, C., Andrulis, I., Glendon, G., Mulligan, A. M., Mesker, W., Jager, A., Heemskerk-Gerritsen, A., Devilee, P., Lawrence, S. M., Lissowska, J., Mutreja, K., Ahearn, T., Chanock, S., Duggan, M. A., Eccles, D., Jones, J. L., Tapper, W., Hollestelle, A., Hooning, M., Martens, J., van Deur
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310819v1

Quantifying hope: An EU perspective of rare disease therapeutic space and market dynamics
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、希少疾患に対する医薬品の承認プロセスと、希少疾患指定（ODD）が与えられた薬剤と与えられていない薬剤の違いを解析することでした。希少疾患薬の開発と承認における現状の課題を明らかにし、治療薬の承認プロセスの改善を目指しています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
論文では、欧州医薬品庁（EMA）によって承認された希少疾患薬のデータを使用しています。具体的には、ODDの有無による承認された薬の分布、承認タイムライン、治療分野の分布、希少病指示に対する薬剤の分布などのデータが分析されています。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、ODDを持つ薬剤と持たない薬剤の承認プロセスにおける違いが明らかになりました。また、希少疾患薬の市場分析を通じて、どの疾患や臓器系が重点的に対象とされているかの洞察を提供し、希少疾患治療薬の開発における現状の理解を深めることができました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
希少疾患薬の開発と承認には依然として多くの課題が残されています。特に、希少疾患薬の開発における資金調達の困難や、臨床試験のデザインの複雑さなどが挙げられます。また、希少疾患薬の長期的な効果や安全性に関するデータが不足しているため、これらの側面におけるさらなる研究が必要です。
title:
Quantifying hope: An EU perspective of rare disease therapeutic space and market dynamics
creator:
Cacoub, E., Lefebvre, N. B., Milunov, D., Sarkar, M., Saha, S.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310776v1

Correlation between religiosity and family functioning among secondary school students in high-risk residing areas and factors associated with substance use
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、マレーシアの学生における薬物乱用のリスクと保護因子を特定し、それに基づいて効果的な予防策を提案することでした。特に、家族機能、宗教的信仰、社会経済的要因が薬物乱用にどのように影響を与えるかを明らかにすることが目標であり、これらの要因が未解決の問題として位置づけられていました。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、マレーシアの中学生を対象とした横断的調査データが使用されました。具体的には、社会人口学的質問票、ハッタ・イスラム宗教性スケール（HIRS）、家族適応と凝集スケールIV（FACES-IV）、および薬物、喫煙、および物質使用スクリーニングツール・ライト（ASSIST-Lite）が用いられました。これらのデータは、学生の薬物使用状況とそれに影響を与える可能性のある家庭内外の要因を評価するために収集されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、家族の機能不全、宗教的信仰の欠如、および貧困などの社会経済的要因が学生の薬物乱用リスクを高めることが明らかになりました。また、強い家族の絆や高い宗教的信仰が保護因子として機能することも示され、これらの因子が薬物乱用予防において重要であることが確認されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
薬物乱用の予防と対策には、さらに多角的なアプローチが必要であることが示されました。具体的には、学校やコミュニティレベルでの教育プログラムの強化、家族内コミュニケーションの改善、経済的支援の提供など、さまざまなレベルでの介入が求められています。また、異なる文化的背景を持つ学生に対する研究の拡大も、将来の課題として挙げられます。
title:
Correlation between religiosity and family functioning among secondary school students in high-risk residing areas and factors associated with substance use
creator:
AZIZ, N. A. B. A., Wahab, S., Sutan, R. b., Baharom, M. A., Asmai, S. A. b., Azmi, A. D.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310785v1

Enhancing Precision Drug Therapy and build Pharmacokinetic model in Pregnant Women: PBPK Modeling of Antiviral drugs
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、妊娠中の女性におけるHIV治療薬であるドルテグラビル（DTG）とラルテグラビル（RAL）の薬物動態（PK）の変動を解明し、特にUGT1A1の発現変化がこれらの薬物の代謝にどのように影響するかを評価することでした。また、妊娠中のプロゲステロンレベルの上昇がUGT1A1発現にどのように影響するかについての定量的な情報が限られているため、この点についても調査することが目的でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、以前のPBPKモデルに基づいてUGT1A1が妊娠中期と後期でそれぞれ1.75倍、1.92倍誘導されると仮定し、これを基にDTGとRALの母体PKを評価しました。また、臨床試験から得られた妊婦の薬物動態データや、へその静脈血中の薬物濃度データを使用して、モデルの予測性能を評価しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究では、妊娠中のUGT1A1の発現変化がDTGとRALの母体PKに与える影響についてある程度の理解を深めることができました。特に、DTGの母体PKはUGT1A1発現の変化に対して中程度の感受性を示し、RALの母体PKはわずかに影響を受けることが示されました。また、Poulin & Theil法やQSARアプローチを用いたモデルが他のモデルに比べてへその静脈血中濃度をよりよく予測できることが示されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
この研究では限られた臨床データにより包括的な評価が困難であったため、異なる組織（母体血漿、胎盤、へその静脈など）からのより多くのデータが必要です。また、DTGの先天性欠損症に関連する機序が完全には理解されていないため、この点についてもさらなる研究が求められます。これにより、妊娠中のDTG使用に関する意思決定を支援するPBPKモデリングの理論的貢献をさらに高めることができるでしょう。
title:
Enhancing Precision Drug Therapy and build Pharmacokinetic model in Pregnant Women: PBPK Modeling of Antiviral drugs
creator:
ABDULSAMAD, M. I., Anass, A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310817v1

Evaluating Inadequate Therapy Response in Ulcerative Colitis Adult Patients: A Retrospective Analysis of German Health Claims Data on Advanced Therapy Initiation
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、ドイツにおける潰瘍性大腸炎（UC）の治療における不十分な反応率が高いという問題を解明し、その原因を特定することでした。特に、最初の先進治療に対する不十分な反応を示す患者の割合と、その治療パターンや医療利用に関する詳細なデータを提供することを目指しています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、ドイツの健康保険データベース（German SHI population）から取得した包括的で匿名化された請求データを使用しました。このデータは、2016年から2021年までの潰瘍性大腸炎の患者に関する情報を含んでおり、治療開始時のデータや治療の変更、治療応答の評価などが詳細に記録されています。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この論文では、潰瘍性大腸炎の治療における不十分な反応の実態とその多因子性の原因を明らかにしました。具体的には、最初の先進治療に対する不十分な反応の割合が71.2%であること、また、患者の約38.8%が治療を中断している実態が示されました。これにより、現在の治療法が多くの患者にとって十分でないことが確認され、治療法の改善の必要性が強調されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、治療の不十分な反応を示す患者に対して、より効果的な治療法の開発が必要です。また、治療の中断の原因となる問題点を特定し、それに対処することも重要です。さらに、この研究は請求データに基づいており、臨床的なニュアンスを完全には捉えきれていないため、より詳細な臨床データを用いた追跡研究が求められます。
title:
Evaluating Inadequate Therapy Response in Ulcerative Colitis Adult Patients: A Retrospective Analysis of German Health Claims Data on Advanced Therapy Initiation
creator:
Dignass, A., Blumenstein, I., Schwedhelm, C., Strassen, K., Berger, L., Marquardt, S., Seiffert, A., Kulchytska, N., Haensel, I., Benson, A., Kisser, A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310495v1

Operationalizing multimorbidity in relation to mortality and physical function: findings from a prospective longitudinal cohort study
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、多重疾患（multimorbidity）の測定と運用方法に関する標準的なアプローチを確立することでした。また、多重疾患の予測効用を評価し、死亡率、機能的独立性、身体能力といった基準を用いて、特定の運用方法の有用性を判断することを目指していました。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、英国の国民保健サービス（NHS）の中央登録簿にリンクされた参加者から得られた全原因死亡率データを使用しました。また、60歳から64歳の間の追跡調査データや、看護師による個人的および器具を使用した日常生活活動（ADLおよびIADL）の評価、身体能力の測定が含まれていました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、多重疾患の測定と運用方法において、未加重疾患数が最も有用であることを示しました。これは概念的に直感的であり、堅牢性が高い可能性があると評価されています。しかし、特定の疾患群を一括りにする問題点や、自己報告された診断の信頼性に関する課題は一部解決されましたが、全てが完全に解決されたわけではありません。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、より多くの疾患条件を含む大規模なデータセットや電子健康記録を用いた研究が必要です。また、疾患の定義や基準が時間とともに変化するため、これらの条件をより詳細に研究するための方法を改善する必要があります。さらに、自己報告、電子健康記録、バイオマーカー評価を複数の時点で三角測量することで、偏ったデータ取得に関する一般的な懸念を克服することが挙げられます。
title:
Operationalizing multimorbidity in relation to mortality and physical function: findings from a prospective longitudinal cohort study
creator:
Seo, H. S., Davis, D., Khanolkar, A., Hughes, A., Patalay, P.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310803v1

Enhanced Discrimination of Clostridioides difficile Transmission Using Whole Genome Sequencing and In-Silico Multi-locus Variable Number Tandem Repeat Analysis
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、Clostridioides difficile（C. difficile）の感染源と伝播パターンを特定することにより、病院内感染のアウトブレイクをより効果的に管理し、予防する方法を見つけることでした。特に、多重ローカス可変数タンデムリピート解析（MLVA）と全ゲノムシーケンシング（WGS）を用いた方法を評価し、これらの手法が病院内のC. difficileの伝播を理解する上でどの程度有効であるかを検証することが目的でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、2016年11月から2019年11月までの間に収集されたC. difficileの便検体から栽培された666株の分離株について、Illuminaプラットフォームを使用した短リード全ゲノムシーケンシングと、Oxford Nanopore MinIONプラットフォームを使用した長リードシーケンシングが行われました。これらのデータは、分離株間の遺伝的関連性と感染伝播のパターンを解析するために使用されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、特定のMLVAプロファイルと病院の特定のユニットとの間の関連性を示す有意な相関が確認されました。これは、低SNPクラスター内でユニットベースの疫学的リンクの存在とMLVA値が逆相関することを示しており、MLVAと全ゲノムシーケンシングを組み合わせることで、C. difficileの伝播パターンをより正確に特定できることが示されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、より多くの病院や地域でのデータを集め、異なる地域や病院間でのC. difficileの伝播パターンの違いを解析することが挙げられます。また、MLVAと全ゲノムシーケンシングのデータを組み合わせることで、さらに詳細な解析を行い、感染制御策をさらに最適化する方法についても研究が必要です。
title:
Enhanced Discrimination of Clostridioides difficile Transmission Using Whole Genome Sequencing and In-Silico Multi-locus Variable Number Tandem Repeat Analysis
creator:
Sundermann, A. J., Mills, E. G., Rangachar Srinivasa, V., Griffith, M. P., Ereifej, D., Waggle, K. D., Snyder, G. M., Van Tyne, D., Pless, L. L., Harrison, L. H.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310821v1

Isolation of Borrelia puertoricensis from ticks collected in Merida, Yucatan, Mexico
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文は、リレープシングフィーバー（RF）スピロヘータによる感染症の診断と治療における未解決問題を解決することを目的としています。特に、Borrelia属に属する細菌の同定とその遺伝的多様性を明らかにし、感染症の迅速かつ正確な診断方法を開発することが目標でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この論文では、マウスから採取した血液サンプルを用いてBorrelia属の細菌を分離し、そのDNAを抽出してゲノム解析を行いました。また、PCR法を用いて16S rRNAとflaB遺伝子のアンプリコンを生成し、そのサイズを確認した後、シーケンシングを行いました。得られた配列データは、GenBankのデータベースと比較して同定を行い、遺伝的多様性や系統解析も実施しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この論文により、Borrelia属の細菌の遺伝的多様性を詳細に解析し、特に新しい種や亜種の同定が進みました。また、特定の遺伝子（例えばBipA）が種特異的な抗原として機能する可能性を示すことで、リレープシングフィーバーの診断における新たなバイオマーカーの開発に寄与しました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、この研究で同定された遺伝子マーカーを用いた迅速診断キットの開発が必要です。また、Borrelia属の細菌に対するワクチン開発や、異なる地理的地域での遺伝的多様性のさらなる調査も重要です。これにより、より広範囲での感染予防策や治療法の改善が期待されます。
title:
Isolation of Borrelia puertoricensis from ticks collected in Merida, Yucatan, Mexico
creator:
Vazquez-Guerrero, E., Kneubehl, A. R., Reyes-Solis, G. C., Machain-Williams, C., Krishnavajhala, A., de los Santos, P. E., Lopez, J. E., Ibarra, J. A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310794v1

Evaluation of the Diagnostic Accuracy of GPT-4 in Five Thousand Rare Disease Cases
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、大言語モデル（LLM）を用いて臨床ケースの差異診断における性能の評価と、診断の正確性を高めるための方法を開発することでした。特に、LLMが生成する診断の正確性を評価し、病気の分類に一貫性と標準化をもたらすMondoオントロジーを使用して、LLMの応答を病気の用語にプログラム的にマッピングするアプローチを開発することが目的です。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、GA4GH Phenopacketスキーマに従ってJSON形式で表された臨床ケースレポートの構造化データを使用しました。これには基本的な人口統計情報とともに、患者の徴候、症状、所見がHuman Phenotype Ontology（HPO）用語で符号化されています。また、これらのケースデータを用いて、GPT-4が使用するプロンプトを生成し、差異診断を行うために使用しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、LLMの応答をMondoオントロジーの用語にマッピングすることにより、LLMが生成する差異診断リストの評価方法を改善しました。これにより、病気の診断における一貫性と精度が向上し、LLMの診断性能のばらつきを減少させることができました。また、病気のグループを統合して評価する新しいアプローチを開発し、特定の病気のサブタイプ全体を代表する用語を使用することで、より広範囲な診断評価が可能になりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
LLMを用いた診断支援ツールの臨床現場での実用化に向けて、さらに多くの臨床データに対する検証が必要です。また、異なるタイプの臨床ケースや多様な人口統計にまたがるデータセットでの性能評価を行うことで、モデルの汎用性と適応性を高める必要があります。さらに、診断の解釈可能性を向上させるための研究も重要です。これには、LLMがどのようにして特定の診断に至ったかを理解しやすくするための方法の開発が含まれます。
title:
Evaluation of the Diagnostic Accuracy of GPT-4 in Five Thousand Rare Disease Cases
creator:
Reese, J. T., Chimirri, L., Danis, D., Caufield, J. H., Wissink, K. W., Casiraghi, E., Valentini, G., Haendel, M. A., Mungall, C. J., Robinson, P. N.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310816v1

A Mendelian randomization study of insulin therapy for type 1 diabetes increasing the potential risk of ovarian cancer
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、タイプ1糖尿病（T1D）と卵巣がん（OC）のリスクとの間に遺伝的な関連があるかどうかを調査することでした。具体的には、遺伝的な手法を用いて、T1DがOCのリスクにどのように影響を与えるかを明らかにすることを目指しています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この論文では、二標本Mendelian Randomization（MR）分析を行うために、17個の単一ヌクレオチド多型（SNP）を用いたデータを使用しました。これらのSNPは、T1DとOCの関連を評価するために選ばれ、各SNPの効果を分析することで、T1DがOCのリスクに与える影響を推定しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、タイプ1糖尿病が卵巣がんのリスクに遺伝的に影響を与える可能性があることが示唆されました。MR-Egger、重み付き中央値、逆分散加重法を用いた結果が一致しており、MRの仮定に違反している可能性があるにもかかわらず、結果が堅牢であることが示されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
この研究では、T1DとOCの関連に対する遺伝的影響を示唆していますが、具体的な生物学的メカニズムや因果関係はまだ明らかにされていません。将来的には、これらの遺伝的関連がどのようにして疾患リスクに影響を与えるのかを解明するために、詳細な生物学的経路の研究が必要です。また、他の環境要因やライフスタイルがどのように遺伝的リスクと相互作用するかを理解することも重要です。
title:
A Mendelian randomization study of insulin therapy for type 1 diabetes increasing the potential risk of ovarian cancer
creator:
Bai, X., Zhang, L.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.19.24310599v1

Health-Related Quality of Life Perception Among Older Persons with Non-Communicable Diseases in Primary Healthcare Facilities: A Qualitative Inquiry
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、ウガンダ中部の高齢者における非伝染性疾患（NCDs）が健康関連の生活の質（HRQoL）に与える影響を評価し、HRQoLに対する高齢者の認識を調査することでした。これまでウガンダにおいて、高齢者のNCDsがHRQoLにどのように影響しているかに関する研究が行われていなかったため、そのギャップを埋めることが狙いです。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、質的研究デザインを採用し、フォーカスグループディスカッション（FGD）の方法でデータ収集を行いました。具体的には、ウガンダ中部のルウェロとナカセケ地区で、3つのフォーカスグループディスカッションを行い、各グループに8人の高齢者（男女両方）が参加しました。これらのディスカッションは45分から60分間行われ、オーディオ録音されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、ウガンダ中部の高齢者の間でNCDsがHRQoLに及ぼす影響に関する初の洞察が得られました。特に、NCDsの有病率が高い地区での高齢者の健康関連生活の質の現状と認識が明らかになり、これによって今後の介入策や政策立案に役立つデータが提供されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、本研究で得られた認識を基に、具体的な介入策を設計し、実施することが挙げられます。また、他の地域や異なる背景を持つ高齢者を対象とした研究を行い、より広範なデータを集めることで、より効果的な健康増進策を展開する必要があります。さらに、NCDsの予防及び管理に関する教育プログラムの開発も重要な次のステップです。
title:
Health-Related Quality of Life Perception Among Older Persons with Non-Communicable Diseases in Primary Healthcare Facilities: A Qualitative Inquiry
creator:
ATIM, F., Ndagire, R., Nampiima, C., Kiyingi, F.-P., Lwanira, C. N., Nanyonga, R. C., Orach-Meza, F.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.19.24310704v1

Brains Under Stress: Unravelling the Effects of the COVID-19 Pandemic on Brain Ageing
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、COVID-19パンデミックが脳の老化にどのような影響を与えるかを解明することでした。具体的には、パンデミックが脳の構造や機能に与える影響を詳細に調査し、これが脳の老化プロセスにどのように影響を及ぼすかを明らかにすることを目指しています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、UK Biobankから提供されたデータが使用されました。UK Biobankは広範なバイオメディカルデータベースであり、この研究では特に脳画像に由来する特徴を用いて脳の年齢を推定するためのスクリプトがGitHubで公開されています。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この論文では、COVID-19が脳の構造にどのような変化をもたらすかについての具体的な証拠を提供しました。これにより、パンデミックが人々の脳の健康に及ぼす影響についての理解が深まり、COVID-19に関連する脳の老化の進行についての新たな知見が得られました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の研究では、COVID-19による脳の変化が長期的な認知機能へどのように影響を与えるかをさらに詳細に調査する必要があります。また、異なる年齢層や健康状態の個人における影響の違いについても解析することが求められます。これにより、より効果的な介入策や予防策を開発するための基盤が築かれることになります。
title:
Brains Under Stress: Unravelling the Effects of the COVID-19 Pandemic on Brain Ageing
creator:
Mohammadi-Nejad, A.-R., Craig, M., Cox, E., Chen, X., Jenkins, R. G., Francis, S., Sotiropoulos, S., Auer, D. P.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310790v1

Validation of rectal swabbing for total and aerobic gut microbiota study
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、臨床現場での微生物叢（マイクロバイオタ）のサンプリングと保存方法を検証し、特に集中治療室や救急室などの環境で実用的な方法を開発することでした。具体的には、全便サンプルと直腸スワブサンプルの比較、およびESwabTM保存液を使用した条件での保存効果を評価することを目指していました。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、13人の健康なボランティアから採取された全便サンプルと直腸スワブサンプルを使用しました。これらのサンプルはESwabTM保存液に接種され、Escherichia coliやEnterococcus sp.などの主要な細菌群の定量化が行われました。また、サンプルは異なる温度条件（+4°Cと室温）で保存され、時間経過とともにこれらの細菌の定量化が行われました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、直腸スワブとESwabTM保存液を用いたマイクロバイオタのサンプリングと保存方法が、実際の臨床現場での使用に適していることを示しました。特に、ESwabTM保存液を用いた場合のE. coliの定量が増加することが確認され、保存液が一部の細菌の増殖を促進する可能性があることが示唆されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、さまざまな臨床環境でのサンプリングと保存方法の最適化が挙げられます。また、他の細菌種に対する保存液の影響をさらに詳細に調査する必要があります。さらに、サンプルの保存温度が細菌の定量に与える影響をより詳細に解析することで、より効果的な保存方法を開発することも重要です。
title:
Validation of rectal swabbing for total and aerobic gut microbiota study
creator:
Marin, J., Bertoye, P. A., Birgy, A., Dziri, S., Lescat, M.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310623v1

Epigenome-wide association study of pregnancy exposure to green space and placental DNA methylation
1. この論文の目的:
この論文の主な目的は、妊娠期間中の緑地への視覚的アクセスが母親と胎児の健康にどのような影響を与えるかを調査することです。特に、緑地の視覚的アクセスが胎盤のエピジェネティックな変化にどのように関連しているかを解明することが目的でした。
2. 使用されたデータ:
この研究では、1,080組の母子ペアのデータが使用されました。具体的には、妊娠12週と32週に母親から収集されたアンケートデータ（緑地への視覚的アクセスに関する質問を含む）、胎盤の生検サンプル、およびそれらから抽出されたDNAが使用されました。また、居住地の緑地のNDVI（Normalized Difference Vegetation Index）値を用いて、周囲の緑の量を評価しています。
3. 解決された未解決問題:
この研究では、妊娠中の緑地への視覚的アクセスが胎盤のエピジェネティックな変化に影響を与える可能性があることが示されました。特に、第三期間における緑地への視覚的アクセスが、特定のDMR（Differentially Methylated Regions）に関連していることが検出されました。
4. 未解決問題として残されていること:
この研究では、緑地への視覚的アクセスと胎盤のエピジェネティックな変化との関連は示されましたが、これが具体的にどのような健康影響をもたらすのかについては明確ではありません。また、異なる地域や人口集団におけるこの関連の一般化可能性についてもさらなる研究が必要です。将来的には、緑地への視覚的アクセスが具体的にどのような生理的・心理的健康効果を持つのかを明らかにする研究が求められます。
title:
Epigenome-wide association study of pregnancy exposure to green space and placental DNA methylation
creator:
Aguilar-Lacasana, S., Cosin-Tomas, M., Raimbault, B., Gomez, L., Sanchez, O., Zanini, M. J., Pascal Capdevila, R., Foraster, M., Gascon, M., Rivas, I., Llurba, E., Gomez-Roig, M. D., Sunyer, J., Bustamante, M., Vrijheid, M., Dadvand, P.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310780v1

Predicting Type 2 Diabetes Metabolic Phenotypes Using Continuous Glucose Monitoring and a Machine Learning Framework
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、OGTT（経口ブドウ糖負荷試験）の特徴とその表現の簡略化に関連する主成分分析の結果を通じて、糖尿病診断における新たなバイオマーカーの同定と理解を深めることでした。具体的には、OGTTデータの異なる時間点でのグルコースレベルの変動を分析し、これらがどのように糖尿病のリスク評価に寄与するかを明らかにすることが目的です。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、複数の被験者から得られたOGTTのデータを用いています。具体的には、OGTT実施時の各時間点（0分、60分、120分、180分）での血糖値、インスリンレベル、およびその他のホルモンレベル（GIP, GLP-1）のデータが収集されました。これらのデータを用いて、血糖値の時間経過に伴う変化や、インスリン抵抗性を評価する指標（Matsuda Index, HOMA-IR, HOMA-B）が分析されています。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、OGTTの異なる時間点での血糖値の変動パターンが糖尿病のリスク評価にどのように関連しているかが明らかになりました。また、主成分分析を用いてデータの次元を削減することで、OGTTデータの解釈を容易にし、より効率的なバイオマーカーの同定が可能となりました。これにより、糖尿病の早期診断やリスク評価の精度が向上する可能性が示されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、さらに多くの個体群に対して同様の分析を行い、得られたバイオマーカーの普遍性と有効性を検証することが挙げられます。また、異なる人種や年齢層、生活習慣を持つ個体群におけるデータを分析することで、より包括的な糖尿病リスク評価モデルの構築が必要です。さらに、新たなバイオマーカーを用いた臨床試験を通じて、その臨床的有効性を確認することも重要です。
title:
Predicting Type 2 Diabetes Metabolic Phenotypes Using Continuous Glucose Monitoring and a Machine Learning Framework
creator:
Metwally, A. A., Perelman, D., Park, H., Wu, Y., Jha, A., Sharp, S., Celli, A., Ayhan, E., Abbasi, F., Gloyn, A. L., McLaughlin, T., Snyder, M.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.20.24310737v1

Epidemiological Parameters of SARS-CoV-2 in the UK during the 2023/2024 Winter: A Cohort Study
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、症状発生からの日数に応じたCOVID-19検査の感度を評価し、感度がどのように時間の経過とともに変化するかを理解することでした。特に、症状発生後の特定の時間における検査の感度を正確にモデル化し、感度が時間経過とともにどのように変化するかを定量的に評価することが主な焦点でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、症状発生日が不明な個体を除外し、また症状発生から検査までの時間が負であるか、または症状発生日から25日以上経過している個体も除外されたデータを用いました。最終的に、6586件の陽性検査結果を含むデータセットを使用し、これらは3584人のユニークな参加者から提出されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この論文では、症状発生からの時間経過に伴う検査の感度の変化を評価することに成功しました。一般化されたロジスティック関数を使用して、感度が最初に高く、時間が経つにつれてどのように減少するかをモデル化しました。これにより、症状発生後の特定の日数における検査の感度をより正確に理解することが可能になりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
感度のさらなる低下を観察するために、症状発生からの時間をさらに延長してデータを収集する必要があります。また、年齢によるウイルス量の変動を考慮に入れた感度の変化もさらに詳細に分析する必要があります。さらに、他の要因が検査感度にどのように影響を与えるかを理解するための研究も必要です。
title:
Epidemiological Parameters of SARS-CoV-2 in the UK during the 2023/2024 Winter: A Cohort Study
creator:
Overton, C. E., Fyles, M., Mellor, J., Paton, R. S., Phillips, A. M., Glaser, A., Charlett, A., Ward, T.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310801v1

Micronutrient-deficient diets and possible environmental enteric dysfunction in Buruli ulcer endemic communities in Ghana: lower dietary diversity and reduced serum zinc and vitamin C implicate micronutrient status a possible susceptibility factor
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、ガーナのアシャンティ地域に住むバーリー潰瘍（BU）流行地域の住民の食生活とその栄養状態に関するデータを収集し、地域の食事パターンが住民の健康にどのように影響しているかを理解することでした。特に、この地域での食事が栄養不足や健康問題にどのように寄与しているかを明らかにすることが目標です。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、アシャンティ地域のバーリー潰瘍流行地域に住む住民の食生活に関するデータを収集しました。具体的には、住民の食事内容、食事から得られるカロリーや栄養素の摂取量、そして食事の多様性（DDS）に関する情報が含まれています。また、これらのデータは、地域の食事がどのように栄養不足につながっているかを分析するために使用されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、ガーナのアシャンティ地域のバーリー潰瘍流行地域における住民の食生活が主に炭水化物ベースであること、そしてこの食生活が栄養不足、特にタンパク質や必須ミクロ栄養素の不足につながっていることが明らかになりました。これにより、地域の食事が住民の健康に及ぼす影響についての理解が深まりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、バーリー潰瘍流行地域の住民の栄養状態を改善するための具体的な介入策の開発が挙げられます。また、食生活の改善がバーリー潰瘍の予防や治療にどのように寄与するかをさらに詳しく調査する必要があります。さらに、他の地域や異なる文化背景を持つ集団における食生活と健康の関連についても研究を拡大することが重要です。
title:
Micronutrient-deficient diets and possible environmental enteric dysfunction in Buruli ulcer endemic communities in Ghana: lower dietary diversity and reduced serum zinc and vitamin C implicate micronutrient status a possible susceptibility factor
creator:
Loglo, A. D., Antwi, P. B., Abass, K. M., Osei-Mireku, S., Amofa, G., Ofori, E., Adjei, J., Oppong, M. N., Phillips, R. O., Annan, R., Engel, B., Simmonds, R. E.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310811v1

Spatio-Temporal Dynamics and Climate Change Scenarios Forecast of Dengue Incidence in Brazil
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、ブラジルにおけるデング熱の発生率に影響を与える様々な環境および社会経済的要因を特定し、これらの要因がデング熱の発生率にどのように影響するかを定量的に評価することでした。また、気候変動が将来のデング熱の発生にどのような影響を与えるかを予測することも目的としています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、ブラジルの2000年から2021年までのデング熱の発生データ、気象データ（最低気温と降水量）、都市インフラの割合、標高、季節、ブラジル貧困指数（BDI）、そして標準化された環境指標（NDWI）を含む複数の環境および社会経済的指標を使用しました。これらのデータは、時空間モデルを用いて分析され、デング熱の発生率にどのように影響するかを評価しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、降水量、都市インフラの割合、NDWI、標高などの環境要因がデング熱の発生率に与える影響が定量的に明らかにされました。特に、標高が高い地域ではデング熱の発生率が低下すること、また、降水量の増加がデング熱の発生率を増加させることが示されました。さらに、季節や貧困指数との関連も明らかになり、これらの要因がデング熱の発生パターンにどのように影響するかが解明されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
この研究では、気候変動が将来のデング熱の発生にどのように影響するかについての予測が試みられましたが、異なる気候変動シナリオにおける具体的な影響の程度や、地域による影響の違いについてはさらに詳細な研究が必要です。また、気候変動以外の要因、例えば都市化の進展や人口動態の変化がデング熱の将来の発生にどのように影響するかについても、より深い理解が求められます。これらの要因を総合的に考慮した上で、より効果的な予防策や対策を開発することが今後の課題として残されています。
title:
Spatio-Temporal Dynamics and Climate Change Scenarios Forecast of Dengue Incidence in Brazil
creator:
Bermudi, P. M. M., Chiaravalloti-Neto, F., Blangiardo, M., Palasio, R. G. S., de Oliveira, A., Pirani, M.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310334v1

A multivalent RSV vaccine based on the Modified Vaccinia Ankara vector shows moderate protection against disease caused by RSV in older adults in a Phase 3 clinical study
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、呼吸器合胞体ウイルス（RSV）のワクチン、特に高齢者におけるその効果と安全性を評価することでした。RSVは高齢者や基礎疾患を持つ人々において重症の呼吸器疾患を引き起こす可能性があるため、効果的なワクチンの開発が重要です。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、ランダム化比較試験のデータが使用されています。具体的には、RSVワクチン（MV A-BN-RSV）とプラセボを接種したグループの間で、有害事象（AEs）、重篤な有害事象（SAEs）、及びワクチンの免疫原性に関するデータが収集・分析されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、RSVワクチンが高齢者においても安全であること、そして一定の免疫応答を示すことが確認されました。特に、ワクチン接種後の有害事象は一般的に軽度で自己限定的であり、重篤な有害事象の発生率もプラセボ群と同様であったことから、ワクチンの安全性プロファイルが支持されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、ワクチンの長期的な効果と持続性、さらには異なる人口統計学的特性を持つ集団における効果の評価が挙げられます。また、ワクチンが重篤なRSV関連疾患の発生をどの程度減少させるかについてのさらなるデータが必要です。これには、より大規模な臨床試験や異なる地理的地域での研究が求められるでしょう。
title:
A multivalent RSV vaccine based on the Modified Vaccinia Ankara vector shows moderate protection against disease caused by RSV in older adults in a Phase 3 clinical study
creator:
Jordan, E., Jenkins, V., Silbernagl, G., Velasco Chavez, M. P., Schnorfeil, F. M., Schultz, S., Schmidt, D., Chen, L., Jacquet, J.-M., de Moerlooze, L., Welte, T., Salgado, F.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24309971v1

Modelling the impact of initiation delay, duration and prior PrEP usage on the prophylactic efficacy of FTC/TDF-containing post-exposure prophylaxis
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、ウイルス暴露後のPEP（暴露後予防）の最適なタイミングと薬剤組み合わせに関する効果を評価し、特に医療現場での針刺し事故などの職業的暴露における予防策の最適化を図ることでした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この論文では、1000人の仮想患者を対象にした計算モデルを用いて、異なるPEP開始時間、PEP持続期間、および薬剤組み合わせ（TDF/FTC、TDF/FTC + EFV、TDF/FTC + DTG）の効果を評価しました。また、PEP開始前にPrEP（事前予防）を服用していた場合の効果も評価しています。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この論文では、PEPの開始が遅れるほど効果が低下すること、特にTDF/FTC単独でのPEPは、暴露後1時間以内に開始する場合にのみ高い効果があることが示されました。また、3剤併用PEPは28日間続けることが最も効果的であり、14日間の治療では効果が低下することが明らかになりました。さらに、PEP開始前7日以内にPrEPを服用していた場合、PEPの効果が向上し、PEP開始のタイミングを72時間以降に延長できる可能性が示唆されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、PEPの効果をさらに向上させるための新たな薬剤の開発、さらに現実的な患者データを用いた実際の臨床試験の実施、そして特定の職業的暴露シナリオにおけるPEPプロトコルの最適化が挙げられます。また、異なる地域や人口集団におけるPEPの効果についてのさらなる研究も必要です。
title:
Modelling the impact of initiation delay, duration and prior PrEP usage on the prophylactic efficacy of FTC/TDF-containing post-exposure prophylaxis
creator:
Zhang, L., Collins, S., Fox, J., von Kleist, M.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310798v1

Age-Dependent Effects of UV Exposure and Xeroderma Pigmentosum Group A on DNA Damage, Repair Mechanisms, Genomic Instability, Cancer Risk, and Neurological Disorders
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、XPA（キセロデルマ・ピグメントーサム）およびUV曝露がDNA修復機構に与える影響を詳細に解析し、これらの因子がどのようにしてゲノム不安定性やがんリスク、神経発達障害などのリスクを高めるのかを明らかにすることでした。特に、XPAの異なる重症度（軽度および重度）とUV曝露がこれらのリスクにどのように影響するかを評価することが主な焦点でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、AI遺伝子編集を用いて作成された、XPA関連の遺伝子突然変異（機能喪失変異）を持つ6つの異なるコホートを含む、合計42のコホートからのデータを使用しました。これにより、0歳から20歳までの各年齢群におけるDNA損傷、修復効率、神経発達障害、皮膚の老化や色素沈着などの影響を評価しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、XPAの存在およびUV曝露がDNA修復能力に与える影響が明らかになり、特に重度のXPAではDNA修復機構の顕著な欠陥が確認されました。また、これらの因子が神経発達障害や皮膚がんリスクの増加にどのように寄与するかについての理解が深まりました。これにより、早期発見と介入の重要性が強調され、UV保護戦略の必要性がさらに明確になりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、XPAおよび他のXP患者のDNA修復能力を向上させるための治療法の開発、特にAIを活用した仮想薬物試験の探求が必要です。また、DNA修復欠損が長期的な神経学的影響に与える影響についてのさらなる研究が求められています。これにより、遺伝的条件と環境要因の相互作用がどのように疾患リスクを形成するかの理解を深めることができます。
title:
Age-Dependent Effects of UV Exposure and Xeroderma Pigmentosum Group A on DNA Damage, Repair Mechanisms, Genomic Instability, Cancer Risk, and Neurological Disorders
creator:
Danter, W. R.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310800v1

Adaptor protein 2 sigma subunit (AP2S1) variants associated with neurodevelopmental disorders
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、AP2 σ2の変異体（特にAP2 σ2-R10W）が示す分子量の減少の原因を特定することでした。研究者たちは、この分子量の違いがタンパク質の折りたたみ、スプライシング、翻訳後修飾、または切断によるものではないかと考えていました。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この論文では、質量分析（LC-MS/MS）を用いたプロテオミクスデータ、電気泳動ゲルを用いた実験データ、およびN-TAILS戦略によるタンデム質量タグ（TMT0）ラベリングによるペプチド断片の検出データが使用されました。これらのデータを通じて、AP2 σ2の変異体とワイルドタイプの分子量の差異について分析が行われました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
研究者たちは、AP2 σ2-R10W変異体の分子量が小さい原因がN末端の切断ではないことを確認することができました。また、スプライシング、翻訳後修飾、C末端の切断も原因ではないことが示されました。これにより、分子量の違いに対するこれらの潜在的な原因が排除されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
AP2 σ2-R10W変異体の分子量が小さい具体的な原因は依然として不明です。この変異体の分子量の違いを引き起こす可能性のある他の機構の探索が必要です。また、この変異が細胞内でどのような生物学的影響をもたらすかについてのさらなる研究も必要とされます。
title:
Adaptor protein 2 sigma subunit (AP2S1) variants associated with neurodevelopmental disorders
creator:
Stevenson, M., Bayliss, A. L., Stokes, V. J., English, K. A., Kooblall, K. G., Fischer, R., Heilig, R., Vendrell, I., Albers, M. E. W. A., Bartos, M., Begtrup, A., Bourgois, A., Buchert, R., Carey, D. J., Carere, D. A., Carnevale, A., Claeys, K. G., Cogne, B., Costain, G., de Leeuw, N., Denomme-Pichon, A.-S., Donner, E. J., Drogouti, E., Dyment, D. A., Gangaram, B., Haack, T. B., Haley, J. S., Heide, S., Hussain, R. A., Isidor, B., Izatt, L., Jacquinet, A., Juusola, J., Kahle, J. J., Keren, B., Klee, E. W., Kokosali, E., Lanpher, B. C., Macke, E. L., Marco, E. J., McWalter, K., Mendelsohn, B.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310683v1

Data sharing in cancer research: A qualitative study exploring community members' preferences
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、がん研究におけるコミュニティメンバーのデータ共有意向に関する理解を深めることでした。具体的には、どのタイプのデータを誰と、どのような目的で共有する意向があるのかを明らかにすることが目的でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、42人のワークショップ参加者から得られた自己報告データや健康記録を用いて分析が行われました。参加者はがんの経験者本人またはケアする側からの視点でデータを提供しており、地域や社会経済的地位、民族や言語など多様な背景を持つ人々が含まれていました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、多くのコミュニティメンバーが自己報告データや健康記録をがん研究で共有する意向があること、また、データ共有の決定をケースバイケースで行いたいと考えていることが明らかになりました。さらに、データ共有が匿名で行われ、研究成果が将来のがんに影響を受ける人々の利益になる場合、データの使用に関する透明性や所有権のニーズが低下することも判明しました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、参加者の特性に基づいてがん研究におけるデータアクセスと共有の好みをさらに探求する必要があります。また、未来の健康記録の共有に対する消極的な意向を持つコミュニティメンバーの不安を解消するための方法を開発することも重要です。これにより、がん研究におけるデータ共有の範囲を拡大し、研究の進展を促進することが期待されます。
title:
Data sharing in cancer research: A qualitative study exploring community members' preferences
creator:
Johnston, E., Bourdaniotis, X., Ayre, S., Zajdlewicz, L., Beesley, V., Goodwin, B.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310665v1

LRRK2-Associated Parkinsonism With and Without In Vivo Evidence of Alpha-Synuclein Aggregates
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、パーキンソン病（PD）におけるα-シヌクレイン（asyn）の集積の有無が、疾患の臨床的特徴、特に運動機能と認知機能にどのように影響するかを明らかにすることでした。特に、LRRK2遺伝子変異を持つパーキンソン病患者と通常のスポラディックPD患者を比較し、asynの集積の有無が臨床症状に与える影響を評価することが主な焦点でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、パーキンソン病診断を受け、ドパミン機能障害がDATイメージングによって示された参加者を対象に、生体内での評価が行われました。具体的には、脳脊髄液（CSF）中のα-シヌクレインの集積の有無を検出し、運動機能障害の程度や認知機能の状態を評価するために使用されたデータが含まれています。また、これらの生物学的マーカーと臨床的特徴との関連を統計的に分析するために、線形回帰やロジスティック回帰モデルが用いられました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、CSF中のα-シヌクレインの集積の有無が、パーキンソン病の臨床的進行において異なる影響を与える可能性が示されました。特に、asynの集積がないLRRK2関連パーキンソン病のケースでは、認知機能障害がより顕著である可能性が示唆されました。これにより、asynの集積の有無がPDの臨床的特徴に与える影響についての理解が深まりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
asynの集積がないLRRK2関連パーキンソン病患者の臨床的特徴をさらに詳細に理解するためには、より大規模なサンプルと長期にわたる追跡調査が必要です。また、asynの集積の有無がPDの異なる臨床的表現にどのように影響するかを明らかにするために、遺伝的背景や他の生物学的マーカーとの相互作用を考慮に入れた研究が必要です。さらに、asyn集積陰性のケースにおける他の病理機構、特にタウタンパク質に関連する神経変性の可能性についても検討する必要があります。
title:
LRRK2-Associated Parkinsonism With and Without In Vivo Evidence of Alpha-Synuclein Aggregates
creator:
Chahine, L., Lafontant, D.-E., Choi, S. H., Iwaki, H., Blauwendraat, C., Singleton, A., Brumm, M., Alcalay, R., Merchant, K., Nudelman, K. N. H., Dagher, A., Vo, A., Tao, Q., Venuto, C. S., Kieburtz, K., Poston, K., Bressman, S., Gonzalez-Latapi, P., Avants, B., Coffey, C., Jennings, D., Tolosa, E., Siderowf, A., Marek, K., Simuni, T.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310806v1

Hypothesis-driven patterns of intracranial exploration in temporal lobe epilepsies
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この研究は、側頭葉てんかん（TLE）の患者に対する手術戦略と神経心理学的アウトカムに関する限定的な知識を克服することを目的としています。特に、側頭葉てんかんのための内頭蓋探索と選択的側頭切除を導くための解剖学的・電気臨床的仮説のプロセスに焦点を当てていました。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、大規模なTLE患者のコホートにおいて、SEEG探索を伴う半球観察と詳細な細胞建築学的分析を用いました。さらに、このアプローチを定量的に検証するために、機械学習ベースのアプローチを使用しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、TLEのための手術戦略と神経心理学的アウトカムを改善するための新しい仮説分類システムを提案しました。これにより、側頭葉てんかんの治療における内頭蓋探索と選択的側頭切除のプロセスをより詳細に理解し、指導することができるようになりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
この研究では、提案された分類システムのさらなる検証と改善、特に異なる患者集団や長期的なフォローアップを通じて、その有効性と普遍性を評価する必要があります。また、選択的側頭切除や内頭蓋探索の技術的進歩に伴う新たな課題に対処することも重要です。
title:
Hypothesis-driven patterns of intracranial exploration in temporal lobe epilepsies
creator:
Mallela, A. N., Hect, J., Reedy, E., Ikegaya, N., Abou-Al-Shaar, H., Constantine, T., Angonese, A., Aung, T., Henry, L. C., Carns, D. R., Gonzalez-Martinez, J. A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310240v1

Analysis of DNA from brain tissue on stereo-EEG electrodes reveals mosaic epilepsy-related variants
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、難治性てんかん（DRE）を持つ患者に対し、最小侵襲的な診断アプローチを通じてモザイク変異を検出し、その臨床的意義を評価することでした。具体的には、開頭手術を行わない患者においても、sEEG電極を用いて脳組織からDNAを回収し、モザイク変異を検出する方法を確立することが目的でした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、難治性てんかんの小児患者11名からsEEG電極を用いて抽出された脳組織のDNAを使用しました。これにより、患者の脳から直接得られた細胞からDNAを抽出し、ホールゲノム増幅（WGA）やディープシーケンスを行い、モザイク変異を分析しました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、開頭手術を行わない患者からもsEEG電極を介して脳組織の微量サンプルからDNAを回収し、モザイク変異を検出することが可能であることが示されました。これにより、難治性てんかんの診断と治療選択において、より少ない侵襲で重要な遺伝的情報を得る手法が提供されることとなりました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、この最小侵襲的診断手法の精度と再現性をさらに向上させること、さらに広範な患者群に対する適用性の確認、そして得られた遺伝的情報を基にした具体的な治療法の開発と臨床応用が挙げられます。また、モザイク変異の臨床的意義をさらに詳細に解析し、個々の患者に最適な治療戦略を提案するためのデータベース構築も重要です。
title:
Analysis of DNA from brain tissue on stereo-EEG electrodes reveals mosaic epilepsy-related variants
creator:
D'Gama, A. M., Phillips, H. W., Wang, Y., Chiu, M. Y., Chahine, Y., Swanson, A. C., Smith, R. S., Pearl, P. L., Tsuboyama, M., Madsen, J. R., Lidov, H., Lee, E. A., Prabhu, S. P., Huang, A. Y., Stone, S. S. D., Walsh, C. A., Poduri, A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310779v1

Connectivity of the Piriform Cortex and its Implications in Temporal Lobe Epilepsy
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の主な目的は、側頭葉てんかん（TLE）患者における外科的治療の成果を向上させるために、海馬と比較してピリホーム皮質の機能的および構造的接続性がどのように異なるかを詳細に分析し、TLEの外科的治療成果との関連を明らかにすることでした。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、ペンシルバニア大学の病院で事前外科評価中に神経画像診断を受けた55名の薬剤耐性側頭葉てんかん患者と26名の健康な対照群を対象にデータを収集しました。また、100名のHuman Connectome Project（HCP）の参加者と、エモリー大学のデータセットからのてんかん患者29名と対照群10名も含まれています。使用されたデータは、機能的および構造的MRI、及びその他の臨床、神経画像、神経生理学的データを含んでいます。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、ピリホーム皮質の機能的および構造的接続性が側頭葉てんかんの外科治療の成果にどのように関連しているかを明らかにしました。特に、ピリホーム間の連結（IPC）が良好な外科的成果と関連していることを示し、TLEの外科的介入における新たな評価指標としての可能性を示唆しました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
今後の課題としては、ピリホーム皮質の接続性が具体的にどのようにてんかんの発作と関連しているのか、また、これらの接続性がどのようにして外科的介入により変化するのかをより詳細に解析することが挙げられます。さらに、ピリホーム皮質をターゲットとした新たな治療法の開発や、より広範な患者群における検証も重要です。
title:
Connectivity of the Piriform Cortex and its Implications in Temporal Lobe Epilepsy
creator:
Lucas, A., Jaskir, M., Sinha, N., Pattnaik, A. R., Mouchtaris, S., Josyula, M., Petillo, N., Roth, R., Dikecligil, G. N., Bonilha, L., Gottfried, J., Gleichgerrcht, E., Das, S., Stein, J. M., Gugger, J. J., Davis, K. A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310778v1

Combining individual and wastewater whole genome sequencing improves SARS-CoV-2 surveillance
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、ウイルスの変異体の多様性と拡散を評価するために使用される廃水（WW）と個別の全ゲノム配列決定（WGS）の相対的なパフォーマンスと、それぞれのアプローチが提供する情報量を定量化することでした。これにより、公衆衛生監視における病原体追跡の堅牢な方法をサポートすることを目指しています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、北アイルランドで2021年11月14日から2023年3月11日までに収集された4,000以上の廃水サンプルと23,000以上の個人サンプルに対してSARS-CoV-2のWGSが実施されました。RNAはARTIC nCov-2019プロトコルを使用して増幅され、Illumina MiSeqでシーケンスされました。廃水データはFreyjaを使用して変異体の構成を決定し、個人データとの時系列および相関分析によって比較されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究により、廃水と個別のシーケンスデータの間でSARS-CoV-2変異体の構成と分布に強い一致が観察されました。また、シーケンスレートと変異体の多様性に影響されることが示され、両方のアプローチを組み合わせることで、主要な変異体の構成と拡散を予測する信頼性が高まることが示されました。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、より多くの変異体や地域特有の感染クラスターを特定するために、さらに詳細なシーケンスデータと解析方法の改善が必要です。また、シーケンスアプローチ間の変動性をさらに減少させるための方法の開発も求められています。これにより、より正確で包括的なウイルス監視が可能となります。
title:
Combining individual and wastewater whole genome sequencing improves SARS-CoV-2 surveillance
creator:
Troendle, E. P., Lee, A. J., Reyne, M. I., Allen, D. M., Bridgett, S. J., Radulescu, C. H., Glenn, M., Wilkins, J.-P., Rubino, F., Firoozi Nejad, B., McSparron, C., Niebel, M., Fairley, D. J., Creevey, C. J., McKinley, J. M., Skvortsov, T., McGrath, J. W., Bamford, C. G. G., Simpson, D. A.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.22.24310067v1

Using Multimodal Data Collection System as a Research Tool in the Major Depressive Disorder Analysis: a cross-sectional study protocol
1. この論文は、どのような未解決問題を解決するのが目的でしたか？:
この論文の目的は、多様な刺激を組み込んだコンピューター化されたインタビューを通じて、患者のプライバシーを保護しながら本能的な反応を捉え、精神状態の詳細な評価を可能にすることで、うつ病（MD）を効果的に診断する新しい方法を開発することでした。また、開発途上国において適切な診断と治療を提供するための、非装着型、クロスプラットフォームでコスト効率の良い眼球追跡ソリューションを提供することも目的としています。
2. この論文は、どのようなデータを用いましたか？:
この研究では、高品質のビデオ、リアルタイムの生体情報、音声記録といった多モードデータを用いています。これらのデータは、患者がうつ病診断のために行うDSM-5インタビュー中に収集され、眼球の動きや表情のパターンなど、うつ病の複雑な指標を理解するために利用されました。
3. この論文で、どのような未解決問題が解決できましたか？:
この研究は、低コストの機材を使用しても高品質のデータを収集できること、また、専門的な眼球追跡ツールを使用せずに眼球の情報を抽出できることを示しました。これにより、中所得及び低所得国におけるうつ病リスク評価が大幅に向上する可能性があります。
4. 将来取り組むべき未解決問題として、何が残されていますか？:
将来的には、アルゴリズムの精緻化を進め、MDCをさまざまなモバイルデバイスやプラットフォームに対応させることで、リスクのある個人に対してタイムリーな警告を提供できるようにすることが挙げられます。また、データの一般化を向上させるための課題も残されています。
title:
Using Multimodal Data Collection System as a Research Tool in the Major Depressive Disorder Analysis: a cross-sectional study protocol
creator:
Li, H., Ji, Y., Xu, L., Yang, J., Du, Y., Hu, M., An, N.
date:
2024-07-22
link:
http://medrxiv.org/cgi/content/short/2024.07.21.24310061v1

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