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Mendelian Randomizationの勉強日記

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【内容】観察研究で因果推論を行う手法として着目されているMendelian Randomizationについて、教科書をもとに勉強したことをまとめるノートです。 "MENDELI…
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#MendelianRandomization

Mendelian Randomization 勉強日記 12. 複数の遺伝子領域のバリアントを用いた頑健な手法

Mendelian Randomization 勉強日記 12. 複数の遺伝子領域のバリアントを用いた頑健な手法

mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 7. の勉強まとめ

*バリアントと曝露、アウトカムの関係はhomogeneous (個人によって変わらない)であり、線形であると仮定する。

Consensus methodsMedian method

IVW法は重みづけした平

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Mendelian Randomization 勉強日記 11. MRを実施するために

Mendelian Randomization 勉強日記 11. MRを実施するために

mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 10.の勉強まとめ

MRのガイドライン (PMID: 32760811, free text available)も参照した

Motivation and scopeMRを実施する前に、研究者はMRを行う動機と目的を明確にしたほ

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Mendelian Randomization 勉強日記 9. MRの統計的問題①~Weak instument bias~

Mendelian Randomization 勉強日記 9. MRの統計的問題①~Weak instument bias~

mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 8の勉強まとめ

*Mendelian Randomizationを”MR”と略します。

Weak instrument bias弱い操作変数とは
・暴露との関連が統計的に弱い操作変数
・操作変数が弱くても、操作変数の仮定を満たせ

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Mendelian Randomization 勉強日記 8. MRの結果の解釈~外的妥当性の問題~

Mendelian Randomization 勉強日記 8. MRの結果の解釈~外的妥当性の問題~

mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 6の勉強まとめ

「遺伝的バリアントの変化による暴露の変化は、提案された介入による暴露の変化とどの程度類似しているか?」(e.g. CRPを変化させる遺伝的バリアントと、抗IL-6抗体による介入はどの程度類似しているか?)

MRの

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Mendelian Randomization勉強日記 7. summarized dataを用いた因果効果の推定①IVW法

Mendelian Randomization勉強日記 7. summarized dataを用いた因果効果の推定①IVW法

mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 4の勉強まとめ

Mendelian Randomizationを”MR”と略します。
Y: アウトカム, Outcome
X: 要因 (暴露), Exposure
U: 交絡因子, Confounder (often unmeas

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Mendelian Randomization勉強日記 6. 個人レベルのデータを用いた因果効果の推定

Mendelian Randomization勉強日記 6. 個人レベルのデータを用いた因果効果の推定


mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 4の勉強まとめ

Mendelian Randomizationを”MR”と略します。
Y: アウトカム, Outcome
X: 要因 (暴露), Exposure
U: 交絡因子, Confounder (often unmea

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Mendelian Randomization勉強日記 5. 操作変数のまとめ

Mendelian Randomization勉強日記 5. 操作変数のまとめ


mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 3の勉強まとめ

Mendelian Randomizationを”MR”と略します。

操作変数の妥当性に関する問題のまとめ・Mendelian Randomizationにおいて操作変数の妥当性は極めて重要
・操作変数の妥当性

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Mendelian Randomization勉強日記 4. 因果推論の仮定


mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 3より

観察研究と因果関係ことわざ
“association is not causation”
疫学のコンテクストでは、因果は決定論的ではなく確率論的なのでさらにややこしい。例えば、タバコは肺がんのリスクを上げるが、喫煙すれ

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Mendelian Randomization勉強日記 3. Mendelian randomizationとは その2

Mendelian Randomization勉強日記 3. Mendelian randomizationとは その2

Mendelian randomization methods for causal inference chapter 2より

Mendelian randomizationとは要因のアウトカムに関連する効果について観察されたデータから推論するために、遺伝的変異を用いること

モチベーション

観察研究では交絡の問題がある
 例)ワインを飲むと心血管疾患になりにくい →社会経済因子も影響
観察

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Mendelian Randomization勉強日記 2. 遺伝学の用語

from Mendelian Randomization
Methods for causal inference using genetic variants

・アレル(対立因子)
SNPの多様体
major allele (wildtype allele)
minor allele (variant allele)

・染色体
人間は22の常染色体と1つの性染色体を有する

・コピー数変異

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Mendelian Randomization勉強日記 1. Mendelian randomizationとは

from: mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 1.

例. CRPが高い方が、(因果的に)心血管疾患になりやすいか?

観察研究で、CRPが高い方が心血管疾患になりやすいことがわかっていた。しかし、年齢・性別その他交絡因子を調整すると関連は小さくなり、さらに、同じ

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