Haruka Ozaki

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scPopCornについて

"Subpopulation Detection and Their Comparative Analysis across Single-Cell Experiments with scPopCorn"という論文がCell Systemsに載った。データセット内でサブポピ…

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4年前
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ワークフロー言語を紹介したNatureの記事を読んでみた

NatureのTOOLBOXというコーナーに今週、ワークフロー言語に関する記事が載っていた。以下に、記事を読んだ内容に基づき、自分が重要だと思った点を（かなり意訳・改変して…

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4年前
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velocyto.RをMacにインストールする時の注意点

velocytoは、scRNA-seqデータでRNA velocity解析をするソフトウェアです。遺伝子のエキソンとイントロンに当たるリードの量から各細胞のRNA velocityを推定します。 veloc…

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4年前
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[論文] VAEの一部を線形化して解釈性を上げる試み

Valentine Svensson, Lior Pachter. Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders. bioRxiv (2019) http://dx.doi.org/10.1101/73…

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4年前
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Comparison of Trinity to other mapping-first and assembly-first methods

http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n7/fig_tab/nbt.1883_F5.html Nature Biotechnology 29, 644–652 (2011) doi:10.1038/nbt.1883 [De novo transcriptome assembl…

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10年前

FastQC update

FastQC Version 0.11.* がリリースしていました。 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 全てのモジュールについて警告を表示する閾値を設定でき…

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10年前

scPopCornについて

"Subpopulation Detection and Their Comparative Analysis across Single-Cell Experiments with scPopCorn"という論文がCell Systemsに載った。データセット内でサブポピュレーションを同定し、データセット間でサブポピュレーションを比較することを同時に行うソフトウェアである。 (B) subpopulation co-membership propensity graphを

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ワークフロー言語を紹介したNatureの記事を読んでみた

NatureのTOOLBOXというコーナーに今週、ワークフロー言語に関する記事が載っていた。以下に、記事を読んだ内容に基づき、自分が重要だと思った点を（かなり意訳・改変して）まとめてみた。 ワークフロー言語とは データ解析パイプラインは、生データを科学知識に変換するためにデザインされた計算ステップ群である。データ解析パイプラインを共有することができれば、別のグループのパイプラインを自分のデータに適用して研究を進めたり、科学研究の再現性を担保することにつながる。 しかし、デ

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velocyto.RをMacにインストールする時の注意点

velocytoは、scRNA-seqデータでRNA velocity解析をするソフトウェアです。遺伝子のエキソンとイントロンに当たるリードの量から各細胞のRNA velocityを推定します。 velocytoの開発者は、pythonの実装であるvelocyto.py、Rの実装であるvelocyto.Rを提供しています。 このうち、velocyto.RをMacにインストールしようとしたところトラブルに見舞われたので、回避方法をメモします。なお、環境は macOS Hig

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[論文] VAEの一部を線形化して解釈性を上げる試み

Valentine Svensson, Lior Pachter. Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders. bioRxiv (2019) http://dx.doi.org/10.1101/737601 scRNA-seqデータの解析ではPCAがよく用いられます。PCAをscRNA-seqデータの線型モデルと考えることもできます。各細胞の遺伝子発現量

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Comparison of Trinity to other mapping-first and assembly-first methods

http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n7/fig_tab/nbt.1883_F5.html Nature Biotechnology 29, 644–652 (2011) doi:10.1038/nbt.1883 [De novo transcriptome assembly]

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FastQC update

FastQC Version 0.11.* がリリースしていました。 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 全てのモジュールについて警告を表示する閾値を設定できるようになったほか、per-tile quality plotやadapter content plot など新たなプロットを生成できるようになったそうです。 [QC]

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