scPopCornについて

"Subpopulation Detection and Their Comparative Analysis across Single-Cell Experiments with scPopCorn"という論文がCell Systemsに載った。データセット内でサブポピュレーションを同定し、データセット間でサブポピュレーションを比較することを同時に行うソフトウェアである。

Subpopulation Detection and Their Comparative Analysis across Single-Cell Experiments with scPopCorn

(B) subpopulation co-membership propensity graphをデータセット内で作成する。これは、各データセットで、細胞数 x 細胞数の行列を作成することを意味する。まず、発現量に基づいて細胞間類似度行列を作成する。その後、PageRankにより、細胞間で同じサブポピュレーションに属している（Co-membership propensity）度合いの行列を作成する。これにより、サブポピュレーションの均質性と分離性が高まる。

(C) pairwise similarities of cells from different experimentsを計算する。これは、各データセットペアについて、細胞数 x 細胞数の行列を作成することを意味する。発現量に基づいて細胞間類似度行列を作成する。

(D) (B)、(C)で作成したグラフ（全細胞数 x 全細胞数のグラフ２種類）に対して、グラフk分割問題を解く。結果として出てくる連結成分がサブポピュレーションとなる。

精度検証ではSeuratやMNNよりも良い性能だった。