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[論文] VAEの一部を線形化して解釈性を上げる試み
Valentine Svensson, Lior Pachter. Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders. bioRxiv (2019) http://dx.doi.org/10.1101/737601
scRNA-seqデータの解析ではPCAがよく用いられます。PCAを
velocyto.RをMacにインストールする時の注意点
velocytoは、scRNA-seqデータでRNA velocity解析をするソフトウェアです。遺伝子のエキソンとイントロンに当たるリードの量から各細胞のRNA velocityを推定します。
velocytoの開発者は、pythonの実装であるvelocyto.py、Rの実装であるvelocyto.Rを提供しています。
このうち、velocyto.RをMacにインストールしようとしたところ
scPopCornについて
"Subpopulation Detection and Their Comparative Analysis across Single-Cell Experiments with scPopCorn"という論文がCell Systemsに載った。データセット内でサブポピュレーションを同定し、データセット間でサブポピュレーションを比較することを同時に行うソフトウェアである。
(B) subpo