「住民票と記載情報が不一致だから個人番号通知カードが番号確認書類として使えない。この場合、強制的にマイナンバーカード移行ってこと？」

いいえ、マイナンバーカードを作っても良いですが、『マイナンバーが記載された住民票の写し』でも番号確認書類として使えます。