書記のBio/Chem-Info日誌#16 UCSF Chimeraでリガンド結合部位を観察する

UCSF Chimeraを用いることで，立体構造を可視化することができる。

準備

以下よりダウンロード：

Download UCSF Chimera

今回は，β2受容体である「3SN6」の構造を用いる。PDBファイルをダウンロードしておく。

Crystal structure of the β2 adrenergic receptor–Gs protein complex - Nature

Crystal Structure of the 硫2Adrenergic Receptor-Gs protein complex

UCSF Chimeraで開いたものがこちら。

操作には，3ボタンマウスを用いると便利である。以下に操作方法をまとめた，まずはこれらに慣れておきたい。

分子の回転：左クリック ＋ ドラッグ

分子の並進：ホイールボタン + ドラッグ

分子の拡大縮小：右クリック + ドラッグ or スクロールホイール

原子の選択：Ctrlキー + 左クリック

選択の追加：Ctrlキー + Shiftキー + 左クリック

選択範囲の拡大縮小：（拡大）上矢印キー、（縮小）下矢印キー

選択解除：何も無いところでCtrlキー + 左クリック or メニュー「Select」→「Clear Selection」

向きを変えたものがこちら。

Presetsには様々なテンプレートがあり，中でもInteractive1を用いると色分けができる。

リガンド構造の表示

Select→Residue→（リガンド名）をクリックし，リガンドを選択する。この時，Action→Focusをクリックすると，以下のようにリガンドが中心に表示される。

今回は，ドッキングのために周辺の残基（4Å以内）をわかりやすく表示することにする。

周辺の残基を指定するには，Select→Residue→（リガンド名）でリガンドを選択し，Select→Zoneで以下の画面になる。赤枠部のように変更しOKを押すと，周辺残基が選択されるようになる。

選択したら，Action→Atoms/Bonds→ball & stickで，周辺残基がわかりやすくなった。

リガンドの表示は，Action→Atoms/Bonds→stickでスティックに戻し，Action→Color→by elementで色分けしておく。

次に残基情報を表示する。Select→Zoneで周辺残基を選択し，Action→Label→residue→name+specifierで表示する。

ここで，Action→Label→optionから文字のフォントを変えることができる。

次に，水素結合を表示する。

リガンドを選択し，Tools→Structure Analysis→FindHBondで以下の画面が表示される。赤枠部を変更しクリックする。

Action→Libbon→hideでリボン構造を隠したものがこちら。これでリガンド周囲の構造がわかりやすくなった。

完成したら，File→Save Session As ...でファイルを保存しておく。

本記事のもくじはこちら：

バイオインフォマティクスまとめ｜Writer_Rinka｜note