書記の読書記録#4「バイオインフォマティクス入門」

本記事は，日本バイオインフォマティクス 学会編「バイオインフォマティクス入門」についてのレビューとまとめである。

バイオインフォマティクス入門

レビュー

さすが学会公認だけとあって，「バイオインフォマティクス」とひとくくりに見たときに必要な知識が程よくまとまっている印象。なお，学会の主催する「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の対策テキストとして真っ先にあげられている。この分野に興味があるのなら，まず本書でその範囲を確認すると今後の見通しが良くなると思う。実技については書いていないので，自分の関心のある分野それぞれのテキストをあさる必要がある。推薦！

ちなみに試験については4者択一のみで，見た感じ本書で軽くさらうだけでも受かる人は受かると思う。分子生物学やっとけばなんとなるし，情報科学については基礎事項ばかり。生物と情報の融合分野で点が取れるかどうかに，だいたいかかってると思う。

まとめ（8/30〜9/4）

＃ 1 p10〜49
・細胞の分類（真正細菌，古細菌，真核生物）・細胞小器官・細胞周期（M→G1→S→G2→）・DNA複製・転写における遺伝子発現調節・タンパク質への翻訳・DNAとRNAの構造・20種類のアミノ酸・タンパク質のフォールディング・脂質二重層，膜タンパク質

＃ 2p50〜89
・2進数の計算・論理回路・コンパイラ言語（C，Javaなど）とスクリプト言語（Python，Rubyなど）・XML・TCP/IP・データ構造：スタック，キュー，リスト，木構造・二分探索アルゴリズム・ソートアルゴリズム：クイックソード，バブルソートなど・オートマトン・DBNS（SQLなど）・統計の基礎（正規分布，ベイズ推定，検定，最尤法）・機械学習（決定木，SVR，クラスタリングなど）・ROC曲線・クロスバリデーション

＃ 3 p90〜113
・分子生物学DB・動的計画法による配列アラインメント計算・アミノ酸類似性スコア行列・高速な配列比較：接尾辞配列，バローズホイーラー変換など・ホモロジー検索：BLAST，FASTA・マルチプルアラインメント：累進法，逐次改善法・モチーフ検索・配列アセンブル・遺伝子予測・アミノ酸配列からの機能予測・RNAの二次構造・ゲノム配列の特徴抽出：GC%，繰り返し配列検出・ドットプロット解析による近縁種間のゲノム配列比較

＃ 4 p114〜137
・アミノ酸の立体構造・分子グラフィックス・超二次構造，構造モチーフ・スーパーフォールド（TIMバレル，免疫グロブリンなど）・核酸の立体構造・PDB・構造アラインメント・分子ドッキング・ラマチャンドランマップ・立体構造の予測（ホモロジーモデリング法，フォールド認識法など）・分子シミュレーション（MD，MMなど）

＃ 5 p138〜153
・ハーディワインベルク平衡・連鎖不平衡：LODスコアを用いた家系分析・遺伝的多型：SNP，VNTR，マイクロサテライト・GWASにおけるメタアナリシス・木村資生による分子進化の中立説・進化系統樹・ホモログ，パラログ，オーソログ・UPGMA法，最大節約法

＃ 6（最終回）p154〜169
・次世代シークエンサ・サンガー法・DNAマイクロアレイ・タンパク質相互作用解析・遺伝子発現パターンのクラスタリング・微分方程式による細胞シミュレーション・固有値分析によるシステムの安定性解析・ネットワークモチーフ

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