書記の読書記録#79「バイオインフォマティクス データスキル　オープンソースを使ったロバストで再現性のある研究」

V.Buffalo著「バイオインフォマティクス データスキル　オープンソースを使ったロバストで再現性のある研究」のレビューと読書記録

バイオインフォマティクスデータスキル ―オープンソースツールを使ったロバストで再現性のある研究

レビュー

バイオインフォマティクスの研究で最も時間を割くであろう「Unix」について特に重点的に扱っている。あとは必要に応じてRやPython，SQLを導入している。

訳は2020年9月出版だが，原著は2015年出版で時差があるところに注意，直接の写経でなく適宜調べながらの操作になると思う。

読書記録

＃ 1p1〜62
・再現性とロバスト性・ディレクトリ・マークダウン記法・Unix：標準出力とリダイレクト，パイプ，プロセス，コマンド置換

＃ 2p63〜281
・SSHによるリモートマシン・nohup，tmux・バージョンコントロールシステムGit：コミット，ステージング，リモートリポジトリ（プル，プッシュ），ブランチ・データ取得：wget，curl・データの整合性：チェックサム・圧縮：gzip・Unixパイプライン，リテレーションプログラミング・head，tail・less・wc，ls，awk・cut・column・grep・hexdump・sort・uniq・join・AWK：Bioawk・sed・探索的データ解析（EDA）・R言語の基礎：ベクトル化，データフレーム・ggplot2による可視化・データのマージと結合・リスト：lapply，sapply・分割-適用-結合パターン・Rスクリプト

＃ 3p283〜419
・範囲データ・GemomicRangesによる範囲操作，ランレングス符号，プロモーター領域/イントロン領域の取得・BEDTools・配列データ：FASTA，FASTQ・品質スコア・アラインメントデータの操作：SAM，BAM（Pysamの利用）

＃ 4p421〜528
・Bashスクリプト・find，xargs・make，makefile・Tabix・SQLite：リレーショナルデータベース

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