論文：…SARS-CoV-2 の合成起源を示します
未査読論文概要 2022/10/20 自動翻訳
※エンドヌクレアーゼ フィンガープリント(指紋)は、SARS-CoV-2 の合成起源を示します
※Endonuclease
ヌクレアーゼ（Nuclease）は核酸分解酵素の総称で、デオキシリボ核酸ないしリボ核酸の糖とリン酸の間のホスホジエステル結合を加水分解してヌクレオチドにします。
RNAを特異的に分解するもの（RNase）やDNAの1本鎖または2本鎖に特異的に分解するもの（DNase）、両方を分解することができるヌクレアーゼも知られており、その役割も様々です。遺伝子工学で用いられる制限酵素（Restriction enzyme）もヌクレアーゼの一種で、DNAの塩基配列を認識して特異的に切断を行う。
核酸配列の末端から順に切断する酵素をエキソヌクレアーゼ（exonuclease）といい、核酸配列の内部で核酸を切断する酵素エンドヌクレアーゼ（nedonuclease）と呼ばれます。
将来のパンデミックを防ぐためには、SARS-CoV-2 が動物から人に直接流出したのか、それとも研究所の事故で間接的に流出したのかを理解することが重要です。
SARS-COV-2 のゲノムには、合成ウイルスに特徴的なウイルスゲノムの効率的な分解と再構築を可能にする独特の制限エンドヌクレアーゼ認識部位の特異なパターンが含まれています。
ここでは、生物工学の歴史がないコロナウイルスでそのようなパターンが観察される可能性を報告します。
SARS-CoV-2は異常であり、自然進化よりも合成ゲノムアセンブリの産物である可能性が高い.
SARS-CoV-2 の制限地図は、以前に報告された多くの合成コロナウイルスゲノムと一致しており、効率的な逆遺伝システムに必要なすべての基準を満たしています。
これらの合成に見える認識部位における同義変異の割合が有意に高いという点で、近縁種とは異なり、近縁種から進化した可能性が低い合成指紋を持っています。
SARS-CoV-2 が組み立てられた感染性クローンとして発生した可能性が高いことを報告しますインビトロ。
Lay Summary研究室で天然コロナウイルスの合成バリアントを構築するために、研究者はしばしばin vitroゲノムアセンブリと呼ばれる方法を使用します。
この方法では、制限酵素と呼ばれる特別な酵素を利用して DNA ビルディング ブロックを生成し、それをウイルス ゲノムの正しい順序で「縫い合わせる」ことができます。
実験室でウイルスを作成するために、研究者は通常、ウイルスゲノムを操作して、制限部位と呼ばれるステッチング部位を追加および削除します。
研究者がこれらのサイトを変更する方法は、in vitroゲノム アセンブリのフィンガープリントとして役立ちます。
SARS-CoV には、合成ウイルスに典型的な制限部位フィンガープリントがあることがわかりました。
SARS-CoV-2 の合成指紋は、野生のコロナウイルスでは異常であり、実験室で組み立てられたウイルスでは一般的です。
SARS-CoV-2 の制限部位を区別する突然変異のタイプ (同義またはサイレント突然変異) は工学の特徴であり、制限部位におけるこれらのサイレント突然変異の集中は、ランダムな進化によって生じた可能性は非常に低いです。
制限部位の指紋とそれらを生成する突然変異のパターンの両方が、野生のコロナウイルスではほとんどありませんが、合成ウイルスではほぼ普遍的です. 私たちの調査結果は、SARS-CoV2 の合成起源を強く示唆しています。了
感想
全文は難しすぎてよく分らんが、DNAの切り貼りに制限酵素を使用する。
それが、エンドヌクレアーゼ (BsaI、BsmBI、BglI)で、切り貼りを行う場合、ほとんどの制限酵素は制限部位の外側に数塩基を必要とするらしい。
まぁ、のりしろみたいなものか。
それが、フィンガープリント(指紋)らしい。
一般的な（？）コロナウィルスは特定の出現頻度が0.1％。
SARS-CoV2は、1.2％。単純に百倍。
なので、合成なんじゃね。という話らしい。
でも、世界中に出回っちゃたから、これが一般的にになっちゃたら、比べるものが無くなっちゃうのかな？
参考
SARS-CoV-2 の合成指紋
アレックス ウォッシュバーン博士とケビン マッカーナン博士による会議
YouTubeでは制限されて、RUBLEにあげたとか…
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