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「しましょのNGS解析」始めました。

しましょ（島田祥輔）

今年になってから趣味でNGS解析を始めています。

NGS解析 is 何？

NGSとはnext generation sequencerのことで、日本語では次世代シーケンサーです。とにかく簡単に言うと、遺伝子を調べる装置です。

もうちょっと正確に書くと、DNAの塩基配列（A, T, G, Cのやつ）を読み取るもの。「次世代ということは旧世代もあるのか？」という疑問は幾度となく聞かれることですが、「2005年以前にあった装置と違う原理を使う、すごく読み取りスピードが速いやつ」といったところです。

NGSを使えば遺伝子が全部わかる、というわけではありません。わかるのは塩基配列だけで、どこがどうなっているかというのは人間が調べる必要があります。

ところが、NGSから得られるデータはテキストファイルにして数GB〜数十GB。「メモ帳」などのアプリで開くこともできますが、多分数億行になります。見たいところを見つけて調べるためには、コードを組んでデータ処理する必要があります。その処理を総称して「NGS解析」と言います。

なんで一介のライターがNGS解析をやるの？

Twitterでフォローしている人や実際にお会いする人でNGS解析をしている研究者（「バイオインフォマティシャン」と呼ばれている）が多くて、話にちょっとだけ混ざりたいなあ、という出来心です。

あとは、がんゲノム医療とか腸内フローラとか、僕が書く記事でよくNGS解析が出てくるので、実際どんなものだろうという興味があるのは事実です。

どうやってNGS解析をやるのか？

アプリを作ったこともない僕がいきなりNGS解析に挑むのは無謀。ということで研究者向けのテキストを使います。

僕のMacのスペックは次のとおりです。

Mac mini（2018）
CPU: 3.6GHzクアッドコアIntel Core i3
メモリ: 16GB

RNA-Seq（STAR）以外はなんとかいけるはず。今日までは準備編ということでいろいろインストールしたり設定したりしていました。

次から本格的に解析スタートです。noteには週1くらいでレポートを書いていくのでお楽しみに。

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