プレハブをプロジェクトビューにドラッグして作成した後は、シーン上からプレハブは消してしまっても大丈夫です。

プレハブオブジェクトがあれば、そのプレハブをシーン上にドラッグするだけで同じゲームオブジェクトをクローンして配置することが出来ます。

プレハブは作った後も編集可能です。