DeepLabCut multi-animal support 2

　本記事は、DeepLabCut multi-animal support 1の続きです。

デモファイルのダウンロード

　　まずは、動画ファイルをダウンロードします。前回の動画を流用します。まだダウンロードしていない方は、こちらのリンク先で、「Code」ボタンをクリックすると現れる「Download ZIP」をクリック。.zip形式でダウンロードされるので、ファイルを右クリックして「すべて展開」を選択します。その中のexamplesフォルダ内のopenfield-Pranav-2018-10-30\videos\m3v1mp4.mp4を使って解説していきます。ご自分の動画でももちろん可能です。

Standalone GUIの起動

　Command Promptを起動し、仮想環境に入ります（すでに仮想環境に入っている場合はこの操作は必要ありません）。Command Promptはディスプレイ左下（下図）の検索ウインドウで「cmd」と打ち込めば、見つかります（下図）。

　multi-animal用の仮想環境に入りましょう。Command Promptに、

activate DLC-CPU2

もしくは、

activate DLC-GPU2

と入力します。

　Command Promptの表示が、

(DLC-CPU2) C:\Users\(YourUserName)>

あるいは、

(DLC-GPU2) C:\Users\(YourUserName)>

のように左端に「(DLC-C(G)PU2)」と表示されていれば、成功です。

　Command Promptに以下のコードを入力します。

python -m deeplabcut

するとStandalone GUIが起動します。

Step 1. Manage Project

　　新しいプロジェクトを作成します。Manage Projectのタブを選択、プロジェクト名、実験者を記入し、解析する動画を選択します（下図）。動画は先程ダウンロードしたデモファイルの

DeepLabCut-master\DeepLabCut-master\DeepLabCut-master\examples\openfield-Pranav-2018-10-30\videos\m3v1mp4.mp4

を選択します。

　「Copy the videos」と「Is it a multi-animal project?」をチェックします。Okをクリックすると新プロジェクトの.yamlファイルが作成されます。新プロジェクトの一連のファイルは

C:\Users\(YourUserName)\(Name of the Project) - (Name of the experimenter) - (Date)

のフォルダの中に保存されています。

　.yamlファイルを編集できるように設定しましょう。新たに作成された.yamlファイルはPCの

C:\Users\(UserName)\(Name of the Project) - (Name of the experimenter) - (Date)\config.yaml

config.yamlファイルを右クリックして「Open with」でメモ帳（notepad）を選択します(Windows英語版の場合)。Standalone GUIのManage Projectの右下、Edit config fileをクリックして、config.yamlファイルがメモ帳で起動すれば成功です。

　DeepLabCutのGUIに戻って、Edit config fileをクリックします。今回のデモファイル向けにconfig.yamlファイルを編集しましょう。.yamlファイルの前半の方に、

individuals:
- individual1
- individual2
- individual3

と書かれている箇所があると思います。ここを、

individuals:
- individual1
- individual2

と編集し、保存しましょう。自前の動画の場合、自分が追跡したいポイントのリストを書き出します。

　もし、新しいプロジェクトを作るのではなく、以前のプロジェクトの続きをしたい場合は、「Load existing project」を選択し、「Select the config file」から、再開したいプロジェクトの.yamlファイルを選びます。DeeplabcutのGUIは不安定です。フリーズすることが頻繁にあります。そのようなときも「Load existing project」から以前のプロジェクトを選んで再ロードしましょう。

DeepLabCut multi-animal support 3に続きます。

参考文献・サイト

DeepLabCut/DeepLabCut