ゲノム編集ソフトウェア情報メモ（No.6-10）
こんにちは、プラチナバイオ株式会社の研究開発部ディレクターの中前です。
弊社は、ゲノム解析ならびにバイオインフォマティクスを利用した標的遺伝子の特定からゲノム編集、ゲノム編集後の解析までを一気通貫で行い、顧客の目的の表現型を構築する研究開発を進めています。
取組の中でバイオインフォマティクスツールに関する問い合わせも最近増えてますので、本記事では、国内外のバイオインフォマティクスツールについて簡単に情報発信していこうと思います。
【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.6
DeepHF（http://www.deephf.com/#/cas9）
DeepHFはSpCas9向けのsgRNA設計ツールです。Recurrent Neural Networkを用いた機械学習モデルによる切断活性予測が可能です。eSpCas9(1.1)やSpCas9-HF1などのhigh-fidelity型Cas9の活性予測にも対応しています。
論文：https://doi.org/10.1038/s41467-019-12281-8
【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.7
KOnezumi (https://www.md.tsukuba.ac.jp/LabAnimalResCNT/cgi-bin/konezumi.cgi)
KOnezumiはノックアウトマウス作製向けのガイドRNA設計ツールです。標的遺伝子を指定するだけでその遺伝子のExonターゲティングに必要なsgRNA情報とそれに付随する特異性、活性予測、プライマー、CDS配列情報等を一度に得ることができます。
このツールは筑波大学生命科学動物資源センター様が運営しています。
論文：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz090
【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.8
pegLIT (https://peglit.liugroup.us)
pegLITはPrime Editingに利用されるengineered pegRNA（epegRNA）配列に使われるリンカー部分を設計するツールです。epegRNAの3´ motif配列やProtospacer配列、Scaffold配列等との干渉が発生しにくいような配列を自動的に提案します。
論文：https://doi.org/10.1038/s41587-021-01039-7
【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.9
MHcut Browser (http://mhcut-browser.vhost38.genap.ca)
MHcut Browserはヒトを対象としたsgRNA設計データベースです。sgRNA設計に対してMMEJ等を誘導するマイクロホモロジー（µH）配列情報と変異の出現頻度予測が参照できます。標的サイトのClinical significanceやAllele Frequency情報も提供されており、疾患に関連したゲノム編集デザインをサポートしてます。
このツールはCanadian Centre for Computational Genomicsと京都大学CiRA様が運営しています。
論文：https://doi.org/10.1038/s41467-019-12829-8
【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.10
CRISPResso2 (http://crispresso.pinellolab.partners.org/)
CRISPResso2はゲノム編集ツールによって導入した変異を定量・可視化するためのアンプリコンシーケンス解析ツールです。Cas9, Cpf1 (Cas12a), Base EditorやPrime Editorなど幅広いツールをカバーしており、HDRノックイン等の解析も可能となっています。
ウェブツールだけでなく、コマンドライン版（https://github.com/pinellolab/CRISPResso2）も公開されており、こちらでは入力サイズに制限がなく、より柔軟な設定が可能となっています。
論文：https://doi.org/10.1038/s41587-019-0032-3
以上です。
ソフトウェアの詳細な使い方等の相談も随時お受けしておりますので、弊社窓口（info@pt-bio.com）までお気軽にご連絡ください。
記事作成者：中前 和恭 / Kazuki NAKAMAE, Ph.D.
2020年入社。博士（理学）。
広島大学ゲノムイノベーションセンター 共同研究講座助教としてバイオインフォマティクス研究に従事しつつ、プラチナバイオ株式会社研究開発部 ディレクターとしてゲノム解析・ソフトウェア開発・ゲノム編集解析業務に従事。
国内のゲノム編集×バイオインフォマティクスを盛り上げるお手伝いができればと思います。
Researchmap: https://researchmap.jp/knakamae
GitHub: https://github.com/KazukiNakamae