2021年2月の記事一覧
Adiabatic free energy dynamics
状態間の自由エネルギー変化を求める分子シミュレーション法の一種であるAdiabatic free energy dynamicsを解説します。
動的変数λの導入体積VにN個の粒子が存在し，状態A, Bがポテンシャルエネルギー
でそれぞれ記述されるとします。
次に変数λ(0 ≦ λ ≦ 1)を導入し，状態Aから状態Bの変化をλで表すポテンシャルエネルギー
を導入します。
自由エネルギー摂動法（
自由エネルギー計算のslow-growth法とfast-growth法
平衡系の分子シミュレーションでは，状態間の自由エネルギー差を計算することが主なトピックの一つになります。様々な自由エネルギー計算手法が今日に至るまでに提案されていますが，論文を読んでいると良くお目にかかる「slow-growth法」と「fast-growth法」の内容や違いを説明したいと思います。
ジャルジンスキー等式
「slow-growth法」と「fast-growth法」の説明の前に，導入